Моделирование больших биомолекул и биомолекулярных систем с использованием графического процессора

• Автор: Жмуров, Артём Андреевич
• Шифр специальности: 05.13.18
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 123 с. : ил.

Молекулярное моделирование

Моделирование в полноатомном разрешении

Упрощнные модели биомолекул

Модель самоорганизующегося полимера

Графические процессоры ГП

Вычисления общего характера при помощи графических процессоров .

Программная модель А

Подходы к оптимизации

Моделирование по принципам динамики Ланжевена на ГП

Реализация расчта сил

Распараллеливание по частицам

Распараллеливание по парам взаимодействующих частиц
Интегрирование уравнений движения
Подход много запусков на ГП
Тестирование программы
Точность численного интегрирования
Измерение производительности
Генераторы случайных чисел
Генераторы псевдослучайных чисел
Обзор
Линейный конгруэнтный генератор
Алгоритм 2
Алгоритм гибридный Таус
Алгоритм Фибоначчи с запаздыванием
Реализация , 2, гибридного Тауса и алгоритма Фибоначчи с
запаздыванием на ГП
Основные идеи
Подход одинГСЧнапоток
Подход одинГСЧнавсепотоки
Тест на случайность процесс Орнстейна Уленбека
Силовая денатурация белка фибриноген и его фрагментов
Результаты экспериментов Атомной Силовой Микроскопии .
Молекулярное моделирование
Структурные модели
Параметризация модели
Результаты молекулярного моделирования
Выводы
Силовая индентация капсиды вируса НК
Молекулярное моделирование
Результаты моделирования
Выводы
Заключение
Список литературы


Вычисления общего характера при помощи графических процессоров . Результаты экспериментов Атомной Силовой Микроскопии . СИАГШМ , , ИАМБ , и Сгошас. I ix . Ланжевена. С и . ГП. ГП. ОКМД Одиночный ноток Команд, Множественный поток Данных англ. ГП, такие как , , и др. Полимера англ. ГП. НК. Атомная Силовая Микроскопия, для реализации была выбрана модель . НК. ГП. НК. ЯМР. ДЛ.