Масс-спектрометрическая идентификация белков и белковых комплексов на чипах атомно-силового микроскопа

• Автор: Кайшева, Анна Леонидовна
• Шифр специальности: 03.01.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 104 с.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Анализ научно-технического задела в области

высокочувствительных протеомных технологий 1.2 Характеристика вируса гепатита С

1.2.1 Методы диагностики гепатита С

1.2.2 Серологические белковые маркеры гепатита С

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 АСМ-чипы

2.2 Препараты белков и реактивы

2.3 АСМ-анализ
2.4 Подготовка образцов для масс-спектрометрического анализа
2.5 Масс-спектрометрический анализ
2.5.1 МАЛДИ-МС-анализ белков на поверхности АСМ-чипа
2.5.2 ЭСИ-МС-анализ белков на поверхности АСМ-чипа
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 МС-идентификация белков, выловленных с помощью
«химического фишинга» на поверхность АСМ-чипа из раствора аналита

3.2 МС-идентификация белков, биоспецифически выловленных
на поверхности АСМ-чипа из раствора аналита
3.3 МС-идентификация белков на поверхности АСМ-чипа,
биоспецифически выловленных из образцов сыворотки крови
ВЫВОДЫ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЛИТЕРАТУРА

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВГС - вирусный гепатит С
HBsAg -поверхностный антиген вируса гепатита В HCVcoreAg - нуклеокапсидный белок вируса гепатита С а-РР - альфа-фетопротеин ВМЗ - флавоцитохром Р450 ВМЗ
gpl20 - оболочечный гликопротеин 120 вируса иммунодефицита человека
МКА - моноклональные антитела
НСУ - вирус гепатита С
ГГЦР - полимеразная цепная реакция
АСМ - атомно-силовая микроскопия, атомно-силовой микроскоп МС - масс-спектрометрия, масс-спектрометр
МАЛДИ — матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация

ЭСИ - электроспрейный тип ионизации
ТФУ - трифторуксусная кислота
НССА - а-циано-4-гидроксикоричная кислота
БНВ - дигидроксибензойная кислота

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Развитие функциональной геномики и протеомики является важным достижением биотехнологии. Благодаря появлению новой методологической базы изучения белков, в том числе «чиповых» технологий, стало возможным проводить мониторинг физиологических процессов, изучать биомолекулярные взаимодействия, и что наиболее важно - детектировать и выявлять биомаркеры различных заболеваний [2, 92]. Биологические чипы представляют собой высокопроизводительные аналитические системы для белкового профилирования и изучения белок-белковых взаимодействий, составления полного атласа белков организма. Вместе с этим большинство таких аналитических систем имеют ограничения применения, связанные с низкой концентрационной чувствительностью либо с использованием флуоресцентных и радиоизотопных меток. Данная работа посвящена разработке и развитию новой технологии выявления и анализа белков и белковых комплексов в сложных смесях без использования химических меток путем сопряжения атомно-силовой микроскопии/биоспецифического фишинга и масс-спектрометрии [1].
3.1 МС-идентификация белков, выловленных с помощью «химического фишинга» на поверхность АСМ-чипа из раствора аналита.
На данном этапе экспериментальной работы были получены МС-спектры для модельных белков, химически иммобилизованных на поверхности АСМ-чипов из раствора аналита. Диапазон концентраций исследуемых белков в растворе аналита для авидина, ША, анти-аРР составлял 10'6-10'9 М, тропонина, аБР и Р450 ВМЗ - 10'б-10’8 М.