Кристаллографическое исследование структурной изменчивости фрагментов ДНК

• Автор: Малинина, Людмила Викторовна
• Шифр специальности: 01.04.18
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 231 с. : ил.

Содержание
Введение
ГЛАВА 1. Дискуссия: тонкая структура и структурная изменчивость двойной спирали (по литературе). Задачи диссертационной работы
1.1 Дифракция на волокнах и разные формы двойной спирали
1.2 Появление кристаллографии олигонуклеотидов
1.2.1 Структура гексамера СОСОСв. Открытие Z-ДНК
1.2.2 Чередующаяся пурин-пиримидиновая последовательность
1.2.3 Кристаллическая упаковка Ъ-ДНК
1.2.4 Додекамер СОСОААТТСОСО и октамер ООТАТАСС первые
представители фрагментов В- и А-ДНК
1.3 Тонкая структура двойных спиралей
1.3.1 Возможно ли «непрямое» узнавание белками участка ДНК?
Структура комплекса Цуэ-репрессор/оператор
1.3.2 Правила Калладайна
1.3.3 Определения, используемые при описании структуры ДНК
1.4 Форма двойной спирали в кристаллах олигонуклеотидов
1.5 Влияние окружения на структуру фрагмента ДНК
1.6 Структурная изменчивость фрагментов ДНК. Задачи диссертационной работы
ГЛАВА 2. Методические особенности кристаллографии ДНК (по литературе)
2.1 Об отличиях в кристаллизации олигонуклеотидов и белков ...51.
2.2 Методы определения структуры олигонуклеотидных дуплексов
2.2.1 Тяжелоатомные производные
2.2.2 Прямой поиск
2.2.3 Максимум энтропии
2.2.4 Молекулярное замещение. Программа АМоКе

2.3 Кристаллографическое уточнение. Программа X-PLOR
2.4 Анализ структуры фрагментов двойных спиралей. Программы NEWHELIX и CURVES
ГЛАВА 3. В-ДНК: структура додекамера CGCTCTAGAGCG и октамера CGCTAGCG. Тонкая структура последовательности CTAG в различном окружении
3.1 Методическая часть
3.1.1 кристаллы
3.1.2 сбор данных
3.1.3 определение и уточнение структуры додекамера CGCTCTAGAGCG
3.1.4 определение и уточнение структуры октамера CGCTAGCG
3.2 Особенности кристаллической упаковки до декамеров В-ДНК с CG-концами
3.3 Упаковка додекамеров в столбики и средний угол спирального поворота
3.4 Схемы упаковок дуплексов другой длины с CG-концами
3.4.1 Декамеры
3.4.2 Октамеры
3.5 Упаковка додекамера CGCTCTAGAGCG и октамера CGCTAGCG в реальных кристаллах
3.6 Сравнение структуры двух дуплексов додекамера CGCTCTAGAGCG и трех дуплексов октамера CGCTAGCG
3.6.1 структурные параметры
3.6.2 особенности анализа локальных и средних структурных параметров ДНК-фрагментов
3.7 Тонкая структура тетрамера CTAG в различном окружении
3.8 Основные результаты и выводы

ГЛАВА 4. Метод фазовых диаграмм для кристаллизации олигонуклеотидных дуплексов. Получение различных кристаллических модификаций дуплекса
4.1 Фазовые диаграммы для двухкомпонентной системы дуплекс/спермин
4.2 Модель, описывающая двухкомпонентную систему
4.3 Влияние MgCl2, и МПД на вид диаграмм
4.4 Постановка кристаллизационных проб
4.5 Получение разных кристаллических модификаций самокомплементарных ОС-сод ержащих фрагментов
4.5.1 гексамер рСОСвСО
4.5.2 тетрамеры ОйСС и рИОСС
4.5.3 октамер СССйСООО
4.6. Примеры других кристаллизационных систем с олигонуклеотидами
4.7. Основные результаты и выводы
ГЛАВА 5. Структура Z-ДHK в трех кристаллических модификациях гексамера рСвСОСИ. Рекомбинационно-подобная структура (РТЕ) гексамера ССвСОС
5.1 Методическая часть
5.1.1 кристаллы
5.1.2 сбор данных
5.1.3 определение и уточнение структуры гексамера рСОСОСО в трех кристаллических модификациях
5.1.4 определение и уточнение структуры гексамера ССОСвв
5.2 Кристаллическая упаковка гексамера рСОСОСО
5.3 Новые взаимодействия между дуплексами Z-ДHK
5.4 Ориентация двух молекул г-ДНК «лицом-к-лицу»
5.5 Особенности стэкинг-взаимодействий между дуплексами в столбике

Tip (0) Крен
Inclination (tj) Наклон
Ось спирали

Минорный
желобок
Система отсчета
Opening (а) Веер
Propeller twist (со) Пропеллер
Buckle (к) Изгиб
Twist (Q)
Спиральное
вращение
Roll (р) Тетрадь
Блокнот
Рис. 1.22. Угловые параметры пары (верхний ряд), оснований в паре (средний ряд) и ступени (нижний ряд), используемые при описании структуры двойной спирали. Точкой отсчета является идеализированная пара, перпендикулярная оси спирали, проходящей через ее центр, что схематически показано в верхнем левом углу вместе с определением координатной сетки. Все схемы отвечают положительным значениям параметров. Из работы (Dickerson et аі., 1989).