Использование нечеткой логики при описании молекул в задаче "структура-свойство"

• Автор: Деветьяров, Дмитрий Александрович
• Шифр специальности: 05.13.17
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 123 с. : ил.

Содержание
Введение

Глава 1. Задача структурасвойство и существующие методы ее решения

1.1 Общая постановка задачи структурасвойство.

1.1.1 Описание обучающего множества

1.1.2 Постановка задачи

1.2 Существующие методы описания молекул.

1.2.1 Параметрическое описание молекул топологическими дескрипторами

1.2.2 Параметрическое описание молекул структурными дескрипторами

1.2.3 ЗОСБАК анализ трехмерных молекул.

1.3 Методы построения прогнозирующей функции.

Выводы.
Глава 2. Метод представления информации о структуре молекул четкими и нечеткими дескрипторами
2.1 Постановка задачи в работе.
2.2 Метод описания молекулярной структуры четкими структурными дескрипгорам и.
2.3 Применение аппарата нечеткой логики при формировании структурных ЗЭдескрипторов
2.3.1 Нечеткая логика и существующие методы решения задачи структурасвойство с помощью нечеткой логики
2.3.2 Нечеткие классы особых точек и расстояний
2.3.3 Алфавит нечетких структурных ЗИдескрипторов и вычисление их значений.
2.4 Оптимизация описания нечеткими дескрипторами как демонстрация преимущества нечетких дескрипторов.
2.4.1 Общая схема алгоритма оптимизации
2.4.2 Формирование начального алфавита дескрипторов.
2.4.3 Оптимизация алфавита дескрипторов с использованием нейронной сети
2.5 Алгоритм решения задачи структурасвойство с помощью нечетких дескрипторов
2.5.1 Эволюционный отбор
2.5.2 Описание алгоритма
2.6 Оценка вычислительной сложности.
Глава 3. Экспериментальные результаты.
3.1 Программная реализация алгоритма
3.1.1 Построение молекулярной поверхности, особых точек.
3.1.2 Формирование матрицы молекулапризнак и поиск классифицирующей функции в среде МАТЬАВ.
3.2 Использованные методы построения классифицирующей функции
3.3 Описание результатов
3.3.1 Обработка выборки бициклических бисмочевин
3.3.2 Обработка выборки гликозидов
Выводы.
Заключение
Приложение. Описание выборок химических соединений.
1. Выборка бициклических бисмочевин.
2. Выборка гликозидов
Литература


Предложенный эволюционный алгоритм построения дескрипторов может быть использован для повышения вычислительной эффективности подобной системы. Материалы диссертации докладывались и обсуждались на 8-ой международной конференции «Распознавание образов и анализ изображений: новые информационные технологии» ("Pattem Recognition and Image Analysis: New Information Technologies, PRiA-8-), Международной научной конференции "Компьютерные науки и информационные технологии" ( г. Всероссийской конференции «Математические методы распознавания образов» ММРО- ( г. Молодежной конференции "Молекулярный дизайн и синтез веществ с заданной физиологической активностью" (химический факультет МГУ им. М,В. Ломоносова, г. Полученные результаты также обсуждались на научных семинарах механикоматематического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова и Института Органической Химии им. Н.Д. Зелинского РАН. По материалам диссертации опубликовано научных работ. I.V. Svitanko, D. A. Devetyarov, D. E. Tcheboukov, M. S. Dolmat, A. M. Zakharov, S. S. Grigoryeva, V. T. Chichua, L. A. Ponomareva, M. I. Kumskov. QSAR Modeling on the Basis of 3D Descriptors Representing the Electrostatic Molecular Surface (Ambergris Fragrances) // Mendeleev Communications. Vol. No. P. -. D.A. Devetyarov, A. M. Zaharov, M. I. Kumskov, L. A. Ponomareva. Fuzzy logic application for construction of 3D descriptors of molecules in QSAR problem. Proceeding of the 8th International Conference "Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies" (PRIA-8-) - . Vol. P.9-2. S.S. Grigoreva, M. I. Kumskov, A. M. Zaharov, D. A. Devetyarov, L. A. Ponomareva, I. V. Svitanko. Search of 3D structure representation of flexible molecules adequate to the given biological activity // Proceeding of the 8th International Conference "Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies" (PRIA-8-) - . Vol. P.2-5. Григорьева C. C., Чичуа B. T., Деветьяров Д. А., Кумсков М. И. Выбор оптимального описания структуры молекулы в задаче структура-свойство для заданной биологической активности // Вестник Московского университета. Серия 2. Химия. Т. , N 5. С. 5-7. Деветьяров Д. А., Григорьева С. С., Пермяков Е. А., Кумсков М. И., Пономарева Л. А., Свитапько И. В. Решение задачи "структура-свойство" для молекул с множеством пространственных конформаций // Система прогнозирования свойств химических соединений: Алгоритмы и модели. Сборник научных работ. М.: МАКС Пресс, . С. 3-9. Григорьева С. С., Деветьяров Д. А., Свитанько И. В., Пермяков Е. А., Апрышко Г. Н., Кумсков М. Система прогнозирования свойств химических соединений: Алгоритмы и модели. Сборник научных работ. М.: МАКС Пресс, . С. -. Захаров А. М., Девстьяров Д. А., Кумсков М. И. Решение задачи «структура-активность» с использованием нечетких функций близости (kernel-функций) // Система прогнозирования свойств химических соединений: Алгоритмы и модели. Сборник научных работ. М.: МАКС Пресс, . С. -. Деветьяров Д. А., Кумсков М. И., Апрышко Г. Н., Носеевич Ф. М., Прохоров Е. И., Перевозников Л. В., Пермяков Е. А. Сравнительный анализ применения нечетких дескрипторов при решении задачи «структура-свойство» // Доклады -ой Всероссийской конференции «Математические методы распознавания образов» ММРО-. М: МАКС Пресс. С. 1 -4. Носеевич Ф. М., Девстьяров Д. А., Кумсков М. И., Апрышко Г. Н., Пермяков Е. А. Двоичный метод группового учета аргументов в задаче «структура-свойство» // Доклады -ой Всероссийской конференции «Математические методы распознавания образов» ММРО-. М: МАКС Пресс. С. 5-8. Деветьяров Д. А. Нечеткие дескрипторы молекул в задаче «Структура-свойство» // Информационные технологии. С. -. Деветьяров Д. А., Кумсков М. И. Использование нейронных сетей в задаче «структура-свойство» с использованием нечеткого описания пространственных структур молекул // Нейрокомпьютеры: разработка, применение. С. -. Деветьяров Д. А. Эволюционное построение алфавита дескрипторов, сформированных на основе аппарата нечеткой логики, в задаче «структура-свойство» // Системы управления и информационные технологии. С. 1-4.