Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул

• Автор: Уржумцев, Александр Георгиевич
• Шифр специальности: 01.04.18
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1985
• Место защиты: Пущино
• Количество страниц: 209 c. : ил

ГЛАВА I. МЕТОДЫ УЛУЧШЕНИЯ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ МАКРОМОЛЕКУЛ (Литературный обзор)

1.1. Проблема улучшения наборов фаз в белковой кристаллографии

1.2. Уравнения Сэйра, их аналоги и следствия

1.3. Метод модификации функции распределения электронной плотности

1.4. Неотрицательность функции распределения электронной плотности. Принцип максимума определителя

1.5. Использование геометрической информации

1.6. Использование моделей молекулы

1.7. Комбинирование дополнительной информации различных типов

1.8. Сравнение методов улучшения наборов фаз структурных факторов для макромолекул

ГЛАВА 2. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПУТЕМ ПОСТРОЕНИЯ И МОДИФИКАЦИИ ГРУБОЙ ЛИБО СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ

2.1. Общее описание метода

2.2. Построение грубой модели
2.3. Модификация грубой модели
2.4. Частичная реконструкция грубой модели
2.5. Построение заключительного синтеза
2.6. Анализ качества полученных данных

2.7. Использование дополнительной информации
2.8. Использование смешанной атомной модели
2.9. Программное обеспечение
ГЛАВА 3. ПРОВЕРКА МЕТОДА НА МОДЕЛЬНЫХ ДАННЫХ
3.1. Общая организация численных экспериментов
3.2. Численный эксперимент по расширению набора фаз
3.3. Численный эксперимент по уточнению значений фаз
ГЛАВА 4. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ ^-КРИСТАЛЛИНА ШЬ
С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРУБОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ
4.1. Общая характеристика $-кристаллика ШЬ
4.2. Построение грубой модели
4.3. Модификация грубой модели
4.4. Анализ качества наборов фаз
4.5. Построение и анализ заключительного синтеза
ГЛАВА 5. УТОЧНЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ % -КРИСТАЛЛИНА ШЬ
С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ
5.1. Описание частичной модели
5.2. Уточнение частичной модели
5.3. Использование смешанной атомной модели
5.4. Результат первого этапа улучшения набора фаз с помощью смешанной атомной модели
5.5. Использование смешанной атомной модели для улучшения набора фаз (второй этап)
5.6. Эффективность методики для улучшения фаз структурных факторов ^-кристаллина ШЬ

ГЛАВА 6. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ
да АСПАРТАТ-АМИНОТРАНСФЕРАЗЫ
6.1. Общие сведения об аспартат-аминотрансферазе
6.2. Построение грубой модели
6.3. Модификация грубой модели
6.4. Использование разностных синтезов
6.5. Построение и анализ заключительного синтеза
ВЫВОДЫ
ЛИТЕРАТУРА

ситуацией, создавшейся в кристаллографии макромолекул, когда по данным, например, метода изоморфного замещения оказывается возможным построить в лучшем случае атомную модель лишь части молекулы. Дальнейшее развитие этих и аналогичных методов следует, по-видимому, связывать с привлечением дополнительной информации, например, стереохимических сведений об организации биологических макромолекул. Усложнение критериев качества модели и увеличение размеров исследуемых структур требуют, в свою очередь, развития применяемых вычислительных методов. В частности, при программной реализации методов, использующих модификации моделей, необходимо активно исполь-зовать алгоритм быстрого преобразования Фурье [33,214] и ал-горитм быстрого дифференцирования [52-55^.
1.7. Комбинирование дополнительной информации различных типов.
1.7.1. Возможные способы использования дополнительной информации различных типов.
При выполнении практических работ естественным является желание исследователя использовать всю имеющуюся дополнительную информацию об изучаемой структуре. В зависимости от конкретной ситуации такое использование может реализовываться различными способами. Условно их можно разделить на следующие группы:
1) одновременное использование информации различных типов в одном и том же методе;
2) последовательное применение различных методов улучшения набора фаз;