Механизм действия белкового суперкомплекса, содержащего фактор транскрипции SAYP

• Автор: Шидловский, Юлий Валерьевич
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 233 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Транскрипция у эукариот

1. Инициация транскрипции. РНК-полимеразы

2. Области контроля транскрипции

3. Хроматин и транскрипция

II. Транскрипционные факторы

1. Компоненты транскрипционного аппарата

2. Общие факторы транскрипции (GTFs)
3. Активаторы и репрессоры
III. Коактиваторы транскрипции
1. Классификация корегуляторов транскрипции
2. Хроматин-ремоделирующие комплексы
3. Хроматин-модифицирующие комплексы
4. Взаимодействие хроматин-ремоделирущих и модифицирующих комплексов
IV. Активация транскрипции РНК-полимеразой II
1. Модель сборки преинициаторного комплекса РНК-полимеразы II на ДНК in vitro
2. Взаимодействие коактиваторов на промоторе
~ 2 ~
3. Активация генов in vivo: последовательное привлечение факторов
4. Модель одновременного привлечения факторов транскрипции на промотор
V. Элонгация транскрипции, созревание и экспорт мРНП
1. Транскрипционная пауза. Элонгация и терминация транскрипции
2. Созревание мРНП. Комплекс ТНО и TREX
VI. Регуляция транскрипции
1. Модульная структура транскрипционного аппарата
2. Комбинаторная модель регуляции транскрипции. Синергизм действия и контекст-зависимая активность факторов транскрипции
3. Регуляция транскрипции
4. Регуляция активности транскрипционных факторов
5. Репрессия транскрипции и сайленсинг
6. Организация ядра и транскрипция
VII. Сигнальные пути и их связь с аппаратом транскрипции
1. Передача сигнала внутри клетки
2. Сигнальный путь JAK/STAT: основные компоненты
3. Связь JAK/STAT-пути с аппаратом транскрипции
4. Роль JAK/STAT пути в онтогенезе
5. Экдизоновый каскад
6. Ядерные рецепторы
7. Ядерный рецептор DHR
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
~ 3 ~
ОБЪЕКТ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ
Гены группы е(у)Ы
Ген е(у)3 и коактиватор БАУР
Ген е(у)2 и фактор ЕЫ У
Цели и задачи исследования
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Материалы
Реактивы
Клеточные линии, штаммы. Плазмиды
Антитела
Праймеры
Программное обеспечение
Методы работы с ДНК и РНК
Приготовление компетентных клеток Е.соН и трансформация. Выделение
плазмидной ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-
электрофорез. ПЦР. Нозерн-блот анализ. Секвенирование
Создание конструкции рТгАвзау
Выделение тотальной РНК, получение кДНК и измерение уровня экспрессии

Получение двух цепочечной РНК
Методы работы с белками
Эмбриональный ядерный экстракт. Экстракт из клеток Б
Очистка белковых комплексов. МАЬВПТОЕ

ТАРб играют важную роль в функционировании промоторов, поскольку некоторые из них непосредственно взаимодействуют с рядом базальных элементов -инициатором (ТАР1, ТАР2) и ВРЕ (ТАЕ6, ТАЕ9), имеющихся в промоторах большинства генов. И хотя эти взаимодействия ТАРб с промотором слабее и менее специфичны, чем связывание ТВР с ТАТА, тем не менее они важны для транскрипции, особенно с промоторов, не содержащих ТАТА-последовательности. Кроме того, они увеличивают уровень транскрипции и с ТАТА-содержащих промоторов. Таким образом, ТАРб обеспечивают часть промотор-узнающей поверхности ТР1Ш (22).
Также ТАРб влияют на функционирование промоторов посредством взаимодействия и изменения активности компонентов транскрипционного аппарата. Так, например, ряд ТАРб влияют на способность ТВР связываться с ТАТА-последовательностью. В частности, ТАР4 стабилизирует связывание ТВР с промотором и одновременно подавляет взаимодействие ТВР с не содержащими ТАТА-элемента промоторами. Наоборот, ТАР1 блокирует связывание ТВР с ТАТА-последовательностью, что приводит к автоингибированию ТР1ГО, ингибируя узнавание ТАТА-последоватсльности, и, таким образом, предотвращая инициацию на ряде промоторов. Подобное влияние ТАР1 на стабильность взаимодействия с промотором зависит от архитектуры последнего. Например, при отсутствии инициатора, имеет место ингибирование ТАТА-связывающей активности ТВР, тогда как при наличии инициатора, наоборот, ТАТТ, а также ТАБ2 стабилизируют взаимодействие ТЛЮ с промотором (71).
Возможно, имеется ряд механизмов, позволяющих ТАРб выполнять промотор-селективнуго роль:
- изменение аффинности ТР1Ю по отношению к различным промоторам благодаря специфическим контактам ТАРб с элементами промотора,
~ 35 ~