Семейный анализ генетической предрасположенности к рассеянному склерозу

• Автор: Макарычева, Ольга Юрьевна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 131 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Этиология и клинико-эпидемиологическая характеристика РС
1.1.1. Клинические признаки РС
1.1.2. Эпидемиология РС
1.1.3 Этиология и патогенез РС
1.2. Исследование наследственных факторов в этиологии РС:
анализ ассоциации и сцепления
1.2.1 Подход "ген-кандидаг"
1.2.2. Полногеномный поиск ассоциаций (СЭДАЗ)
1.2.3. Анализ вклада генов-кандидатов в предрасположенность к
РС на семейном материале
1.2.3.1. Метод АББАС
1.2.3.2. Тест неравновесной передачи аллелей (ГОТ)
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Использованные реактивы
2.2. Объект исследования
2.3. Полиморфные участки генов, анализ которых проводился
в работе
2.4. Выделение геномной ДНК из периферической крови
2.5. Геномное типирование
2.5.1. Геномное типирование локуса НЬА-ОРД

2.5.2. Геномное типирование полиморфного участка в положении +49 первого экзона гена CTLA4
2.5.3. Геномное типирование полиморфного участка в положении +874 гена IFNG
2.5.4. Геномное типирование полиморфного участка в положении -174 гена Лб
2.5.5. Геномное типирование полиморфного участка в положении -308 гена TNF
2.5.6. Геномное типирование полиморфного участка в положении -509 гена TGFB1
2.5.7. Г еномное типирование полиморфного участка в положении -590 гена IL4
2.5.8. Г еномное типирование полиморфного участка в гене CCR5
2.5.9. Г еномное типирование полиморфного участка в положении -403 гена RANTES
2.5.10. Геномное типирование полиморфного участка в положении -1562 гена ММР9
2.5.11. Геномное типирование полиморфного участка в положении +372 гена TIMP1
2.6. Статистический анализ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Обоснование выбора генов-кандидатов для
исследования предрасположенности к PC у русских
3.1.1. Ген HLA-DRB1
3.1.2. Ген CTLA4
3.1.3. Гены провоспалительных цитокинов

3.1.4. Гены антивоспалительных цитокинов
3.1.5. Гены RANTES и CCR5
3.1.6. Гены ММР9 и TIMP1
3.2. Анализ полиморфизма гена HLA-DRB1
3.3. Анализ полиморфизма 49A>G гена CTLA4
3.4. Анализ полиморфизма 874А>Т гена IFNG
3.5. Анализ полиморфизма -174G>C гена IL6
3.6. Анализ полиморфизма -308A>G гена TNF
3.7. Анализ полиморфизма -509ОТ гена TGFB1
3.8. Анализ полиморфизма -590С>Т гена IL4
3.9. Анализ полиморфизма CCR5(w—>d)
3.10. Анализ полиморфизма —403G>A гена RANTES
3.11. Анализ полиморфизма -15620Т гена ММР9
3.12. Анализ полиморфизма 372С>Т гена TIMP1
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

2.3. Полиморфные участки генов, анализ которых проводили в работе
В таблице 3 представлены полиморфные участки, анализ которых проводили в работе..
Таблица 3; Полиморфные участки генов, анализ которых проводили в работе
Ген/маркер Полиморфизм* Названия аллелей
HI. A DRB1 Группы аллелей, соответствующие серологическим специфичностям
CTLA4 , SNP 49A>G (17ТЙГ —» Ala ) A, G
IFNG SNP 874А>Т ' А, Т
IL6 SNP -174G>C G, С
TNF SNP -308A>G. A, G
IL4 SNP -590C>T' G, Т
та ьв1 SNP -509OT с,т
CCR5 Дикий тип —> делеция 32 п.н. w,.d
RANTES SNPI03G>A A, G
ММР9 SNP -1562С>Т С, Т
TIMP1 SNP 3720T С, Т'
Используемые; сокращения: CCR5 - ген рецептора СС-хемокинов» 5; CTLA4
ассоциированного с цитотоксическими Т-лимфоцитами белка; НЬА-ПИВ! - ген р-цепи 1 ИЯ комплекса гистосовместимости класса'II; №N0 - ген интерферона-"/, //.-/ — ген интерлсйкина-4,1Ь6
- ген интерлейкина-6, ММР9 — ген матриксной; метаплопротейназы 9, ЛМАПЖ— ген хемокина, регулируемого при. активации, экспрессируемого и секретируемого нормальными Т-клетками, ЮРВ1 - ген трансформирующего фактора.роста р1; ТЫР - ген фактора некроза опухолей; Т1МР1
- ген тканевого и ингибитора.. 1 матриксных металлопротеиназ, у - дикий’ тип; БЫР -однонуклеотидныйполиморфизм:
* Все положения БОТ указаны относительно участка старта транскрипции, за исключением БНР,49А>0 гена СТ1Л4, где +49 является положением относительно участка старта трансляции.
2.4. Выделение геномной ДНК из периферической крови
' Для получения ДНК необходимой чистоты и достаточного молекулярного веса применяли модифицированный метод выделения ДНК из крови с использованием экстракции смесью (фенол-хлороформ [148].
1) В качестве, образца брали 5 мл венозной крови, добавляли ЭДТА, pH 8,0, до 25 мМ и замораживали при:-20°С.
2). После размораживания образец смешивали с 5 мл раствора Т20Е5 (20 мМ Тпб-НС1 pH 7,5, 5 мМ ЭДТА) и центрифугировали при 2400 об/мин в течение 5 мин- при комнатной температуре.