Свойства ненасыщенных липидных мембранных систем и их компонентов: компьютерное моделирование

• Автор: Рабинович, Александр Львович
• Шифр специальности: 01.04.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Петрозаводск
• Количество страниц: 390 с. : ил.

Глава 1. Основы компьютерного моделирования
1.1. Введение
1.2. Силовые поля
1.3. Математические выражения для энергии
1.4. Наборы параметров силовых полей
1.5. Сравнение параметров
1.6. Метод молекулярной динамики
1.6.1. Разностные схемы
1.6.2. Статистические ансамбли
1.6.3. Контроль температуры и давления
1.7. Метод Монте-Карло
1.7.1. Модельные подходы конформационного анализа
Глава 2. Моделирование цепных молекул методом Монте-Карло
2.1. Модельные цепи и алгоритмы
2.2. Моделирование углеводородных полиеновых цепей
Глава 3. Моделирование мембранных систем методом
молекулярной динамики
3.1. Введение
3.2. Изолированные углеводородные цепи
3.3. Изолированные молекулы диацилглицеролипидов
3.4. Монослои диацилглицеролипидов
3.5. Бислои диацилглицеролипидов
3.6. Гидратированные бислои фосфатидилхолинов
3.7. Гидратированные бислои фосфатидилхолинов
с цилиндрической полостью

7.2. Упорядочение связей в липидных слоях
7.2.1. Параметры порядка
7.2.2. Ориентационные функции распределения
7.3. Пространственные флуктуации атомов в бислоях
Глава 8. Распределения масс атомов в липидных слоях
и свойства межатомных полостей
8.1. Введение
8.2. Метод Вороного-Делоне для вычисления характеристик межатомных полостей
8.3. Профили плотности масс атомов
8.4. Полные и парциальные профили доли пустого пространства в липидных бислоях
8.5. Распределения радиусов интерстициальных сфер
8.6. Анализ критических радиусов в бислоях
Заключение
I. Полиеновые углеводородные цепи липидов:
структура, свойства, функции
II. Основные результаты работы
III. Основные выводы
Литература

потенциальных кривых для всех пар атомов по известной форме потенциальной поверхности молекулярного фрагмента - является неоднозначной, что и приводит к появлению различных вариантов комбинаций числовых значений параметров.
1.6. Метод молекулярной динамики
В методе молекулярной динамики решаются классические уравнения движения (уравнения Ньютона) для системы N атомов, энергия взаимодействия которых задается согласно определенному силовому полю и{гх,гг ги)
<14 ди{гх,гг г„)
'”'ЛГ~ щ • (1'6)
где / = 1,2 #; - координаты (радиус-вектор) атома г, т, - его масса.
Выражение (1.6) является векторным. При задании координат г$0) и скоростей У^о) всех частиц в некоторый исходный момент времени могут быть определены координаты и скорости в любой последующий момент времени; их совокупность на определенном отрезке времени называется траекторией.
1.6.1. Разностные схемы
Дифференциальные уравнения (1.6) в методе МД интегрируют численно, используя различные разностные схемы. Задаваясь начальными координатами и скоростями в момент времени вычисляют суммарные силы, действующие на каждый атом в данный момент, а затем вычисляют координаты и скорости в момент времени 1 + Ар эти две процедуры повторяют циклически. Временной шаг численного интегрирования А1 зависит как от метода интегрирования, так и от рассматриваемой системы.