Идентификация специфичных маркеров для характеристики множественно-устойчивых госпитальных штаммов Enterobacteriaceae

• Автор: Прямчук, Сергей Дмитриевич
• Шифр специальности: 03.02.03, 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Оболенск
• Количество страниц: 191 с. : ил.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Значение устойчивости к антибиотикам у возбудителей внутрибольничных инфекций семейства ЕМегоЬаМепасеае.
1.2 Распространенность клинически значимых штаммов Еп1егоЬаепасеае, возбудителей нозокомиальных инфекций

1.3 Механизмы формирования устойчивости к антибактериальным средствам.

1.4 Генетические детерминанты устойчивости к беталактамам.

1.4.1 Беталактамазы

1.4.2 Хромосомные и плазмидные гены беталакгамаз

1.5 Генетические детерминанты ассоциативной устойчивости и их локализация в геноме бактерий

1.5.1 Гены, кодирующие устойчивость к аминогликозидам.

1.5.2 Гены, кодирующие устойчивость к фторхинолонам

1.5.3 Гены, кодирующие устойчивость к сульфаниламидам.
1.6 Роль мобильных генетических элементов в быстром распространении генов устойчивости к
антибактериальным препаратам
1.6.1 Г еномные острова.
1.6.2 Плазмиды
1.6.3 Транспозоны и элементы
1.6.4 Интегроны.
1.6.5 Рекомбинация
1.7 Методы изучения устойчивости к антибактериальным препаратам
1.7.1 Микробиологические методы.
1.7.2 Биохимические методы
1.7.3 Биофизические методы
1.7.4 Генетические методы.
1.7.5 Молекулярногенетические методы.
1.7.6 Методы биоинформатики.
1.8 ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ.
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Микробиологические методы.
2.1.1 Изоляты бактерий
2.1.2 Выращивание микроорганизмов.
2.1.3 Определение чувствительности к антибиотикам
2.1.4 Тест на наличие БЛРС
2.2 Молекулярногенетические методы.
2.2.1 Специфические праймеры для ПЦРдетекции генов
антибиотикоустойчивости
2.2.2 Подготовка матрицы ДНК
2.2.3 Амплификация ДНК.
2.2.4 Электрофорез в агарозном геле
2.2.5 Рестрикционный анализ ПЦРпродуктов.
2.2.6 Определение размеров фрагментов ДНК.
2.2.7 Секвенирование ДНК
2.2.8 Конъюгативный перенос плазмид.
2.2.9 Выделение плазмидной ДНК.
2.2. Изучение плазмидных профилей изолятов и
штаммов
2.2. Рестрикционный анализ плазмид
2.2. Гибридизация ДНКДНК.
2.2. Определение групп несовместимости I плазмид
2.3 Биоинформатичсскис методы.
2.3.1 Анализ последовательностей Д1I с помощью
программы V I
2.3.2 Выравнивание последовательностей ДНК
2.3.3 Размещение последовательностей ДНК в базе данных .
Глава 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1 Сравнение коллекций нозокомиальных изолятов семейства i, выделенных в РФ в
гг. и в гг
3.1.1 Анализ видового состава и источников выделения нозокомиальных изолятов энтеробактерий.
3.1.2 Фенотипы устойчивости изолятов к цефалоспоринам IIIIV
3.1.3 Фенотипы устойчивости изолятов к антибактериальным препаратам других
функциональных классов.
3.2 Детекция генетических детерминант антибиотикоустойчивости
3.2.1 ПЦРскринииг на наличие генов беталактамаз
3.2.2 Разработка алгоритма идентификации генов, кодирующих беталактамазы СТХМтипа, методом ПЦРПДРФ.
3.2.3 Идентификация генов Ыастхм в нозокомиальных изолятах энтеробактерий
3.2.4 Идентификация нового гена Ыастхмi .
3.2.5 Изучение генетического окружения генов Ыасухм
3.2.6 Анализ генов ассоциативной устойчивости, локализованных в вариабельных участках интегронов 1 класса
3.2.7 Обнаружение генов плазмидных детерминант устойчивости к хинолонам.
3.2.8 Изучение конъюгативных плазмид, несущих гены антибиотикоустойчивости.
3.2.9 Локализация генов резистентности и интегронных структур на конъюгативных плазмидах.
3.2. Определение групп несовместимости конъюгативных плазмид.
3.2. Создание перечня специфичных маркеров для характеристики множественно устойчивых госпитальных штаммов энтеробактерий
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


НИ важнейшая проблема здравоохранения во всем мире. США и 5 миллионов в Европе. Каждый год от последствий НИ в Европе умирают ООО, а в США около 0 ООО человек четвертая по частоте причина летальности в этой стране после сердечнососудистых, злокачественных заболеваний и инсультов 4. Грамнегативные бактерии на протяжении многих лет являются важными госпитальными патогенами, особенно для тяжелых пациентов стационаров. Устойчивость микроорганизмов к антибиотикам является следствием широкого использования этих лекарств в клинической практике. Механизмы устойчивости, а также межвидовая распространенность генов резистентности изменяются при изменении схем лечения . В настоящее время лекарственная устойчивость микроорганизмов возбудителей различных заболеваний не только чисто микробиологическая, но и огромная государственная проблема. Так, среди микроорганизмоввозбудителей острых кишечных инфекций до выделяемых возбудителей дизентерии устойчивы ко многим используемым антибиотикам . На основании данных, опубликованных в отчете Европейского комитета по наблюдению за антибиотикоустойчивостью , эпидемиология резистентности различается в зависимости от типа патогена, вида антибактериального средства и географического региона. Ситуация, связанная с инфекциями, вызванными возбудителями, относящимися к грамотрицательным бактериям семейства i, расценивается как тяжелая во многих регионах. В первую очередь это связано с кишечными палочками и клебсиеллами, проявляющими одновременную устойчивость к двум наиболее часто используемым классам антимикробных препаратов беталактамам и фторхинолонам рис. Примечательно, что эпидемиологическая ситуация достаточно быстро меняется в сторону ухудшения, т. Это объясняется появлением новых, более эффективных для защиты бактериальной клетки, механизмов резистентности, а также широким их распространением среди патогенов. Так, если до г. БЛРС ТЕМ и Vтипов, то в настоящее время доминирующим механизмом этого типа устойчивости является наличие ферментов СТХМгипа. Данный тип БЛРС стал превалирующим во многих странах, но особенно активно распространился в Европе и Азии. Важную роль в распространении резистентности сыграли успешные в эпидемиологическом плане штаммы и клоны патогенных бактерий. Так, по всему миру распространился клон кишечной палочки секвенстипа 8Т1, серогипа 5Н4, несущий фермент СТХМ . Рисунок 1 Увеличение доли . Карбапенемы, которые до недавнего времени рассматривались как надежные резервные препараты при лечении инфекций, вызванных устойчивыми к другим беталактамам возбудителями, в некоторых регионах мира например, в США, утратили свою бескомпромиссную надежность. КРС, расценивается как нарастающая угроза для здравоохранения Великобритании, Израиля, Греции и др. Большую роль в распространении данного механизма резистентности играет эпидемический клон К. Стоит подчеркнуть, что мультирезистентность является отличительной чертой для многих нозокомиальных штаммов энтеробактерий. До недавнего времени считалось, то надежным препаратом выбора для антибиотикотерапии является азтрсонам, но появились сообщения о новых типах штаммов, несущих генетические детерминанты БЛРС типа, такие штаммы способны гидролизовать азтреонам. Хотя тайгециклин и полимиксин активны i vi против большинства энтеробактерий, продуцирующих карбапенемазы, эти препараты также не являются панацеей. Тайгециклин создает только низкий уровень концентрации в крови человека, поэтому эффективность данного препарата при лечении тяжело больных пациентов недостаточна. При опасных нозокомиальных пневмониях, часто возникающих после применения искусственной вентиляции легких, клиницисты используют сочетание имипенема с циластатином или ингибиторзащищенные цефалоспорины . Высокий риск колонизации пациентов стационаров антибиотикорезистентными патогенами отмечался для людей, имеющих тяжелые соматические заболевания, длительный период пребывания в больнице, подвергающихся инвазивным процедурам в течение длительного времени, а также перенесших ранее длительный курс антибиотикотерапии 6.