Белковые маркеры для сывороточной диагностики опухолей толстой кишки

• Автор: Букурова, Юлия Александровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 98 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

МЕТОДЫ ПРОТЕОМИКИ

1.1. Методы протеомики in vitro

1.1.1. Двумерный гель-электрофорез

1.1.2. Двумерный дифференциальный гель-электорофорез 1 б

1.1.3. SELDI

1.2. Методы обратной протеомики

1.2.1. SEREX

1.2.2. Proteomex
1.2.3. AMIDA
1.3. Методы протеомики in silico
1.3.1. Биоинформатический поиск в базе данных Oncomine
1.3.2. Биоинформатический поиск в базе данных EST
1.3.3. Биоинформатический поиск в базе данных SAGE
МЕТОДЫ ТРАНСКРИПТОМИКИ
1.4. Профилирование экспрессии микроРНК
1.5. Высокопроизводительное секвенирование нкРНК
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Получение образцов ткани
2.2. Получение сывороток крови
2.3. Экстракция белков
2.4. Определение концентрации белков
2.5. Разделение белков в ПААГ
2.5.1. Метод одномерного гель-электрофореза
2.5.2. Метод двумерного гель-электрофореза
2.5.3. Метод трис-трицинового гель-электрофореза
2.6. Окрашивание гелей Кумасси G

2.7. Окрашивание гелей солями серебра
2.8. Гель-фильтрация объединенных белковых экстрактов
2.9. Идентификация белков
2.10. Биоинформатический поиск потенциальных
белковых маркеров опухолей толстой кишки
2.10.1. Поиск в БД SAGE
2.10.2. Поиск микроРНК
2.11. Вестерн блот анализ
2.12. Иммунопреципитация зрелого дефензина 5 из
сывороток крови
2.13. Получение моно- и поликлональных антител к
дефензину
2.13.1. Получение рекомбинантных фрагментов и конъюгатов синтетических пептидов дефензина
2.13.2. Получение монклональных антител к
зрелому дефензину
2.13.3. Получение поликлональных антител к
зрелому дефензину
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
3.1. Поиск сыворточных белковых маркеров опухолей
толстой кишки
3.1.1. Сравнительный анализ изменений протеома нормальных и опухолевых тканей с помощью метода 2DE
3.2. Разработка алгоритма биоинформатического поиска потенциальных белковых маркеров для сывороточной диагностики опухолей
3.3. Анализ содержания идентифицированных белковых маркеров в нормальных и опухолевых тканях толстой кишки
3.4. Сывороточная диагностика рака толстой кишки с использованием основного кишечного альфа дефензина

3.4.1. Получение высокоаффинных антител к
зрелому дефензину
3.4.1.1. Получение антител к конъюгатам пептидов
3.4.1.2. Получение моноклональных антител
3.4.1.3. Получение поликлональных антител
3.4.2. Сравнительный анализ количества дефензина 5 в сыворотках крови здоровых доноров и пациентов с диагнозом аденокарцинома толстой кишки
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
БЛАГОДАРНОСТИ

Анализ частоты использования описанных в обзоре методов идентификации онкомаркеров по базе данных PubMed показал, что наиболее информативны с точки зрения клинической диагностики методы протеомики in vitro, а на втором месте находятся методы протеомики in silico, популярность которых продолжает расти (Табл. 2). Несмотря на большую историю геномных методов поиска диагностических маркеров опухолей и их высокую и все растущую популярность, применение этих методов в клинической практике весьма ограничено.
Как известно, чувствительность методов детекции белков в настоящее время далеко отстает от чувствительности методов анализа нуклеиновых кислот. С учетом того, что динамический диапазон концентраций белков достигает триллиона раз, а РНК - лишь около тысячи раз, можно сделать вывод о том, что время протеомики пока еще не пришло, а дальнейшее ее развитие будет зависеть от создания новых, гораздо более чувствительных и специфичных аналитических процедур. Наконец, проведенный анализ позволяет предположить, что молекулярная онкология и клиническая диагностика рака, по-видимому, находятся на пороге коренных перемен, связанных с открывшейся возможностью полной реконструкции клеточных и тканевых транскриптомов методами высокопроизводительного секвенирования.