Агрегация белков, индуцируемая амфифильными пептидами

• Автор: Артемова, Наталья Валерьевна
• Шифр специальности: 03.01.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 145 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1.1. Агрегация белков

1.2. Молекулярные шапероны

1.3. Ускорение агрегации белков

1.4. Самоассоциация белков и пептидов, фибриллообразование

1.4.1. Морфологические особенности белковых агрегатов

1.4.2. Использование агрегатов в нанобиотсхнологии

1.5. Влияние низкомолекулярных соединений на процесс агрегации

1.6. Токсичность агрегатов
1.7. Модельные белковые субстраты
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы
2.2. Методы исследования
2.2.1. Динамическое лазерное светорассеяние (ДЛС)
2.2.2. Флуоресцентные методы исследования
2.2.3. Метод светорассеяния
2.2.4. Спектроскопия кругового дихроизма
2.2.5. Трансмиссионная и атомно-силовая микроскопия
2.2.6. Определение концентрации белков
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Агрегация алкогольдегидрогеназы, индуцируемая амфифильными
пептидами А^-Рйе и Азр-РЬе
3.2. Агрегация а-лактальбумина, индуцируемая положительно
заряженным амфифильным пептидом А^-Рйе
3.2.1. Исследование действия А^-Рйе на кинетику агрегации
а-лактальбумина с помощью ДЛС

3.2.2. Флуоресцентные методы исследования механизма действия дипептида Ал^-РЬе на процесс агрегации а-лактальбумина
3.2.3. Исследование действия А^-Рйе на кинетику агрегации а-лактальбумина, индуцированной с помощью глутатиона
3.2.4. Подавление лиганд-индуцируемой агрегации а-лактальбумина а-кристаллином и аргинином
3.2.5. Исследование агрегатов с использованием трансмиссионной электронной и атомно-силовой микроскопии
3.3. Агрегация лизоцима, индуцируемая амфифильным отрицательно заряженным пептидом Авр-РЬе
3.3.1. Исследование действия Азр-РЬе на кинетику агрегации лизоцима с помощью ДЛС
3.3.2. Флуоресцентные методы исследования механизма действия Аэр-РЬе на процесс агрегации лизоцима
3.3.3. Исследование агрегатов лизоцима с использованием трансмиссионной электронной микроскопии
3.4. Предполагаемый механизм лиганд-индуцированной агрегации белков
3.5. Исследование действия амфифильных пептидов с увеличенной гидрофобной частью на агрегацию белков
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
АДГ алкогольдегидрогеназа
ACM атомно-силовая микроскопия
Г АФД глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа
ДЛС динамическое лазерное светорассеяние
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
ДСН додецилсульфат натрия
ДТТ дитиотреитол
КД круговой дихроизм
Трис трис-(гидроксиметил)-метил амин
ФЭУ фотоэлектронный умножитель
ЭГТА этиленгликольтетраацетат
АТР аденозинтрифосфат
Ар-пептид р-амилоидный пептид
bis-ANS 4,4'-дианилин-1 Д'-динафталин-5,5'-дисульфоновая
кислота
В ip Hsp78 в эндоплазматическом ретикулуме
СуР cyclophilin, циклофилин
HEPES (2-гидроксиэтил) пиперазин -15Г-(2-этаносульфонова
кислота)
Hsp heat shock proteins, белки теплового шока
PPI peptidyl-prolyl-cis/trans-isomerase,
пептидил-пролил-цис-транс-изомераза PDI protein disulfide isomerase, протеиндисульфид-
изомераза ThT тиофлавин Т
TF триггер фактор

Фибриллы. При исследовании тонкой структуры фибрилл было показано, что она образуется из левозакрученных протофиламентов (Рис. 16). Основным структурным элементом протофиламента являются (3-слои, ориентированные перпендикулярно оси фибриллы [Jimenez et al., 2002]. Диаметр протофиламента зависит от количества p-слоев, участвующих во взаимодействиях, определяющих фибриллогенез [Chamberlain et al., 2000].
Протофиламенты

Протофибриллы

Фибрилла
Протофиламенты

Протофибриллы

Фибрилла
Рис. 16. Различные способы формирования фибрилл.
Результаты сопоставления спектров кругового дихроизма, а также инфракрасных спектров полипептидов в нативном состоянии и в составе амилоидных фибрилл свидетельствуют о том, что вне зависимости от вторичной структуры фибриллообразующего белка, в процессе фибриллогенеза он приобретает преимущественно Р-структуру, стабилизирующуюся за счет межмолекулярных водородных связей, а также гидрофобных и электростатических взаимодействий [Zandomeneghi et al., 2004; McAllister, 2005] (Рис. 17).