Исследование кристаллической структуры и механизма действия α-галактозидазы из Trichoderma reesei и β-галактозидазы из Penicillium sp. методом дифракции синхротронного рентгеновского излучения

• Автор: Голубев, Александр Михайлович
• Шифр специальности: 01.04.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2006
• Место защиты: Гатчина
• Количество страниц: 119 с. : ил.

Список сокращений
ГЛАВА 1. ГЛИКОЗИДГИДРОЛАЗЫ
1.1 Современная классификация гликозидгидролаз
1.2 Каталитические механизмы действия гликозидгидролаз
1.3 Гликозидгидролазы 27 семейства, а-галактозидазы
1.4 Р-Галактозидазы
ГЛАВА 2. МЕТОДЫ РЕНТГЕНОСТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА
МАКРОМОЛЕКУЛ
2.1 Кристаллизация белка
2.2 Синхротронное рентгеновское излучение
2.3 Приборы и методы сбора данных в кристаллографии макромолекул
2.4 Методы решения фазовой проблемы для макромолекул
2.5 Недостатки метода изоморфного замещения: метод быстрой криодериватизации
2.6 Краткий обзор компьютерных программ, применяемых
в работе
ГЛАВА 3. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1 Очистка и кристаллизация а-галактозидазы из
мицелярного гриба Тпс1гос1еппа гееяе
3.2 Окислительная активация а-галактозидазы
3.3 Очистка и кристаллизация Р-галактозидазы из гриба Pénicillium sp
^ а
w 3.4 Получение тяжелоатомных производных кристаллов белков
и сбор дифракционных данных
3.5 Решение фазовой проблемы и построение кристаллографической модели а-галактозидазы и ее комплекса с D-галактозой
3.6 Решение структуры Р-галактозидазы и ее комплекса с D-галактозой

ф ГЛАВА 4. КРИСТАЛЛОГРАФИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ И МЕХАНИЗМ
ДЕЙСТВИЯ ИЗУЧАЕМЫХ ФЕРМЕНТОВ
4.1 Качество модели и описание структуры а-галактозидазы из T.reesei
4.2 Сравнение структур а-галактозидазы и других гликозидгидролаз
4.3 Связывание ингибитора и строение активного центра а-галактозидазы..77 ^ 4.4 Каталитический механизм действия а-галактозидазы из T.reesei
4.5 Описание структуры Р-галактозидазы из Pénicillium sp
4.6 Сравнение структур Р-галактозидаз из Pénicillium sp.,
E.coli и T.thermophilus
4.7 Активный центр Р-галактозидазы
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Список сокращений

ВЭЖХ

К.Ф.
об.

ПНФаГ
ПНФ(ЗГ

Fobs
Fc ale

p.p.m.
SIRAS
аминокислота, аминокислотный высокоэффективная жидкостная хроматография 4,4-диметил-4-силапентаносульфонат Комиссия по Ферментам объем
иора-нитрофенил
нара-нитрофенил a-D-галактопиранозид лара-нитрофенил (З-Б-галактопиранозид полиэтиленгликоль density modification, модификация распределения электронной> плотности |F|observed, измеренная структурная амплитуда |F|caicuiated) рассчитанная структурная амплитуда glycosyl hydrolase family, гликозидгидролазное семейство в классификации Хенрисата part per million, одна миллионная Single Isomorphous Replacement with Anomalous Scatterer, единственное изоморфное замещение с аномальным рассеивателем
изображений позволяют автоматически построить боковые группы полипептидной цепи.
Программа REFMAC (Murshudov et al., 1997) использует метод наибольшего правдоподобия для уточнения структур макромолекул. Программа выполняет уточнение без граничных условий или ' с геометрическими ограничениями, уточнение положения и ориентации молекулы как единой жесткой конструкции с использованием тензорной параметаризации, а также геометрическую идеализацию. Уточняемыми параметрами являются координаты и температурные факторы (изотропные или анизотропные) атомов, длины связей и валентные углы. Программа часто используется в комбинации с ARP/WARP. Критерием правильности уточняемой модели служат R- и -й/гее-факторы (Brunger , 1992)
XtalView/Xflt (McRee, 1999) - пакет программ, содержащий все основные алгоритмы, используемые в белковой кристаллографии. Xfit-графический пакет программ, позволяющий интерактивное построение и уточнение кристаллографических моделей. Используется уточнение методом наименьших квадратов или геометрическая идеализация модели.
MOLSCRIPT (Kraulis, 1991)-программа для графического
представления белковой структуры в различных видах: ленточной
диаграммы, стержневой или шаровой модели. Возможность комбинировать типы представления, световые блики и тени позволяют создать эффект трехмерности объекта.