Программная система генерации молекулярных графов с использованием метрик на графах

• Автор: Чернобаев, Алексей Анатольевич
• Шифр специальности: 05.13.11
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 124 с.

Работа выполнена а кафедре Антона, Сс1см Вычслтм,ню Комплексов факулмса Вычислитель Маге. И1ю, Кявттю Москоиското Государстве уНВЧите,а ,ш, м. МИ. Н. В. Ииспзут Органической Химии та. Д 3 о адсу,,. Горм. МГУ. Вычисти,ельяоВ Мзтоит1та Кибернетики. М0Ж1 отшк0игьс. ВМВК МГУ. Ученый секретарь лиссертацнонного совета Д 3 кандидат физикоматематических наук. СК0Р Н. Введение. Глава 1. Программные системы генерации молекулярных графов. Г операция по бруггоформуле. Базовые программные средства для работы с графами. Преимущества объектноориентированного программирования при создании библиотек для работы с графами. Существующие объектноориентированные библиотеки для работы с графами. Особенности обьектноориектнрованных библиотек для работы с графами. Привязка атрибутов к вершинам и ребрам графа. Поддержка различных видов графов. Выводы. Глава 2. Генерация молекулярных графов с использованием метрик на трафа 1. Построение метрики. Варианты совершенствования метода генерации. Выводы. Глава 3. Библиотека классов для работы с помеченными графами.


В приложении 1 описан пользовательский интерфейс программы генерации молекулярных графов, входящей в систему МоКЗеп. В приложении 2 перечислены теоретикографовые задачи, которые могут быть решены с использованием библиотеки . Приведены названия соответствующих модулей, процедур и функций библиотеки. В приложении 3 описан стандартный переносимый формат файлов для представления помеченных графов ОМЬ. В приложении 4 приведены примеры программных тестов для модулей и классов библиотеки ЛСгарЬ. Глава 1. В гланс дастся обзор существующих методов генерации молекулярных рафии. Рассмотрена генерация молекулярных графов по бруттоформуле генерация структурных изомеров и генерация с использованием графаосновы и списка заместителей. Проанализированы области применения данных методов при решении различных задач математической химии. Приведены примеры программных систем, реализующих эти методы. Рассмотрен ряд современных объектноориентированных библиотек для работы с графами. Определение молекулярный граф Мграф СУ,Е эго простой помеченный граф 0. В общем случае вершины могут иметь дополнительные атрибуты, такие как заряд или координаты пространственной локализации. В настоящее время существует иесколько методов программной генерации молекулярных графов. Один из них заключается в комбинаторном перечислении структур по заданным бруттоформулам возможно, с некоторыми ограничениями И. Другой метод, генерация по основе и списку заместителей, предполагает задание основы базового фрагмента молекулы, списков фрагментовзаместитслей и мест присоединения этих заместителей к основе.