Протеомный штрих-код плазмы крови для диагностики злокачественных опухолей

• Автор: Мошковский, Сергей Александрович
• Шифр специальности: 03.01.04
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 239 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
1 ВВЕДЕНИЕ
1.1 Актуальность проблемы, цель и задачи работы
1.2 Научная новизна и практическая значимость работы
1.3 Структура изложения материала
2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1 ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ПРОБЛЕМЫ
2.2 МЕТОДЫ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКОГО ПРОФИЛИРОВАНИЯ ПЛАЗМЫ КРОВИ
2.2.1 Получение и обработка биологических образцов
2.2.2 Метод БЕТОП ОГ для профилирования плазмы крови
2.2.3 МАЕОГТ ОБ-профилирование сыворотки/плазмы посредством хроматографического разделения на микрогранулах
2.2.4 Методы, используемые для удаления из сыворотки или плазмы
высококопийных белков
2.2.5 Белки и пептиды, ассоциированные с белками-носителями
2.2.6 Анализ активности экзопротеаз
2.2.7 Масс-спектрометрический анализ, совмещенный с иммунным подходом: исследование профилей модификации белков
2.2.8 Масс-спектрометрический анализ сывороток, расщепленных трипсином

2.3 ПОЛНОРАЗМЕРНЫЕ БЕЛКИ, ИДЕНТИФИЦИРОВАННЫЕ ПРИ ПОМОЩИ МАИБЕТОР-МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ КАК ПОТЕНЦИАЛЬНЫЕ
БИОМАРКЕРЫ ЗЛОКАЧЕСТВЕННЫХ ОПУХОЛЕЙ
2.3.1 Аполипопротеины
2.3.2 Фрагменты комплемента
2.3.3 Гаптоглобин .
2.3.4 Сывороточный амилоид А острой фазы
2.3.5 Альфа-1-антитрипсин
2.3.6 Транстиретин
2.3.7 Трансферрин
2.3.8 Цистатин С
2.4 ПЕПТИДНЫЕ ФРАЕМЕНТЫ И ИХ ПРОИСХОЖДЕНИЕ
2.5 ПЕРСПЕКТИВЫ ПОДХОДОВ ПРОТЕОМНОГО ШТРИХ-КОДА
3 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ТЕРМОСТАБИЛЬНОЙ ФРАКЦИИ СЫВОРОТОК ПОСРЕДСТВОМ ДВУМЕРНОГО ЭЛЕКТРОФОРЕЗА 5
3.1.1 Пациенты
3.1.2 Получение термостабильной фракции сыворотки
3.1.3 Подготовка проб и двумерный электрофорез
3.1.4 Анализ изображения гелей
3.1.5 Идентификация белков с помощью МАЬВ1-ТОР(-ТОР) М8

3.2 МЕТОДЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ СЫВОРОТОЧНОГО АМИЛОИДА А КАК
КОМПОНЕНТА ПРОТЕОМНОГО ШТРИХ-КОДА РАКА ЯИЧНИКА
3.2.1 Пациенты
3.2.2 Термостабильная фракция плазмы крови
3.2.3 Масс-спектрометрия 8ЕТ01-ТОР М8
3.2.4 Модификация остатков цистеина белков 4-винилпиридином
3.2.5 МАТ01-Т0ТМ8
3.2.6 2Б-Электрофорез для исследования форм сывороточного амилоида А
3.2.7 Разделение белков термостабильной фракции плазмы путем ВЭЖХ
3.3 МЕТОДЫ АНАЛИЗА ПРОТЕОМНОГО ШТРИХ-КОДА ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ РАКА ЯИЧНИКА
3.3.1 Пациенты
3.3.2 Иммуноферментный анализ
3.3.3 Профилирование сывороток с применением 8ЕТ01-Т0Е
3.3.4 Анализ масс-спектров
3.3.5 Статистическая обработка результатов
3.4 МЕТОДЫ АНАЛИЗА ПРОТЕОМНОГО ШТРИХ-КОДА ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ РАКА ПРЕДСТАТЕЛЬНОЙ ЖЕЛЕЗЫ
3.4.1 Пациенты
3.4.2 Получение плазмы крови
3.4.3 Выбор метода проведения протеомного исследования образцов плазмы крови

Таблица 1 (продолжение).
Название белка Инвен- тарный номер (UniProt) Молекулярная масса, Да Нозологическая форма злокачественной опухоли Концентрация в плазме крови, г/л (М) по (Haab et al. 2005), если не указано иное Направленность изменения уровня при опухоли
Аполипо-протеин СІ Р02654 6631 (полноразмерный (Engwegen et al. 2006; Gobel et al. 2006; Ward et al. 2006)); 6432 (укороченный по 2 N-концевым остаткам Thr и Pro (Ward et al. 2006)) Колоректальный рак (Engwegen et al. 2006; Ward et al. 2006), гепатоцеллюлярная карцинома (Gobel et al. 2006) 0,04-0,07 (6x10'6-1x10°) +
Фактор комплемента СЗа PO1024 8939 Колоректальный рак (Ward et al. 2006), B-клеточная лимфома (Miguet et al. 2006), рак молочной железы (J. Li et al. 2005) 0,001-0,006 (1,1X10*'- 6,7x1 О*7) +
Фактор комплемента С4а P0C0L4 8608 В-клеточная лимфома (Miguet et al. 2006) 0,0003-0,022 (3,5x10*“-2,6x1 О*6) +