+
Действующая цена700 499 руб.
Товаров:
На сумму:

Электронная библиотека диссертаций

Доставка любой диссертации в формате PDF и WORD за 499 руб. на e-mail - 20 мин. 800 000 наименований диссертаций и авторефератов. Все авторефераты диссертаций - БЕСПЛАТНО

Расширенный поиск

Компьютерный дизайн органических соединений, регулирующих сигнальный путь Wnt/Frizzled

  • Автор:

    Воронков, Андрей Эдуардович

  • Шифр специальности:

    02.00.03, 02.00.10

  • Научная степень:

    Кандидатская

  • Год защиты:

    2009

  • Место защиты:

    Москва

  • Количество страниц:

    169 с. : ил.

  • Стоимость:

    700 р.

    499 руб.

до окончания действия скидки
00
00
00
00
+
Наш сайт выгодно отличается тем что при покупке, кроме PDF версии Вы в подарок получаете работу преобразованную в WORD - документ и это предоставляет качественно другие возможности при работе с документом
Страницы оглавления работы

ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Выбор объекта исследования
1.1.1. Стволовые клетки и канцерогенез
1.1.2. Сигнальные пути Wnt/Fzd
1.1.3. Белки Wnt и Fzd-рецепторы как биомишени для создания новых лекарственных препаратов
1.2. G-белок сопряженные рецепторы
1.3. Органические соединения, регулирующие сигнальный путь Wnt/Fzd
1.4. Пептидомиметики
1.5. Компьютерные методы моделирования
1.5.1. Моделирование по гомологии
1.5.2. Виртуальный скрининг
1.5.3. Дизайн органических соединений методом de novo
1.5.4. De novo моделирование пространственной структуры белков
1.5.5. Белок-белковый докинг
ГЛАВА 2. МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ CRD-ДОМЕНОВ FZD-РЕЦЕПТОРОВ ЧЕЛОВЕКА
2.1. Построение моделей пространственной структуры CRD-доменов
2.2. Моделирование полной пространственной структуры hFzdl-рецептора с использованием методов de novo дизайна
2.3. Анализ общих элементов структуры димерных CRD-доменов Fzd-рецепторов человека
2.4. Межсубъединичные взаимодействия в mFzd8 и hFzd8-peuenTopax
ГЛАВА 3. ПОСТРОЕНИЕ МОДЕЛЕЙ ПРОСТРАНСТВЕННОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКОВ WNT ЧЕЛОВЕКА И ИХ КОМПЛЕКСОВ С FZD-
РЕЦЕПТОРАМИ
3.1. Построение пространственной модели структуры белка xWnt8 и его комплекса с CRD-доменом mFzd8-pepenTopa

3.2. Построение комплекса белка xWnt8 и димерного CRD-домена mFzd8-рецепторов методом белок-белкового докинга
3.3. Построение модели димерного xWnt8 белка
ГЛАВА 4. СРАВНЕНИЕ МОДЕЛЕЙ CRD-ДОМЕНОВ HFZD-РЕЦЕПТОРОВ И МЕТОДЫ ДИЗАЙНА СЕЛЕКТИВНЫХ ОРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ
4.1. Сайты связывания на поверхности димерных CRD-доменов Fzd-рецепторов
4.2. Сравнительный анализ димерных CRD-доменов рецепторов
hFzd8 и hFzd5
4.3. Сравнение сайтов связывания CRD-доменов рецепторов hFzdl, hFzd2, hFzd7 и hFzd8
4.4.Сравнение рецепторов hFzd4 и hFzdS
4.5. Пути повышения селективности лигандов к рецепторам hFzd6
4.6. Структура CRD-доменов рецепторов группы hFzd
4.7. Пептидные лиганды как ингибиторы димеризации CRD-доменов
ГЛАВА 5. СРАВНЕНИЕ МОДЕЛЕЙ БЕЛКОВ WNT ЧЕЛОВЕКА И ДИЗАЙН ФАРМАКОФОРНЫХ ГРУПП СЕЛЕКТИВНЫХ ОРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ
5.1. Белки xWnt8-hWnt8a-hWnt8b и фармакофорные группы селективных органических соединений
5.2. Увеличение селективности органических соединений к белкам hWnt8 и hWnt2b
5.3. Анализ различий в области 1 белков hWnt8 и hWnt3a
5.4. Сравнение сайтов связывания на поверхности белков hWnt8 и hWnt4
5.5. Анализ областей докинга лигандов для белков hWnt8 и hWntl

ГЛАВА 6. ДИЗАЙН ОРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ -ПЕРСПЕКТИВНЫХ АГОНИСТОВ И АНТАГОНИСТОВ WNT-FZD ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
6.1. Выбор сайтов связывания на поверхности биомишеней
6.2. Виртуальный скрининг
6.2.1. Выбор базы данных органических соединений
6.2.2. Подготовка базы данных
6.2.3. Сравнение жесткого и гибкого докинга
6.2.4. Подготовка биомишеней
6.2.5. Процедура виртуального скрининга (докинга)
6.2.6. Обработка и анализ результатов
6.2.7. Анализ результатов виртуального скрининга
6.3. Моделирование новых структур лигандов методами de novo
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

CRD-доменами, потенциального сайта связывания низкомолекулярных лигандов, а также участков, взаимодействующих с белками Wnt. При этом важно отметить, что в димерном CRD-домене образуется дополнительная гидрофобная полость, которая отсутствует в мономерном CRD-домене.
Для всех структур димерных CRD-доменов были использованы кольмановские зарядовые схемы, после чего для всех полученных структур димерных CRD-доменов hFzd-рецепторов была проведена оптимизация геометрии методом Powell с помощью силового поля Tripos программного комплекса Sybyl7.3 [118].
Качество полученных структур проверялось программой Procheck, модулем Check Protein программы Sybyl7.3 и сервером ProSa. Кроме того, был проведен сравнительный анализ среднеквадратичных отклонений (RMSD) для построенных моделей и белка шаблона с помощью программы VMD 1.8.6. [157]. Все значения RMSD моделей к шаблону - ниже порога в 3 А, который часто используется как критерий качества пространственной структуры, полученной моделированием по гомологии с шаблоном, в случае наличия высокой идентичности между моделью шаблона и моделируемым белком. Для hFzdB-рецептора CRD-домен идентичен CRD-домену тРгб8-рецептора. Наибольшая степень структурной близости к шаблону наблюдается у белка hFzdlO, который имеет точное совпадение расположения дисульфидных связей с белком hFzd8, а также hFzd5, который имеет наиболее высокую степень идентичности с hFzd8 по первичным аминокислотным последовательностям.
2.2. Моделирование полной пространственной структуры hFzdl-рецептора с использованием методов de novo дизайна
Для получения более полной информации о функциях CRD-домена Fzd-рецепторов важно понимание роли N-концевого участка CRD-домена, роли линкера между CRD-доменом и трансмембранной частью, а также ориентации CRD-домена относительно трансмембранной части. Поэтому очень важным

Рекомендуемые диссертации данного раздела

Время генерации: 0.140, запросов: 962