Сообщества микроорганизмов, ассоциированных с лососевидными рыбами озера Байкал

• Автор: Суханова, Елена Викторовна
• Шифр специальности: 03.02.08
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Иркутск
• Количество страниц: 138 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Микрофлора кишечного тракта рыб
1.1.1. Разнообразие кишечной микрофлоры рыб
1.1.2. Роль симбионтной микрофлоры, населяющей кишечный тракт рыб
1.1.3. Микроорганизмы с неустановленным функциональным значением
1.2. Микроорганизмы - возбудители инфекционных заболеваний внешних покровов рыб
1.2.1. Инфекционные заболевания рыб Байкала и озёр Забайкалья
1.2.2. Сочетанные инфекции внешних покровов рыб
1.3. Особенности экологии лососевидных рыб
ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
2.1. Характеристика объектов исследования и пробоподготовка
2.2. Методы исследования
2.2.1. Молекулярно-генетические методы
2.2.2. Методы микроскопического анализа
2.2.3. Культивирование на селективных питательных средах
2.2.4. Серологические методы
ГЛАВА 3. ТАКСОНОМИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ КИШЕЧНОЙ МИКРОФЛОРЫ БАЙКАЛЬСКОГО ОМУЛЯ И ХАРИУСА
(ТНУМАЫи5)
3.1. Разнообразие кишечной микрофлоры байкальского омуля
3.2. Разнообразие кишечной микрофлоры рыб рода ТкутаИш

3.3. Сравнительная характеристика кишечной микрофлоры
лососевидных рыб
ГЛАВА 4. МИКОПЛАЗМЫ - СПЕЦИФИЧНЫЕ ПРЕДСТАВИТЕЛИ МИКРОФЛОРЫ РЫБ РОДА THYMALL US
4.1. Детекция и распространение генотипа Mycoplasma
4.2. Филогенетический анализ генотипа Mycoplasma
4.3. Культуральные и морфологические особенности Mycoplasma
4.4. Количественная оценка распределения байкальского генотипа Mycoplasma
ГЛАВА 5. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ СОСТАВА СООБЩЕСТВ МИКРООРГАНИЗМОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ЯЗВЕННЫМИ ПОРАЖЕНИЯМИ ВНЕШНИХ ПОКРОВОВ РЫБ
5.1. Сообщества микроорганизмов язв рыб в аквариумных экспозициях
5.2. Сообщества микроорганизмов язв рыб озера Байкал
5.3. Сообщества микроорганизмов язв рыб озера Арахлей
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ

Актуальность проблемы. Согласно многочисленным исследованиям в области микробной экологии, большинство бактерий в природных экосистемах существуют в сообществах, так как это облегчает доступ питательных веществ, способствует метаболической кооперации организмов и защищает клетки от негативного воздействия окружающей среды. Ассоциированная микрофлора присутствует в различных органах и тканях рыб, а ее качественные и количественные характеристики часто отражают характерные особенности окружающей среды.
В последнее время усилился интерес исследователей к микрофлоре кишечного тракта (КТ) рыб [19, 31, 38, 74 и др.]. Благодаря этим работам утвердилось представление, что она является жизненно необходимым компонентом КТ, зависящим от возраста, типа питания и экологических условий местообитания рыб. Исследование разнообразия кишечной микрофлоры рыб позволяет классифицировать микроорганизмы как автохтонные или собственные, и как аллохтонные или транзиторные. Специфичная кишечная микрофлора состоит из аэробных, факультативных и облигатных анаэробных бактерий.
Филогенетическая идентификация отдельных микроорганизмов в сообществах без культивирования является мощным инструментом в комплексном изучении микрофлоры рыб, так как с помощью этих методов можно получить характеристику видового состава всей ассоциированной микрофлоры, включая и некультивируемые бактерии. В настоящее время молекулярными методами получены нуклеотидные последовательности фрагментов гена малой субъединицы рибосомной РНК (16S рРНК) представителей рода Mycoplasma непосредственно из КТ различных видов рыб [82, 99, 140, 155, 174]. Функциональное значение этих
прокариотических организмов пока не установлено, но авторы