Структурное исследование О-антигенных полисахаридов отдельных представителей морских грамотрицательных бактерий методом спектроскопии ЯМР

• Автор: Кокоулин, Максим Сергеевич
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 154 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1 ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1Л Общая характеристика липополисахаридов

1.2 Структуры О-антигенов морских грамотрицательных бактерий.

1.2.1 Класс Саттарго1еоЬас1ег1а

1.2.1.1 Семейство УАгюпасеае

1.2.1.2 Семейство Ряеи/АоаНеготопаАасеае

1.2.1.3 Семейство Б1геуапе11асеае

1.2.1.4 Семейства МогахеПасеае, М'ютагтасеае, АкеготопскЗасеае,
ОсеапозрггШасеае
1.2.2 Класс Р1ауоЬа&егиа
1.2.3 Класс А1ркарго1еоЬа^епа
1.3 Спектроскопия ЯМР в исследовании углеводов
1.3.1 Одномерная спектроскопия ЯМР
1.3.2 Двумерная спектроскопия ЯМР
1.4 Липополисахариды морских грамотрицательных бактерий как
антагонисты эндотоксинов
2 РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
2.1 Структурное исследование О-специфического полисахарида
СоЬеИарасгАса КММ 3879т
2.2 Структурное исследование О-специфического полисахарида
СоЬеАарас 'фса КММ 3
2.3 Структурное исследование О-специфического полисахарида
ЯИе'ткеппегарасфса КММ 1406т
2.4 Структурное исследование О-специфического полисахарида
Ыютагта а6>таа/А КММ 2

2.5 Структурное исследование О-специфического полисахарида Шоптопаз 1аеапет1$ С5Т
2.6 Структурное исследование О-специфического полисахарида ЕсМтсо1а у1еШатет1з КММ 6221т
2.7 Цитокин-индуцирующая активность липополисахаридов
3 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3.1 Приборы и материалы
3.2 Микроорганизмы и условия их культивирования, удаление капсульного материала и обезжиривание бактериальной биомассы
3.3 Выделение липополисахаридов
3.4 Электрофорез в полиакриламидном геле
3.5 Выделение О-специфических полисахаридов
3.6 Компонентный анализ
3.7 Химические методы модификации и расщепления полисахаридов
3.8 Спектроскопия ЯМР
3.9 Цитокин-индуцирующая и цитотоксическая активности
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ГЖХ - газожидкостная хроматография
ДСН - додецилсульфат натрия
ИЛ - интерлейкин
КПС - капсульный полисахарид
КССВ - константа спин-спинового взаимодействия
ЛПС - липополисахарид
ЛСБ - липополисахарид-связывающий белок
МС - масс-спектрометрия
ОПС - О-специфический полисахарид
ПААТ - полиакриламидный гель
ФИО - фактор некроза опухоли
ЭПС - экзополисахарид
ЯМР - ядерный магнитный резонанс
ЯЭО - ядерный эффект Оверхаузера
2S,8S-AlaLys - 2-[(8)-1-карбоксиэтил]амино-Ь-лизин (аланинолизин) 2,4НОЗ,3,4МеРго-5-охо - 2,4-дигидрокси-3,3,4-триметил-5-оксопролин 4eLeg - 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-0-г/шцеро-0-/иало-нон-2-улозоновая
кислота
6dxylHexN-4-ulo - 2-ацетил амино-2,6-дидезокси-/<сшю-гексоз-4-улоза 6dTal4Ac - 4-0-ацетил-6-дезокси-талоза
8eLeg - 8-0-ацетил-5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-Е-алмг/е/?о-В-галакто-нон
улозоновая кислота
Ас - ацетат
Ala - аланин
Ат - ацетимидат
Ага - арабиноза
Ara4N - 4-амино-4-дезокси-арабиноза
Ara2,3,4N - 2,3,4-триамино-2,3,4-тридезокси-арабиноза

Негалофильные бактерии 5. рШге/аЫепя 829, изолированные из разложившейся морской рыбы, синтезируют фосфорилированный полисахарид [91], принадлежащий к семейству полимеров, которые известны, главным образом, как полисахариды клеточной стенки грамположительных бактерий [92].
Отличительной особенностью ОПС микроорганизма 5. /л/е/« КММ 3582т, изолированного из образца донного песка, является наличие амида Б-Са1А с остатком необычной аминокислоты - 2-[(8)-1-карбоксиэтил]-амино-Ь-лизина (аланинолизин, 28,88-А1аЬух) [91]. Идентичный амид является компонентом ОПС Рг. гш^апИ 014 [94].
Два штамма микроорганизма 5. ]аротса КММ 32991 и КММ 3601 были выделены из образца морской воды, собранной в бухте Троица, Японское море. О-Антигенный полисахарид типового штамма 8. ]аротса КММ 32991 построен из линейных тетрасахаридных повторяющихся звеньев, состоящих из остатков О-Оа1А, 1>СНпПАс4ПАс, Ь-РисИАс и редкого моносахарида 4-ацетиламино-4,6-дидезокси-Б-галактозы (Б-Рис4ЫАс) [95]. Второй штамм 8. ]аротса КММ 3601 продуцирует ОПС отличный от О-антигена типового штамма [96]. В его состав входит 5,7-диацетиламино~3,5,7,9-тетрадезокси-Б-г/шг/е/?с>Т>люл улозоновая кислота (производное 4-эпи-легионаминовой кислоты, 4е1^). Этот уникальный моносахарид также был обнаружен в составе ОПС Ь. рпеиторЫНа поп-1 [97] и Ь. рпеиторЫНа 2 [98, 20].
1.2.1.4 Семейства МогахеИасеае, Ы'ютаг'тасеае, АИегото/ии/асеае,
ОсеапоариШасеае
Бактерии рода РяускгоЬаМег, семейства МогахеИасеае, являются галофильными и психротолерантными (некоторые виды психрофильные) микроорганизмами, что обеспечивает их повсеместное распространение в морской среде обитания. Отдельные штаммы микроорганизмов были выделены из Антарктического морского льда, встречаются и глубоководные штаммы бактерий.