Молекулярная филогения дрожжей рода Lachancea

• Автор: Серпова, Елена Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2009
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 142 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение
Обзор литературы
ГЛАВА 1. Основные концепции вида у дрожжей
1.1. Фенотипическая концепция вида
1.2. Биологическая концепция вида
1.3 .Филогенетическая концепция вида
1.3.1. Молярный % гуанина и цитозина и ДНК-ДНК реассоциация
1.3.2. Филогенетический анализ различных участков рДНК
1.3.2.1. Определение нуклеотидной последовательности
молекул ДНК
1.3.2.2. Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ)
1.4. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК
1.5. ПЦР с неспецифичными праймерами
ГЛАВА 2. Современная систематика аскомицетовых дрожжей
2.1. Филогенетические схемы, построенные на основании
нуклеотидных последовательностей домена D1/D2 гена 26S рРНК
2.2. Клада "Saccharomyces"
2.2.1. Род Saccharomyces
2.2.2. Род Lachancea Kurtzman gen. nov
2.3. Сравнительный анализ полноразмерных геномов аскомицетовых дрожжей 37 ГЛАВА 3. а-Галактозидазные гены ферментации мелибиозы
3.1. Семейства полимерных генов ферментации сахаров
3.2. Общая характеристика а-галактозидаз
3.3. Аскомицетовые дрожжи, способные ферментировать мелибиозу
3.4. а-Галактозидазные гены дрожжей рода Saccharomyces
3.4.1. S. cerevisiae
3.4.2. S. bayanus, S. mikatae, S. paradoxus и S. pastorianus
3.5. а-Галактозидазные гены других родов дрожжей
Экспериментальная часть
ГЛАВА 4. Материалы и методы исследования

4.1. Объекты исследования
4.2. Микробиологические методы
4.3. ПЦР-анализ
4.3.1. Амплификация рибосомальных последовательностей
4.3.2. Амплификация а-галактозидазных генов
4.4. Анализ полиморфизма длин рестриктазных фрагментов (ПДРФ)
4.5. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК и Саузерн-гибридизация хромосом дрожжей
4.5.1. Выделение интактной хромосомной ДНК
4.5.2. Пульс-элекгрофорез нативных хромосомных ДНК
4.5.3 Саузерн-гибиридизация
4.6. Методы генной инженерии
4.7. Филогенетический анализ
ГЛАВА 5. Сравнительный анализ геномов дрожжей рода Ьаскапсеа
5.1 Определение видовой принадлежности изученных штаммов
5.1.1. Рестриктазный анализ некодирующих участков рДНК
5.1.2 Секвенирование домена 01 /02
5.2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей 5.88-1Т8-участка
5.2.1. Ь. 1кегто1о1егат' и Ьаскапсеа эр
5.2.2. Ь. Ыиучеп
5.2.3. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей
5.88-1Т8 участка 8 видов Ьаскапсеа
5.3. Молекулярные кариотипы дрожжей Ьаскапсеа
5.3.1. Ь. 1кегто1о1егат и Ьаскапсеа зр
5.3.2 Ь. кЬиучеп
5.3.3. Ь. с'к1г'1, Ь./еппеаи иЬ. теуег.чИ
5.3.4. Видовые особенности молекулярных кариотипов
дрожжей Ьаскапсеа
5.4. Обсуждение
ГЛАВА 6. а-Галактозидазные гены дрожжей Ьаскапсеа
6.1 .Ь. к1иууеп

6.2. L. cidri
6.3. L. fermentati
6.4. Lachancea sp
6.5. L. thermotholerans
6.6. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей а-галактозидаз дрожжей рода Lachancea
6.7. Обсуждение
ГЛАВА 7. Сравнительный анализ а-галактозидаз клады "Saccharomyces"
7.1. Определение видовой принадлежности штаммов Ме1+
7.2. Гены MEL дрожжей S. cerevisiae, S. paradoxus. S. bayanus и S. mikatae
7.2.1. S. cerevisiae
1.2.2. S. paradoxus
7.2.3. S. bayanus
1.2 A. S. mikatae
7.3. Сравнительный анализ последовательностей а-галактозидаз
и домена Dl/D2 26S рРНК дрожжей клады "Saccharomyces"
7.4. Обсуждение
Заключение
Выводы
Список литературы

Близкое генетическое родство указанных видов отмечалось и ранее. Так, по результатам сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей митохондриального гена СОХ2 у 17 видов Kluyveromyces дрожжи К. thermotolerans, K. waltii и S. kluyveri образовали отдельный кластер (Belloch et al., 2000). Близкое филогенетическое родство дрожжей Z. cidri и Z. fermentati было установлено с помощью сравнительного анализа lTS-последовательностей дрожжей Zygosaccharomyces и Torulaspora (James et al., 2006).
Типовым видом рода Lachancea является L. thermotolerans (Filippov) Kurtzman comb. nov. Эти дрожжи были выделены из испорченного сливового джема и первоначально описаны как Zygosaccharomyces thermotolerans (Филиппов, 1932). Затем они были помещены в таксономический род Saccharomyces, а позднее в гетерогенный таксономический род Kluyveromyces. Синонимом L. thermotolerans также являются дрожжи Saccharomyces/Kluyveromyces veronae (Yarrow, 1972). Типовая культура L. thermotolerans — штамм CBS 6340 (NRRL Y-8284), выделенный из консервов мирабель в России.
L. waltii (K. Kodama) Kurtzman comb. nov. Эти дрожжи первоначально описаны К. Kodama (1974) как Kluyveromyces waltii на материале штаммов, выделенных в Японии из сокотечения падуба Ilex integra (типовая культура - CBS 6430). Отличительной особенностью L. waltii является неспособность ассимилировать галактозу. Синонимом L. waltii является Zygofabospora waltii (K. Kodama) Naumov.
L. cidri (Legakis) Kurtzman comb. nov. Первоначально эти дрожжи были описаны в роде Saccharomyces (Legakis, 1961). Типовая культура CBS 4575 изолирована из сидра во Франции. Van der Walt и Johansen (1974) отнесли эти дрожжи к роду Torulaspora, a Von Arx et al. (1977) перенесли их в род Zygosaccharomyces, который таксономически близок роду Torulaspora. Синонимами этого вида являются: Saccharomyces cidri Legakis, Torulaspora cidri (Legakis) Van der Walt et E. Johannsen, Zygosaccharomyces cidri (Legakis) Yarrow.
L. fermentati (H. Naganishi) Kurtzman comb. nov. Эти дрожжи были первоначально описаны как Zygosaccharomyces fermentati. Среди дрожжей L. fermentati Kurtzman (1990) выявил две группы штаммов, различающиеся по ДНК-ДНК реассоциации. Первая группа включала штаммы CBS 6544 и CBS 6711,