Вирус гепатита A: генетические особенности изолятов, выявленных в Сибирском регионе, и штаммов, адаптированных к культурам клеток

• Автор: Бондаренко, Татьяна Юрьевна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 123 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1Л. Общие сведения о гепатите А и его возбудителе

1.2. Жизненный цикл ВГА

1.3. Клиническая картина гепатита А, динамика иммунного ответа, диагностика

1.4. Генотипы и географическое распространение ВГА

1.5. Адаптация ВГА к росту в культуре клеток

1.6. Вакцины

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Материалы: химические реактивы, ферменты, наборы, клинические
образцы, клеточные культуры и вирусы
2.2. Методы
2.2.1. Выделение РНК из клинических образцов и препарата очищенного ВГА
2.2.2. Проведение реакции обратной транскрипции
2.2.3. Проведение реакции РНК - лигирования
2.2.4. Проведение полимеразной цепной реакции и очистка продуктов амплификации
2.2.5. Секвенирование
2.2.6. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей
2.2.7. Компьютерный анализ выведенных белковых последовательностей
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Сравнительный генетический анализ изолятов ВГА, выявленных в Сибирском регионе в 2001-2002 годах
3.2 Сравнительный анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей штамма МБ-7/4647 с аналогичными характеристиками известных штаммов ВГ А
3.3 Сравнительный анализ нуклеотидных и аминокилотных
последовательностей штаммов МБ-7/293, адаптированного к росту в культуре клеток НЕК293, и штамма МБ-7/4647,1 адаптированного к росту в культуре клеток 4647 с аналогичными характеристиками известных штаммов ВГА
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АГ - антиген АТ - антитело
а. о. - аминокислотный остаток ВГА - вирус гепатита А
ВОЗ- Всемирная Организация Здравоохранения ГА - гепатит А
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ИЛ — интерлейкин
ИФА - иммуноферментиый анализ
кБ - килобаза (тысяча нуклеотидов)
кДа - килодальтон
кДНК - комплементарная ДНК
КК - культура клеток
мРНК - матричная РНК
МКА - моноклональные АТ
н. - нуклеотид
н.п. - нуклеотидная пара
НТО- нетранслируемая область
ОТ - обратная транскрипция
ПЦР-полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
РФ — Российская Федерация
ТАЕ - трис- ацетатный буферный раствор
ФГУЗ - Федеральное Государственное Учреждение Здравоохранения ЦДЭР - цис-действующий элемент репликации ЭПР — эндоплазматический ретикулюм
AGMK - African green monkey kidney cell culture (культура клеток почки африканской зеленой мартышки)
CDC - Center for Disease Control and Prevention (Центр по контролю и предупреждению заболеваний)
elF - eukaryotic initiation factors (инициирующий фактор трансляции у эукариот)
FDA - Food and Drug Administration (Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (США))
FRhk - Fetal Rhesus monkey kidney cells (клетки почки эмбриона макаки- резус) Frp/З — сублиния клеток обезьяны FRhK
НЕК - human embryonic kidney (клетки почки эмбриона человека)
HFS - human fibroblast strains (клетки фибробластов человека)
IRES - internal ribosome entry site (внутренний сайт посадки рибосом)
LLC-MK2 - Kidney, Rhesus monkey, Macaca mulatta, Line Cell (линия клеток почки обезьяны)
КМВ17 - human embryonic lung cell line (линия клеток легкого человека)
МК-5 - monkey kidney cell (клетки почки обезьяны)
MRC-5 - Medical Research Council 5 (диплоидные клетки легкого человека)
NAT - nucleic acid testing (технологии определения нуклеиновых кислот)
NJ - neighbor joining (метод объединения ближайших соседей)
РАВР - поли А- связывающй белок
PATRIC - PAThosystems Resource Integration Center (Биоинформационный Центр Вирджинии)
РСВР2 - белок связывающий поли (С)- тракт
РТВ - белок связывающий полигшримидиновый тракт
GAPDH -глицеральдегид-3 -фосфат-дегидрогеназа
РРТ - polypyrimidine tract (полипиримидиновый тракт)
pYl — first pyrimidine-rich tract (первый полипиримидиновый тракт)
RdRp — RNA- dependent RNA-polymerase (РНК-зависимая РНК-полимераза) OriR, -L (replication origin Right (-Left)) - цис- элемент репликации правый, -левый.
VBI - Virginia Bioinformatics Institute VP - virion protein (вирионный белок)
VPg - virion protein genome- linked (белок, присоединенный к вирусной РЕК)
Wt - wild type (дикий тип)

день различают шесть генотипов вируса- ГА, при этом генотип объединяет штаммы с нуклеотидной идентичностью более 85%. В свою очередь генотипы подразделяются на субгеногипы А и В с вариабельностью в пределах 7,5%. Генотипы I - III вызывают ГА А у людей, а IV — VI циркулируют у обезьян (Costa- Mattioli, 2003; Robertson, 1992). Генотип IA является преобладающим, к нему относятся около 80% циркулирущих изолятов ВГА у людей (Costa-Mattioli, 2003; Davidkin, 2007; Nainan, 2005; Pina, 2001; Robertson, 1992). Наиболее хорошо изучены представители субгенотипов IA и IB. В 2004 году был идентифицирован новый вариант субгенотипа IB, циркулировавший в 2000-2002 годах в Южной Италии, характеризующийся тем, что у него, как и у штаммов генотипа IA, в позиции 788 (район VP1) полипротеина находится Arg вместо Lys (Chironna, 2004). На территории России чаще выявляются изоляты IA субгенотипа (Davidkin, 2007). Выявлена циркуляция одновременно двух субгенотипов IA и IB во время эпидемий в Болгарии (Reuter, 2006) и в Бразилии (Villar, 2006).
Хорошо изучены два изолята Il-го генотипа CF53 и SLF88, которые классифицированы на субгенотипы IIA и IIB, соответственно (Ching, 2002; Costa-Mattioli, 2003; Lu, 2004). Изолят IIA генотипа CF53/Bern выделен в 1979 г. во Франции и полностью секвенирован Lu в 2004 году (Lu, 2004). Изолят IIB генотипа SLF88 выделен в 1988 г. в Сьерра- Леоне; этот вариант был реклассифицирован из VII генотипа при анализе его полной геномной последовательности (Costa- Mattioli, 2002; Ching, 2004).
Представители IIIA генотипа были обнаружены в США в 1976 г.- изолят GA76 (Georgia/GA76/1976) (Khanna, 1992), изоляты Р27 (Costa-Mattioli, 2002) и NOR-21 в Европе (Robertson, 1992; Stene-Johansen, 1999; Costa-Mattioli, 2001; Pina, 2001). Вирусы ГА IIIA генотипа были причиной вспышек заболевания ГА среди получателей внутривенных лекарств и наркоманов в Швеции (1979-1985 гг.); Норвегии (1997—1998 гг.); США, Великобритании и Эстонии (1998-1999 гг.) (Robertson, 1992; Stene-Johansen, 1999; O'Donovan, 2001; Tallo, 2003), в Европе (Stene-Johansen, 2005). Данный вариант вируса был обнаружен в