Молекулярно-генетическая характеристика бокавирусов, циркулирующих в Новосибирске

• Автор: Тюменцев, Александр Игоревич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 131 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. Обзор литературы

1.1. История открытия бокавирусов

1.2. Таксономия семейства Рагуоушбае

1.3. Организация генома НВоУ

1.4. Свойства и функции белков парвовирусов

1.5. Структура вириона бокавирусов человека

1.6. Репликация НВоУ

1.7. Транскриптом парвовирусов
1.8. Жизненный цикл НВоУ
1.9. Генетическая дивергенция бокавирусов человека
1.10. Патогенез бокавирусной инфекции
1.11. Персистепция бокавирусов в организме человека
1.12. Пути передачи бокавирусов человека
1.13. Лечение и профилактика НВоУ инфекции
1.14. Диагностика бокавирусной инфекции
1.15. Эпидемиология бокавирусной инфекции
1.16. Заключение
ГЛАВА 2. Пациенты, материалы и методы
2.1. Основная характеристика обследованных больных
2.2. Материалы
2.3. Основные методы
2.3.1. Сбор образцов
2.3.2. Осветление экстракта фекалий
2.3.3. Выделение вирусной ДНК
2.3.4. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)
2.3.5. Электрофоретический анализ образцов
2.3.6. Проведение полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «по конечной точке»
2.3.7. Очистка продуктов ПЦР
2.3.8. Постановка реакции Сэнгера
2.3.9. Очистка продуктов реакции Сэнгера

2.3.10. Филогенетический анализ
2.3.11. Статистический анализ
2.3.12. Анализ нуклеотидных последовательностей
2.3.13. Определение скорости молекулярой эволюции
ГЛАВА 3. Результаты
3.1. Исследование эпидемических особенностей бокавирусной инфекции человека в Новосибирске
3.2. Генотипирование изолятов бокавирусов, выявленных в Новосибирске
3.3. Секвснирование геномов изолятов бокавирусов, выявленных в Новосибирске
3.4. Анализ рекомбинационных событий в геномах НВоУ
3.5. Оценка скорости молекулярной эволюции НВоУ
3.6. Исследование особенностей репликации НВоУ
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АТФ - аденозинтрифосфат ВПЧ - вирусоподобные частицы
ГБУЗ НСО- Государственное бюджетное учреждение здравоохранения
Новосибирской области
дНТФ- дезоксирибонуклеозидтрифосфат
кДа-килодальтон
н.о. - нуклеотидный остаток
ОКИ - острые кишечные инфекции
ОРТ - открытая рамка трансляции
ОТ-ПЦР - обратная транскрипция - полимеразная цепная реакция
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ФСБР- фосфатно-солевой буферный раствор
ЭДТА- этилендиаминтетрауксусная кислота
AAV-аденоассоциированный вирус
CnMV-мельчайший вирус собак
dNTP-дезоксирибонуклеозидтрифосфат
GBoV-бокавирус гориллы
HBoV-бокавирус человека
HMG- хромосомальные белки
HMPV - метапневмовируса человека
IRF- интерферон-регулирующий фактор
MVMp- мельчайший вирус мышей
NP- нуклефосфопротеин
PBoV- парвовирус свиней
RPA- репликативный белок А
ТАЕ- трис-ацетатный буфер
ТВЕ- трис-боратный буфер
UP - уникальный белок

виде полноценных вирионов или переносится к тканям внутри макрофагов и других циркулирующих клеток [Jartti et al., 2012].
ДНК HBoVl может находиться в верхних дыхательных путях в течение нескольких месяцев после острой инфекции вследствие задержки в носоглотке или загрязнения слизистой вирусными частицами из вдыхаемого воздуха [Martin et al., 2010; von Linstow et al., 2008; Don et al., 2011; Blessing et al., 2009]. Однако персистенция HBoV отличается от таковой для вирусов В19 и AAV [Manning et al., 2007; Falcone et al., 2011; Lu et al., 2008; Kuethe et al., 2009]. Несмотря на то, что HBoVl способен вызвать системную инфекцию [Kantola et al., 2008], персистенцию этого вируса, возможно, следует искать в тканях дыхательных путей или кишечного тракта.
1.12. Пути передачи бокавирусов человека
Пути передачи бокавирусов человека неизвестны. Вероятно, как и другие парвовирусы, он может передаваться воздушно-капельным путем или при контакте с инфицированными фекалиями, мочой и т.д. [Berns et al., 2007]. Внутриутробное инфицирование маловероятно в связи с высокой иммунизацией беременных [Enders et al., 2009; Riipinen et al., 2010].
1.13. Лечение и профилактика HBoV инфекции
В настоящее время нет утвержденных методов лечения HBoV инфекции [Martin et al., 2010; Jartti et al., 2011]. Симптоматическое лечение может потребоваться в тяжелых случаях, и оно аналогично лечению других инфекций дыхательных путей. На сегодняшний день известен единственный клинический случай, в котором противовирусное лечение было связано с устранением HBoV у пациента с сочетанной инфекцией HBoV и HHV-6 [Streiter et al., 2011]. Мальчик страдал от иммунодефицита и утратил возможность продуцировать антитела во время иммунного ответа. Во время лечения цидофовиром, который является препаратом, специфичным для герпесвируса, HHV-6 виремия уменьшилась, и инфекция HBoV была успешно устранена. В этом случае исход согласуется с результатами другого