Изучение вариаций в организации и экспрессии оперонов рибосомных белков эубактерий

• Автор: Хайруллина, Гузель Анваровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 130 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Расположение генов р-белков на хромосоме E. coli

Организация генов р-белков в оперонах

Механизмы регуляции синтеза р-белков E. coli

Сравненительный анализ четырех р-оперонов

Сравнение структуры оперонов

Спектиномициновый оперон

Стрептомициновый оперон
Альфа-оперон
L10(L12)-onepoH
Сравнение участков связывания р-белков S4, S8, S7 и комплекса L10(L12)4 с рРНК

Связывание р-белка S8 с рРНК
Связывание р-белка S7 с рРНК
Участок связывания р-белка S4 с 16S рРНК
Связывание р-белка L10(L12) с рРНК
Участки связывания р-белков S4, S8, S7 и комплекса L10(L12)4 с мРНК
Связывание р-белка S8 с мРНК
Связывание р-белка S7 с мРНК
Связывание р-белка S4 с мРНК
Связывание комплекса р-белков L10(L12)4 с мРНК
Сравнение уровня синтеза белков оперонов в условиях регуляции
Уровень синтеза белков spc-оперона
Уровень синтеза белков .tfr-перона
Уровень синтеза белков альфа-оперона
Предполагаемый механизм регуляции трансляции оперонов
Предполагаемый механизм регуляции трансляции зрс-оперона
Предполагаемый механизм регуляции трансляции slr-оперона
Предполагаемый механизм регуляции трансляции альфа-оперона
Предполагаемый механизм регуляции трансляции 1Л0(Ь12)-оперона
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Филогения исследуемых эубактерий
Организация генов р- белков в оперонах разных бактерий
E.coli
V.cholerae
5. aureus
Регуляция трансляции р-оперонов
Короткие РНК бактерий (бкРНК), картированные в оперонах р-белков
S15 и S1 опероны
L28 оперон

S6 оперон
S16 оперон
LI 1 оперон
L20/thrS оперон
L10(L12) оперон
S10 оперон
S£>c-onepoH
L10(L12)-onepoH (семейство ncR 55)
Альфа-оперон
Sfr-оперон
Сравнительный анализ str - и альфа оперонов эволюционно различных
микроорганизмов
Сравнительный анализ str - оперонов различных микроорганизмов
Сравнительный анализ альфа - оперонов различных микроорганизмов
Регуляция синтеза str- и альфа-оперонов на уровне мРНК
Регуляция синтеза str- и альфа-оперонов в нормальных условиях
Регуляция синтеза sTr-оперона
Регуляция синтеза альфа-оперона
Регуляция синтеза str- и альфа-оперонов в различных условиях
Регуляция экспрессии sfr-оперона в клетках E. coli, мутантных по
полинуклеотидфосфорилазе
Регуляция экспрессии альфа-оперона в клетках E. coli, мутантных по
полинуклеотидфосфорилазе
Регуляция экспрессии л/г-оперона E. coli в стрессовых условиях (минимальная
среда)
Регуляция экспрессии альфа-оперона E. coli в стрессовых условиях (минимальная среда)
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Используемые штаммы микроорганизмов и реактивы
Штаммы:
Праймеры:
Препараты:
Используемые методы
Условия выращивания микроорганизмов
На твердой среде
В жидкой среде
Выделение нуклеиновых кислот из клеток E.coli
Выделение тотальной РНК из клеток E.coli
Получение кДНК с помощью реакции обратной транскрипции с препаратов РНК

Полимеразная цепная реакция в реальном времени (П1ДР РВ)
Нозерн-блот гибридизация
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
$1г - оперон - стрептомициновый оперон яре -оперон - спектиномициновый оперон р-белки - рибосомные белки бкРНК- бактериальные короткие РНК
кмРНК- бактериальные короткие РНК комплементарные мРНК п.н. - пара нуклеотидов; н.о. - нуклеотидные остатки; кДа - килодальтон;
РСА - Рентгеноструктурный анализ;
ПЦР - полимеразная цепная реакция;
ПААГ - полиакриламидный гель;
БСА - бычий сывороточный альбумин;
ЭДТА - этилендиаминтетраацетат натрия;
ТРИС - 2-амино-2-(гидрокси-метил)-1,3-пропандиол;
ИПТГ - изопропилтиогалактозид;
ДМСО - диметилсульфоксид;
БТТ - дитиотреитол;
ТЕМЕД - М,М,М',1>Г-тетраметилэтилендиамин;

С—в и-А
С-С А-и А-и
ААи°и сл . с А А АС и А-и
" Аи ..бииб А-и

С А А

9А С—в IV С-

во О > ос>

АО III

в «А -

А-и и ~А А-. и-АА
С-с С-Я^ СО и-А СО

и Ю А
в С СО
и-р -и <

Рис. 18. Предполагаемая вторичная структура фрагмента мРНК между цистернами 57 и

Выделены элементы регуляции трансляции гена белка Б7 и стоп-кодон белка Б12. Спиральные участки пронумерованы от I до V.