Использование молекулярных маркеров для анализа полиморфизма генома перца и оптимизации селекционного процесса

• Автор: Снигирь, Екатерина Андреевна
• Шифр специальности: 03.02.07, 06.01.05
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 155 с. : ил.

Содержание
ВВЕДЕНИЕ
1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1. Ботаническая характеристика перца (род Capsicum)
1.2. Классификация рода Capsicum
1.3. Генетика перца
1.4. Селекция на гетерозис
1.5. Комбинационная способность образцов
1.6. Технологии молекулярного маркирования в селекции
1.7. Применение молекулярных систем маркирования для идентификации генотипов перца
1.7.1. Использование микросателлитных повторов для маркирования растительного генома
1.7.2. Использование AFLP-метода для маркирования растительного генома
1.8. Углеводный обмен растений
1.8.1. Ферменты углеводного обмена растений и кодирующие их гены
1.8.2. Альфа-глюкан фосфорилазы растений
1.8.3. Фермент сахарозосинтаза и его функции в растениях
1.8.4. Гены сахарозосинтазы семейства Solanaceae
1.8.5. Инвертазы растений
2.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
2.1. Молекулярно-генетические методы
3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1. Анализ генома сортов перца Capsicum аппиит и его близкородственных видов методом AFLP

3.1.1. Подбор AFLP-комбинаций праймер/фермент, выявляющий внутри- и межвидовой полиморфизм у представителей Capsicum
3.1.2. AFLP-анализ межвидового полиморфизма нуклеотидных последовательностей ДНК перцев
3.2. SSR анализ генома сортов перца Capsicum аппиит и близкородственных видов Capsicum
3.2.1. Подбор микросателлитных локусов для проведения SSR анализа видов и сортов перца
3.2.2.Оптимизация ПЦР для амплификации микросателлитных локусов перца
3.2.3. Микросателлитный анализ сортов перца С.аппиит, а также близкородственных культурных видов C.frulescens, C.chinense, C.baccatum
3.2.3.1. Характеристика полиморфизма микросателлитного локуса СЗ
3.2.3.2. Характеристика полиморфизма микросателлитного локуса С1а
3.2.3.3. Характеристика полиморфизма микросателлитного локуса С
3.2.3.4. Характеристика полиморфизма микросателлитного локуса С9а
3.2.4. Сравнение частот встречаемости аллелей SSR локусов сортов перца С.аппиит и видов C.frulescens, C.chinense, C.baccatum
3.2.5. Применение исследованных микросателлитных локусов для паспортизации сортов перца С.аппиит и видов C.frulescens, C.chinense, C.baccatum
3.3. Проведение предварительного сортоиспытания, расчет ОКС и СКС родительских линий
3.3.1. Эффект гетерозиса по основным хозяйственно цепным признакам
3.4. Анализ полиморфизма генов углеводного обмена
3.4.1. Анализ полиморфизма гена Stp
3.4.2. Анализ полиморфизма гена Sus

3.4.3. Анализ полиморфизма гена Pain-
ВЫВОДЫ
Рекомендации к практическому использованию в селекции
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

использования доступны только 180 (Minamiyama et al., 2006). Однако для конкретного набора генотипов часто требуется предварительный подбор наиболее эффективных микросателлитных локусов, так как они не могут гарантировать успешную их идентификацию.
1.7.2. Использование AFLP-мстода для маркирования растительного генома
Трудность маркирования рода Capsicum связана с консервативностью генома, в особенности для культивируемых форм С.апттт. Исследования рода Capsicum показали, что уровень изменчивости среди культивируемых форм перца значительно ниже, чем среди дикорастущих форм. Более того, вариабельность между сортами крупноплодного, сладкого перца ещё более ограничена по сравнению с вариабельностью мелкоплодных, острых сортов (Paran et al., 1998).
Новые возможности в этом отношении открываются при использовании современных методов молекулярного маркирования геномов. В настоящее время всё чаще, с целью изучения генетического биоразнообразия, идентификации генотипов, а также для оценки селекционных ресурсов используется метод AFLP (amplified fragment length polymorphism) маркирования (Vos et al., 1995, Kardolus et al.,1998, Caetano-Anolles, 2001). Анализ генотипов таких культур как рис, томат, соя, показал эффективность использования AFLP метода для насыщения молекулярно-генетических карт, а также маркирования хозяйственно-ценных признаков.
Данный метод позволяет исследовать обширную, преимущественно селективно нейтральную часть генома, представленную, главным образом, уникальными и умеренно повторяющимися последовательностями (Vos et al., 1995).
Для амплификации в качестве ДШС-матрицы используются рестрицированные двумя различными эндонуклеазами и лигированые с соответствущими адаптерами фрагменты геномной ДНК. После чего