Регуляция экспрессии генов системы рестрикции-модификации типа II Eco29kl

• Автор: Нагорных, Максим Олегович
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 88 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Системы рестрикции-модификации у прокариот
1.1.1. Явление рестрикции-модификации
1.1.2. Типы систем рестрикции-модификации
1.1.3. Биологическая роль систем рестрикции-модификации
1.1.4. Структурная организация систем рестрикции-модификации
типа II
1.1.5. Регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации
типа II
1.1.5.1. Регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации
типа II метилтрансферазой
1.1.5.2. Регуляция экспрессии генов систем рестрикции-модификации
типа II С-белками
1.1.5.3. Регуляция экспрессии генов “линейных” систем
рестрикции-модификации типа II
1.2. Регуляция экспрессии генов антисмысловыми РНК
1.2.1. Биологические функции малых антисмысловых РНК
1.2.2. Характеристика цис-кодируемых антисмысловых РНК
1.2.3. Механизмы действия цис-кодируемых антисмысловых РНК
1.2.4. Различия между цис-кодируемыми и транс-кодируемыми
асРНК
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Материалы и реактивы
2.1.1. Штаммы бактерий и плазмидные вектора
2.1.2. Среды и основные буферы
2.1.3. Материалы и реактивы
2.2. Методы исследования
2.2.1. Получение бактериальной биомассы
2.2.2. Выделение плазмидной ДНК
2.2.3. Выделение тотальной РНК
2.2.4. Препаративное выделение фрагмента ДНК
2.2.5. Получение препарата фага A.vir в высоком титре
2.2.6. Получение компетентных клеток E. coli и их трансформация
2.2.7. Анализ рекомбинантных югонов
2.2.8. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2.2.9. Мечение 5’-конца ДНК полинуклеотидкиназой фагаТ4
2.2.10. Определение и анализ первичной последовательности ДНК
2.2.11. Лигирование фрагментов ДНК
2.2.12. Реакция транскрипции in vitro
2.2.13. КМпО (перманганатный) фут-принтинг
2.2.14. Реакция удлинения праймера
2.2.15. ПЦР с детекцией продуктов в режиме реального времени
2.2.16. Электрофорез нуклеиновых кислот
2.2.17. Northern-гибридизация
2.2.18. Определение ß-галактозидазной активности
2.2.19. Сайт-направленный мутагенез 49 Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Структурная организация генов системы
рестрикции-модификации типа II Eco29kI
3.2. Промоторы гена эндонуклеазы рестрикции системы рестрикции-модификации типа II Eco29kI
3.3. Промотор гена метилтрансферазы системы
рестрикции-модификации типа II Eco29kI
3.4. Система рестрикции-модификации типа II Eco29kI кодирует два типа мРНК
3.5. Антисенс-промоторы системы рестрикции-модификации
типа II Eco29kI

3.6. Влияние транскрипции с антисенс-промоторов на транскрипцию гена эндонуклеазы рестрикции есо29кШ
3.7. Влияние активности антисенс-промоторов на
экспрессию гена эндонуклеазы рестрикции есо29кШ
3.8. Активность антисенс-промоторов вызывает деградацию бицистронной мРНК
3.9. Модель регуляции экспрессии генов системы
рестрикции-модификации типа II Есо29к1
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

токсина, который убивает клетки, потерявшие плазмиду, в последнем случае регулируется трансляция мРНК, которая кодирует транспозазу (Greenfield, 2001; Gerdes, 2007; Weaver, 2007). Контроль над репликацией плазмид R1, IncB, Incla осуществляется асРНК СорА и Inc, путем ингибирования трансляции лидерного пептида, который необходим (механизм ко-травсляции) для эффективной трансляции белка Rep (Brantl, 2002). в) Ингибирование созревания праймера.
Этот механизм был обнаружен только для ColEl-подобных и собственно для ColEl плазмиды (Eguchi, 1991). Эти плазмиды кодируют праймер для репликации, которая сначала синтезируется как 550-нуклеотидный предшественник (RNAII). Для образования стабильного RNAII/DNA гибрида в ориджине плазмиды, RNAII должна приобрести специфическую вторичную и третичную струтуры, которые получаются во время синтеза. Зрелый праймер, который может быть удлинен ДНК-полимеразой I, получается позже - при расщеплении РНК-цепи РНК/ДНК гибрида РНказой Н.
А) Ингибирование созревания праймера Б) Ингибирование формирования псевдоузла
Рис.11 А) Ингибирование созревания праймера, вызванное действием цис-кодируемой асРНК RNA I. Б) Механизм ингибирования образования активаторного псевдоузла, обусловленный действием цис-кодируемой асРНК Inc.
Связывание асРНК (RNAI), которое должно происходить во время короткого определенного временного промежутка, вызывает изменения в образующемся праймере, препятствуя его созреванию. “Киссинг”-комплекс
CnIKi: »nai-rnah
It'.chi р'.іьшкі;,: ІінЛсд