Генотипическая характеристика штаммов Vibrio parahaemolyticus, циркулирующих на территориях России и сопредельных государств

• Автор: Подойницына, Оксана Андреевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Ростов-на-Дону
• Количество страниц: 151 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений, используемых в работе
ВВЕДЕНИЕ
Обзор литературы
Глава 1. Молекулярные основы патогенности
парагемолитических вибрионов
1.1. Парагемолитические вибрионы - возбудители острых
кишечных инфекций
1.1.1. Эпидемиология и клиника заболеваний,
вызываемых V.рагакаето1уисш
1.1.2. Фенотипическая характеристика V. рагакаето1уисш
1.2. Структура генома V. рагакаето1у11си$
1.3. Факторы патогенности V. рагакаето1уИст и их генетические
детерминанты
1.3.1. Термостабильный прямой гемолизин (ТОН)
1.3.2. ТОН-родственнный гемолизин (ТКН)
1.3.3. Термолабильный гемолизин
1.3.4. Контакт-зависимые системы секреции белков
1.3.5. Острова патогенности
1.3.6. Другие факторы патогенности
1.4. Характеристика высоковирулентных штаммов, известных как
«пандемичные», и их происхождение
Собственные исследования
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Штаммы микроорганизмов
2.2. Культивирование
2.3. Определение фенотипических признаков
2.3.1. Постановка теста Канагава
2.3.2. Определение уреазной активности
2.3.3. Выявление представителей серогруппы 03:К

2.4. Молекулярно-генетические методы
2.4.1. ПЦР и праймеры
2.4.2. Выделение ДНК
2.4.3. Методы дот- и блот-гибридизации с зондами tdh и trh
2.4.4. Риботипирование
2.4.5. Секвенирование генов tdh
2.5. Компьютерные программы
Глава 3. Генотипирование штаммов парагемолитических вибрионов
3.1. Характеристика штаммов парагемолитических вибрионов по основным признакам, связанным с вирулентностью
3.2. Характеристика штаммов парагемолитических вибрионов по расширенному набору генетических детерминант
3.2.1. Сравнительная характеристика парагемолитических
вибрионов, выделенных от людей
3.2.2. Генотипы парагемолитических вибрионов, выделенных
из объектов окружащией среды
3.3. Анализ результатов ПЦР-генотипирования с помощью программы «Phylip»
3.4. Создание базы данных и анализ полученных результатов
Глава 4. «Пандемичные» и «непандемичиые» штаммы
Vibrio parahaemolyticus в России, Украине и Таджикистане
4.1. Доказательства принадлежности возбудителей гастроэнтеритов
на Дальнем Востоке РФ к «пандемичной» группе
4.1.1. Сравнительная характеристика ПЦР-генотипов штаммов, вызвавших вспышки и спорадические
случаи заболеваний
4.1.2. Риботипирование штаммов, выделенных на Дальнем Востоке
4.1.3. О возможном существовании эндемичного очага
в Приморском крае

4.2. Оценка вероятности формирования «пандемичных» клонов
V рагакаето1уйсиз из «непандемичных»
4.2.1. Сравнительный анализ генотипов и серогрупп
V рагаИаето1уИсш, выделенных в Причерноморском районе РФ
4.2.2. Присутствие полного набора УРа1 в генетически неоднородной популяции штаммов, выделенных
в Новороссийске
4.2.3. Риботипирование штаммов, выделенных в Новороссийске
4.3. Штаммы, выделенные в Украине и Туркменистане
4.4. Парагемолитические вибрионы как источники генов факторов патогенности
4.4.1. Изменчивость состава островов патогенности и генетический обмен
4.4.2. Выявление генов (с{И и (гк у представителей других видов рода У1Ьгю
Глава 5. Генетические особенности Канагава-негативных и Канагава-промежуточных штаммов парагемолитических вибрионов
5.1. Блот-гибридизация рестриктов ДНК с зондами /Д/г и Р7г
5.2. Секвенирование генов 1 и/ц7г
5.3. Биоинформационный анализ промоторных областей и
продуктов секвенированных генов
5.4. Оценка вероятности реверсии КР-негативных и КР-промежуточных штаммов в КР-позитивные
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

клетки в эукариотическую клетку-мишень. Такие белки называют эффекторами, и для их транспорта служат особые системы секреции, состоящие из мультипротеинового комплекса белков-транслоконов, напоминающего шприц или иглу, через которую эффекторные белки как бы впрыскиваются в цитоплазму клетки хозяина. Перенос белков осуществляется через канал, пронизывающий обе клеточные мембраны, в один этап, исключая транспорт через периплазматическое пространство [Kostakioti М. et al., 2005; Ono Т. et al., 2006; Winstanley C., Hart C. A., 2001; Burdette D.L. et al., 2009].
У грамотрицательных бактерий секреция белков на поверхность клеток или внутрь клеток хозяина осуществляется с использованием пяти основных типов секреторных механизмов [Заднова С.П., Лозовский Ю.В.,
2005]. Для V. parahaemolyticas наиболее хорошо изученной является система секреции третьего типа (T3SS), которая по структуре схожа с аппаратом жгутика и связана с системой экспорта его субъединицы (Fla) [Ono Т. et al.,
2006]. На основании этого большинство исследователей придерживаются мнения, что T3SS эволюционировала из жгутика, приобретая при горизонтальном переносе дополнительные гены. Согласно другой точке зрения, у этих систем был общий предок, но эволюция каждой шла независимым путем [Gophna LJ. et al., 2003; Saier М.Н., 2004].
Согласно общей схеме, T3SS состоит из трех функционально различных групп белков: 1). Белки-транслоконы, являющиеся структурными компонентами инъекционного аппарата; 2). транслоцируемые белки-эффекторы; 3). факторы регуляции экспрессии структурных и эффекторных белков [Kostakioti М. et al., 2005; Flueck C.J. et al., 1998]. Аппарат секреции представляет собой жесткое образование, пронизывающее внешнюю и внутреннюю мембраны бактериальной клетки (рис. 3). Инъекционный аппарат состоит по меньшей мере из двадцати различных белков, которые формируют иглоподобный комплекс при контакте с эукариотической клеткой [Kostakioti М et al., 2005; Pan N.J. et al., 2009]. Белки, секретируемые по описываемому типу, не подвергаются аминотерминальному процессингу, и