Генетическое разнообразие и молекулярные основы резистентности Streptococcus pneumoniae к β-лактамным антибиотикам

• Автор: Савинова, Татьяна Александровна
• Шифр специальности: 03.02.03, 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 143 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Общая характеристика микроорганизма

1.2 Клиническое значение 5. i

1.3 Методы идентификации и типирования 5. i

1.3.1 Идентификация пневмококков

1.3.2 Типировоние пневмококков.

1.4 Антибактериальная терапия пневмококковых инфекций.

1.5 Механизм резистентности 5. i к влактамным антибиотикам

1.6 Клиническое значение и распространение . i, устойчивых к влактамным ажибиотикам
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.
2.1 Микробиологические исслгдования.
2.1.1 Выделение, идентификация и хранение пневмококков
2.1.2 Определение чувствительности к антимикробным препаратам.
2.1.3 Серотипирование.
2.2 Генетические исследования.
2.2.1 Выделение геномной ДНК . i
2.2.2 Анализируемые последовательности ДНК
2.2.3 Амплификация фрагментов генома
2.2.4 Минисеквенирование и массспектрометрический анализ.
2.2.5 ПЦРтипирование капсульных антигенов
2.2.6 Секвенирование генов, генов домашнего хозяйства и генов.
2.2.7 Мультилокусное сикаенстипированис
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Характеристика антибактериальной Активности вяактамных антибиотиков в отношении 5. i ДИНАМИКА распространения устойчивости
3.1.1 Коллекция образцов клинических изолятов.
3.1.2 Распределение МПК влактамных антибиотиков в отношении . i
3.1.3 Резистентность . i к пенициллину
3.1.4 Резистентность . i к амоксициллину
3.1.5 Резистентность . i к цефуроксиму
3.1.6 Резистентность . i к цефотаксиму
3.1.7 Резистентность . i к другим группам антибиотиков
3.2 Детекция генетических маркеров резистентности . i к влактамным антибиотикам с
ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ I МАСССПЕКТРОМЕТРИИ.
3.2.1 Разработка метода детекции
3.2.2 Валидация метода минисеквенирования.
3.2.3 Анализ генетических маркеров резистентности клинических изолятов . i к влактамным антибиотикам.
3.3 ПЦРТИПИРОВАНИЕ КАПСУЛЬНЫХ АНТИГЕНОВ
3.3.1 Оптимизация протокола мультипраймерной ПЦР
3.3.2 Валидация метода ПЦРтипирования капсульных антигенов.
3.3.3 Результаты ПЦРтипирования капсульных антигенов.
3.4 Мультилокусное сиквенстипировани.
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Пневмококки относятся к оксидаза и каталазансгативным факультативно анаэробным бактериям, рост которых усиливается при повышении содержания углекислого газа в атмосфере инкубации до 5 7 2. Пневмококк является привередливым микроорганизмом, требующим для роста на искусственных питательных средах высокого содержания аминного азота и нативного белка животного происхождения, поэтому в состав питательных сред должны входить аминокислоты лизин, аргинин, метионин, треонин, гистидин, глицин, цистеин, аспарагин, изолейцин, валин и глютаминовая кислота, а также витамины группы В 13. Для пневмококков характерно наличие мощной полисахаридной капсулы, которая выполняет защитную функцию, препятствуя опсонизации и последующему фагоцитозу. Строение клеточной стенки пневмококков типично для грамположительных бактерий. Ее основой является пептидогликан со встроенными углеводами, тейхоевыми кислотами, липопротеинами и поверхностными белками. Пептидогликан макромолекулярная структура, расположенная на внешней стороне цитоплазматической мембраны бактерий 8, 3. Его основные функции осмотическая защита клетки, поддержание формы клетки 1. Кроме того пептидогликан вовлечен в процесс деления и выполняет антигенные функции. Липотейхоевая и тейхоевая кислоты располагаются на поверхности клеточной стенки и участвуют в выполнении трех функций 4 1 активация пневмококкового аутолизина фермента, отвечающего за аутолиз пневмококка 2 регуляция активации пневмококкового аутолизина 3 способность клетки делиться. Прикрепление пневмококков к эпителиальной клетке опосредовано наличием поверхностных белковадгезинов, наиболее значимые из них пневмококковый поверхностный антиген А , пневмококковый поверхностный протеин , холинсвязывающие белки СЬрА, гиалуронат лиаза Ну1. Генетические характеристики пневмококков посвоему уникальны, в частности у них довольно легко происходит внутривидовая трансформация. Трансформирующая ДНК высвобождается в результате спонтанного лизиса части клеток популяции и становится доступной для эффективного связывания, транспортировки и встраивания в хромосому реципиента благодаря природной компетентности пневмококков . Трансформация была открыта в году, когда британский учный Ф. Гриффит показал возможность переноса фактора вирулентности и превращения непатогенных штаммов . Геном . ДМ К, размер которой составляет 5 п. Для референтного авирулентного штамма 6 номер в АЕ в году была прочитана последовательность генома 8. В последующие годы геномы были расшифрованы еще для ряда пневмококковых штаммов. Плазмидная ДНК пневмококков может содержать подвижные генетические элементы транспозоны, в состав которых входят гены, кодирующие резистентность к макролидам и линкозамидам 7. Капсула. Основным фактором вирулентности пневмококков является капсула. Она защищает бактерии от фагоци тоза полиморфноядерными лейкоцитами, макрофагами и действия опсонинов. Было доказано, что некапсулированные штаммы в раз менее вирулентны, чем штаммы, обладающие капсулой , , 3. Вирулентность пневмококка определяется химическим составом капсулы. Большую часть пула противопневмококковых антител составляют антитела к антигенам капсулы. Капсула пневмококка состоит из множества моносахаридов, объединенных в полисахариды, а также нссахаридных компонентов 1. В настоящее время на основании различий в последовательности соединения капсульных олигосахаридов пневмококков с одной стороны и способности иммунной системы кроликов распознать эти различия путем выработки специфических антител с другой, выделяют серотипа пневмококков 3, 5, включающих отдельных серотипов и серотипов, объединенных в группу табл. Недавно был обнаружен новый серотип в серогруппе 6 6С 5, а также серотип НЕ . Большинство заболеваний вызывается серотипами, которые входят в широко используемую в настоящее время полисахаридную вакцину. Каждый серотип имеет типоспецифичные капсульные структуры, специфичность которых определяется различной последовательностью одинаковых для серогруппы полисахаридных комплексов 8, 1.