Исследование дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами у Drosophila melanogaster

• Автор: Кривега, Маргарита Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.26
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 113 с. : ил.

Оглавление
Оглавление
Введение
Цель и задачи исследования
Список сокращений
1 Обзор литературы
1.1 Введение
1.2 Механизмы взаимодействия энхансеров с промоторами
1.2.1 Сверхдальние взимодействия в регуляции ß-глобинового кластера генов
1.3 Контроль сверхдальних взаимодействий и генетические заболевания человека
1.4 Участие инсуляторов в регуляции транскрипции генов
1.4.1 Регуляция экспрессии генов элементами ВХ-С
1.4.2 Регуляция экспрессии генов инсулятором ig/2/h!9 локуса
1.4.3 Регуляция экспрессии генов инсулятором /?-глобинового локуса
1.4.4 Регуляция экспрессии генов инсулятором локуса теплового шока
1.4.5 Регуляция экспрессии генов инсулятором Su(Hw)
2. Материалы и методы
2.1 Характеристика объекта исследования
2.2 Генетические методы
2.2.1 Линии Drosophila melanogaster, использованные в работе
2.2.2 Фенотипический анализ экспрессии генов
2.2.3 Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий
2.2.4 Индукция сайт-специфической рекомбинации
2.2.5 Введение в трансгенные линии гена gal4 и мутации zh7?
2.3 Биохимические методы

2.3.1 Полимеразная цепная реакция
2.3.2 Приготовление компетентных клеток и трансформация. Выделение плазмидной ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-электрофорез
2.3.3 Получение генетических конструкций
2.3.4 Выделение геномной ДНК Drosophila melanogaster
2.3.5 Саузерн-блот-анализ
3 Результаты
3.1 Изучение способности последовательностей из гена adh к взаимодействию на дальнем расстоянии
3.2 Изучение способности последовательностей из PRE регуляторной области гена ultrabitorax к взаимодействию на дальнем расстоянии
3.2.1 Изучение способности высококонсервативных последовательностей сайленсера PRE из регуляторной области гена ubx к взаимодействию на дальнем расстоянии
3.2.2 Изучение способности последовательности сайленсера (660 п.н.) из PRE регуляторной области гена ubx к взаимодействию с промотором гена white на дальнем расстоянии
3.3 Изучение ориентационной зависимости взаимодействия инсуляторов Su(Hw)
3.4 Взаимная ориентация инсуляторов Su(Hw) регулирует рекомбинацию между сайтами связывания Е/р-рекомбиназы
4. Обсуждение результатов
4.1 Изучение способности последовательностей из гена adh к взаимодействию на дальнем расстоянии
4.2 Изучение способности последовательностей из PRE регуляторной области гена ubx к взаимодействию на дальнем расстоянии
4.2.1 Изучение способности высококонсервативных последовательностей сайленсера PRE из регуляторной области гена ubx к взаимодействию на дальнем расстоянии

4.2.2 Изучение способности последовательности сайленсера (660 п.н.) из PRE регуляторной области гена иЬх к взаимодействию с промотором гена white на дальнем расстоянии
4.3 Изучение ориентационной зависимости взаимодействия инсуляторов Su(Hw)
4.4 Взаимная ориентация инсуляторов Su(Hw) регулирует рекомбинацию между сайтами связывания F/р-рекомбиназы
5 Выводы
6 Список литературы

белков Mod(mdg4)67.2. Эта теория подтверждается тем фактом, что инсуляторные тельца разрушаются при мутировании гена, кодирующего белок Mod(mdg4)67.2 (Gerasimova, Corces, 1998). Возможность совмещения различных геномных локусов друг с другом подтверждается и тем, что два инсулятора Su(Hw), встроенные в регуляторную область гена yellow, способны полностью инактивировать инсуляторную активность друг друга (Cai, Shen, 2001; Muravyova et al., 2001). Физическое взаимодействие в ядре также было показано для scs и scs’ инсуляторов (Blanton et al., 2003). Таким образом, установление хроматиновых доменов может происходить при взаимодействии инсуляторов друг с другом или при ассоциации их с ядерным матриксом. Взаимодействующие между собой инсуляторы формируют домены независимой транскрипции, изолируя регуляторные элементы друг от друга (Capelson, Corces, 2004; West et al., 2002). Недавно были получены данные, противоречащие теории, изложенной выше. Так, было показано, что мутантый белок Mod(mdg4), в котором нет Q-богатого домена, способен поддерживать функционирование Su(Hw)-3aBHCHMbix инсуляторов и эффективно связываться с правильными инсуляторными сайтами на хромосомах. При этом данный белок не формирует Би(Ну)-содержащие «инсуляторные тельца». В отличие от белка Mod(mdg4) без Q-богатого домена, мутантный белок Mod(mdg4) без С-конца, отвечающего за взаимодействие с белком Su(Hw) в инсуляторном комплексе, входит в состав «инсуляторных телец». Следовательно, наблюдаемые в ядрах клеток «инсуляторные тельца» не являются функциональными геномными инсуляторами, а скорее являются сгруппированными белками (Golovnin et al., 2008).
Существует и другое объяснение функционирования инсуляторов. Так, предполагается, что инсуляторы не образуют независимых доменов транскрипции, а непосредственно перехватывают активатор, идущий от энхансера к промотору. Было показано, что топологически изолированный энхансер, находящийся между двумя