Серологические свойства V3-петли GP 120 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории бывшего СССР

• Автор: Щелканов, Михаил Юрьевич
• Шифр специальности: 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 248 с.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АГ - антиген;
АТ - антитело;
ББ - блокирующий буфер;
ВИЧ - вирус иммунодефицита человека;
ВИЧ-1 - вирус иммунодефицита человека первого типа;
ВИЧ-2 - вирус иммунодефицита человека второго типа;
Д.б.н. - доктор биологических наук;
Д.м.н. - доктор медицинских наук;
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота;
Д.ф.-м.н. - доктор физико-математических наук;
Д.х.н. - доктор химических наук;
ИР - иммунореактивность;
ИФА - иммуноферментный анализ;
КББ - карбонат-бикарбонатный буферный раствор;
К.б.н. - кандидат биологических наук;
КНЦ - Кардиологический Научный Центр;
К.м.н. - кандидат медицинских наук;
К.ф.-м.н. - кандидат физико-математических наук;
К.х.н. - кандидат химических наук;
МАТ - моноклональные антитела;
МГК - метод главных компонент;
М3 - Министерство Здравоохранения;
НИИ - научно-исследовательский институт;
НИИВ РАМН - НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН; ОФД - орто-фенилендиамин;
ПЦР - полимеразная цепная реакция;
РАМН - Российская Академия Медицинских Наук;
РАН - Российская Академия Наук;
РБ - Республика Беларусь;
РНК - рибонуклеиновая кислота;
РФ - Российская Федерация;
СПИД - синдром приобретенного иммунодефицита;
СПИР - спектр иммунореактивности;
ФСБ - фосфатно-солевой буферный раствор;
ФСБТ - фосфатно-солевой буферный раствор с Твин-20;
ЗТС - тритиоцитидин, ламивудин;
AZT - азидотимидин, зидовудин, ретровир;
IS - индекс специфичности (от англ. - Index of Specificity);
SI - синцитиеобразующий;
SIV - вирус иммунодефицита обезьян;
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
ГЛАВА 1.1. ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ О МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ И
ЭПИДЕМИОЛОГИИ ВИЧ.
§ 1.1.1. ВИЧ как этиологический агент СПИДа
§ 1.1.2. Морфология вириона ВИЧ
§ 1.1.3. Структура генома ВИЧ
§ 1.1.4. Классификация ВИЧ
ГЛАВА 1.2. ИММУНОХИМИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ К КЛАССИФИКАЦИИ ВИЧ.
§ 1.2.1. Молекулярные основы гуморального иммунитета
§ 1.2.2. Общая схема реализации иммунохимических подходов к классификации
вирусов
§ 1.2.3. Экспериментальные методы оценки ИР
§ 1.2.4. Предварительная обработка экспериментальных данных
§ 1.2.5. Меры дистантности СПИР
§ 1.2.6. Визуализация взаимных расположений СПИР в многомерном признаковом
пространстве
§ 1.2.7. Методы классификации СПИР
§ 1.2.8. Оценка качества классификации
§ 1.2.9. Анализ соответствий
§ 1.2.10. Типирование ВИЧ-1 посредством иммунохимических методов
ЧАСТЬ II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
§ II. 1. Сыворотки и ВИЧ-инфицированные пациенты
§ II.2. Коммерческие тест-системы
§11.3. Синтетические пептиды
§ II.4. Твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА) на основе синтетических
пептидов
§ И.5. Конкурентный ИФА на основе синтетических пептидов
§ II.6. Обработка результатов ИФА
§11.7. Выделение и секвенирование нуклеиновых кислот
§11.8. Оборудование
ЧАСТЬ III. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.
ГЛАВА III.1. СЕРОТИПИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ВАРИАНТОВ ВИЧ-1, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ БЫВШЕГО СССР ДО 1995 Г
§ III. 1.1. Серотипирование ВИЧ-позигивных сывороток с территории
Белоруссии
§ III. 1.2. Анализ соответствий между гено-и серотипом
§ III. 1.3. Влияние точечных аминокислотных замен на кросс-реактивность между
различными субтипами ВИЧ
§ III.2.1. Серотипирование вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на юге/юго-востоке
Украины
§ III.2.2. Серотипирование вариантов ВИЧ-1 из светлогорского очага эпидемии в
Гомельской области Беларуси
§ III.2.3. Взаимосвязь между генотипом и серотипом для сывороток из Светлогорского
очага эпидемии
§ III.2.4. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве
§ III.2.5. Серотипирование вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди ВИЧ-1-
инфицированных внутривенных наркоманов в Твери
ГЛАВА III.4. НЕКОТОРЫЕ ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ПРОБЛЕМЫ АНАЛИЗА МНОГОМЕРНЫХ ДАННЫХ, ПОЛУЧАЕМЫХ ПРИ СЕРОТИПИРОВАНИИ ВИЧ-1-ПОЗИТИВНЫХ СЫВОРОТОК В ИФА НА ОСНОВЕ СИНТЕТИЧЕСКИХ ПЕПТИДОВ.
§ III.4.1. Определение дистантности СПИР, минимизирующих экспериментальную погрешность

серологического АГ-типирования (см. выше) представления о непосредственной взаимосвязи между серотипом, структурным типом АГ и филогенетической группой, сформировавшиеся в процессе серодиагностической практики.
§ 1.2.3. Экспериментальные методы оценки ИР.
А ©" является термодинамической, а К. - кинетической характеристикой процесса (1.6). Соотношение (1.14) обосновывает известное мнемоническое правило [Берзофски Д.А., 1989]: десятикратное увеличение авидности соответствует примерно двукратному увеличению15 свободной энергии (In 10 » 2.303).
И К, и А зависят от температуры Т. Прологарифмировав и продифференцировав по Т правую часть (1.14), получаем отношение Вант-Гоффа [Кантор Ч., 1984; Ландау Л.Д., 1995]:
flg(lnJ£T) = Д_ dT RT1 , (3.1)
следовательно снижение температуры увеличивает количество А Н -зависимых комплексов АГ-АТ (паратоп-эпитопные взаимодействия в которых определяются, в основном, диполь-дипльными, дисперсионными, униполярными и водородными связями - см. табл.1.1); и наоборот, повышение температуры смещает равновесие в
сторону А '-зависимых комплексов (сформированных, в основном, за счет индукционных, ионных, ионно-молекулярных и гидрофобных взаимодействий) [Волькенштейн М.В., 1988; Кантор Ч., 1984]. Оценку ИР для серотипирования предпочтительнее проводить при Т = 37° С (при которой осуществляется действие гуморального иммунитета in vivo, различные варианты которого, по сути, и классифицируются при серотипировании); серологическое АГ-типирование может проводиться при различных температурах в зависимости от того, каким типам эпитоп-паратопных взаимодействий необходимо придать больший вес. При этом может использоваться различная температура инкубации сывороток с различными АГ, а
также составные температурные критерии, например отношение А ©” при 7] к А '& при
Т2: если 1 > Т2, то указанное отношение характеризует превышение вклада А
зависимых над А Н -зависимыми паратоп-эпитопными взаимодействиями