Генетический полиморфизм области гена pol, кодирующей протеазу и интегразу ВИЧ-1 в популяциях вирусов, циркулирующих на территории Российской Федерации

• Автор: Гафарова, Ирина Эриковна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 125 с. : ил.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АЗТ — азидотимидин
А.о. — аминокислотный остаток
АРП - антиретровирусные препараты
ВААРТ - высокоактивная антиретровирусная терапия
ВИЧ-1 - вирус иммунодефицита человека типа
ВП - вирусоспецифическая протеаза
ДНК — дезоксирибонуклеиновая кислота
ИН - интегараза
ИИН - ингибиторы интегразы
ИП - ингибиторы протеазы
НИОТ - нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы ННИОТ - ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы ОТ - обратная транскриптаза ПИК - преинтеграционный комплекс ПИН - потребители инъекционных наркотиков РНК - рибонуклеиновая кислота РФ - Российская Федерация кДНК - комплементарная ДНК мРНК - матричная РНК ЭПР - эндоплазматический ретикулум APOBEC3G - apolipoprotein В mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptidelike 3G ТАЕ - трис - ацетатный буфер LTR - Long Terminal Repeats RAL - ралтегравир EVG - элвитегравир SU - поверхностный белок ТМ - трансмембранный белок МА - матриксный белок СА - капсидный белок TAR - trans-activation response Gag - group-specific antigen Pol - polymerase Env - envelope
NC - нуклеокапсидный белок
Tat - trans-activator of viral transcription
Rev - regulator of viral expression
Vif - virus infectivity factor
Vpr - viral protein
Vpu - viral protein unknown
Nef - negative factor
Pu - пурин
Руг — пиримидин

Ак - аминокислоты АРМ - ампренавир fAPM - фосфампренавир IDV - индинавир LPV - лопинавир NFV - нелфинавир RTV - ритонавир ATV - атазановир SQV - секвинавир
BAF - barrier to autointegration factors INI1 - integrase interactor
LEDGF/p75 - lens epithelium-derieved growth factor/p
EED - polycomb group embryonic ectoderm development protein
HRP2 - hepatoma-derived growth factor related protein
HSP60 - heat shock protein
рЗОО ацетилтрансфераза
NTD - N-концевой домен
CCD - срединный или каталитический домен
CTD - С-концевой домен
Ki - константа ингибирования
PBS - primer-binding site

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Распространение ВИЧ-инфекции в мире
1.2. Молекулярная эпидемиология ВИЧ
1.3. Патогенез ВИЧ-1
1.4. Структура вирусной частицы ВИЧ-1
1.5. Организация генома ВИЧ-1
1.6. Жизненный цикл ВИЧ-1
1.7. Лекарственная устойчивость
1.8. Протеаза ВИЧ-1
1.8.1. Структурная организация протеазы ВИЧ-1
1.8.2. Ингибиторы протеазы ВИЧ-1
1.9. Интеграза ВИЧ-1
1.9.1. Структурная организация интсгразы ВИЧ-1
1.9.2. Субъединичная организация интегразы ВИЧ-1
1.9.3. Механизмы ферментативных реакций интегразы ВИЧ-1
1.9.4. Структура каталитического центра интегразы ВИЧ-1
1.9.4.1. Оценка данных рентгеноструктурного анализа интегразы ВИЧ-1
1.9.4.2. Модель организации активного центра интегразы ВИЧ-1
1.9.5. Ингибиторы интегразы ВИЧ-1
1.9.5.1. Мутации устойчивости интегразы к химиопрепаратам
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Пациенты
2.2. Забор крови и выделение лимфоцитов
2.3. Выделение тотальной ДНК
2.4. Выделение РНК
2.5. Проведение реакции обратной транскрипции
2.6. Проведение полимеразной цепной реакции
2.7. Электрофорез ДНК
2.8. Приготовление ДНК для секвенирования
2.9. Секвенирование ДНК
2.10. Построение алайментов и филогенетический анализ

при появлении мутации D30N происходит потеря отрицательного заряда в результате замены D на N, что в свою очередь приводит к нарушению связывания ингибитора и фермента. Данная замена часто ассоциирована с мутацией N88D, и практически не встречается с мутацией N88S. Так, Mitsuya Y. с соавторами при исследовании вариантов вирусов от 1550 ВИЧ-инфицированных пациентов установили, что частота встречаемости мутаций D30N; D30N+N88D и D30N+N88S составляет 8,7%; 15,7% и 0,2%
соответственно (Mitsuya et al., 2006).
Двойная мутация D30N и L90M по данным ряда авторов выявляется в очень ограниченных группах пациентов (Ode et al., 2006), так как эти замены оказывают друг на друга супрессирующий эффект. Механизм взаимного исключения мутаций D30N и L90M пока не понятен, поскольку кодон D30 локализован в сайте S2 протеазы, в то время как кодон L90 в значительной степени удален от каталитического центра фермента и, следовательно, эти локусы не должны оказывать влияния друг на друга (рис. 6). Вообще, достаточно сложно объяснить появление резистентности при возникновении мутаций (в частности замены L90M) в позициях, удаленных от каталитических центров, обеспечивающих ферментативную активность ВП. Несмотря на это, некоторые авторы полагают, что мутация L90M вызывает ряд изменений во взаимодействии между атомами в кодоне L90 и кодоне активного сайта фермента D25 (рис. 8). Небольшое смещение аминокислотных остатков в позиции 25 приводит к вращению цепи в кодоне 184, что в свою очередь, приводит к смещению ингибитора относительно его места связывания (Ode et al., 2006).
Рис. 8 (Hirotaka Ode, 2006).