Короткие ретропозоны в геноме Phytophthora infestans и их использование для изучения меж- и внутриштаммовой изменчивости

• Автор: Лаврова, Ольга Игоревна
• Шифр специальности: 03.00.24, 03.00.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 112 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Систематическое положения . i.

1.2. Биология, цикл развития, эпидимиология

1.3. Агрессивность и вирулентность . i.

1.4. Обзор лабораторных методов изучения признака агрессивности Р.

i

1.5. Селекция штаммов фитопатогенных грибов в бесполых генерациях.

1.6. Семейства коротких диспергированных элементов в геноме

i.
1.7. Молекулярные маркеры и их использование для исследования генома
Р. i и других организмов.
1.7.1 ПДРФмаркеры
1.7.2 Полимеразная цепная реакция.
1.7.3 ДНКмаркеры, основанные на полимеразной цепной реакции
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Штаммы, используемые в работе, их свойства и культивирование
2.2. Оценка изменения агрессивности изолятов Р. i в ходе пассажей
через листья растений
2.3. Оценка агрессивности изолятов по отношению к клубням
картофеля
2.4. Выделение нуклеиновых кислот из мицелия Р. i и синтез
2.5. Базы данных последовательностей ДНК и стратегия поиска.
2.6. Условия амплификации с праймерами к боксам А и В и Саузерн
перенос на фильтр
2.7. Фильтры, содержащие бактериальные клоны высокой плотности
2.8. Мечение проб и гибридизация ДНК.
2.9. Клонирование ПЦРпродуктов
2 Секвенирование клонированных фрагментов.
2 разработка метода интерБГЫЕПЦР
2 Математический анализ результатов интерI.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Консенсусные последовательности для промотора РНКполимеразы III
А и В боксы
3.2. Предсказание тРНК и последовательностей I из Р. i
3.3. Число копий и геномная организация предполагаемых
последовательностей I.
3.4. Транскрипция последовательностей I у Р. i
3.5. Распределение последовательностей I, встречающихся у Р.
i, внутри рода
3.6. Характеристика прай мера и спектров IПЦР
3.7. Индивидуальная и географическая изменчивость
3.8. Изучение изменчивости агрессивности изолята Р. i при
пресевах на живых листьях картофеля
3.9. Реципрокное заражение растенийхозяев изолятами, выделенными из
картофеля и томатов
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Например, инсерционная инактивация генов может происходить при встраивании I как в кодирующую область гена, так и в интрон что приводит к ненормальностям в сплайсинге РНК, является причиной геномных перестроек или стимулирует трансляцию при условиях клеточного стресса ii . i . Также было установлено, что I могут служить генетическими маркерами, позволяющими получать надежную информацию о филогенезе таксономических групп среднего уровня семейств и отрядов, а также о популяционной изменчивости . v, v, . i . Вагу один из наиболее интенсивноизучаемых и вредоносных видов оомицетов, и при его изучении активно используются многие геномные ресурсы , . Наличие ретротранспозонов у . Однако, было неизвестно, существуют ли такие классы ретротранспозонов,. I или I и до какой степени они распространены в геноме . Поэтому в данной работе исследовалась возможность присутствия тРНКродственных I в геноме . Разнообразие семейств коротких ретропозонов вместе с их распределением в пределах рода может также показать, имеют ли они важное значение в эволюции Р. Также представляло интерес изучить возможное влияние I на межштаммовую штаммы из удаленных местообитаний и внутриштаммовую селекция штаммов на агрессивность изменчивость у . Цель н задачи исследования. Идентифицировать и охарактеризовать тРНКродственныс короткие диспергированные элементы ШЕб в геноме Р. Проанализировать морфологические и молекулярные изменения штаммов после селекции на повышение и понижение агрессивности в бесполых генерациях на разных растенияххозяевах. ГЛАВА 1. Систематическое положение . i . Вагу фитопатогенный гриб, поражающий пасленовые растения, преимущественно картофель и томаты. Впервые установил инфекционную природу фитофтороза, описал возбудителя и цикл его развития А. Де Бари. В Словаре i, i, порядок относят к подцарству царства i, а хлоропласты считают вторично утраченными. При изучении молекулярных маркеров оомицеты также оказались ближе к водорослям, нежели к грибам I, , x . .. Дудка, М. В. Бурдукова относят этот гриб к царству , отделу , классу , порядку семейству , в Жизни Растений его относят к семейству i В более современных источниках Мюллер, Леффлер, порядок относят к царству i. Организмы этого царства имеют митохондрии в основном с трубчатыми кристами, перистые жгутики с трехчленными жгутиковыми волосками или мастигонемами их клеточная стенка часто содержит целлюлозу и в ней отсутствует минорный хитин и присутствует Гарибова Л. В., . . i имеет ценоцитный мицелий и является высокоспециализированным паразитом растений сем. Спорангии переносятся ветром, водными потоками, насекомыми и способны заражать растения. Спорангии могут прорастать непосредственно ростковой трубкой или дифференцироваться на бифлагеллятные зооспоры. Жгутики позволяют зооспорам активно плавать в каплях воды перед инцистированием и прорастанием. . i имеет диплоидный жизненный цикл, который можно разделить на бесполую и половую стадию , i, , . Бесполая стадия. Весной при посадке слабопораженного семенного картофеля мицелий из клубней распространяется по зеленой части растения, спорангиеносцы прорастают через устьица листьев и при благоприятных условиях через тричетыре дня над поверхностью листьев образуется множество спорангиев, позволяющих заболеванию распространяться с большой скоростью с дождевыми брызгами и воздушными потоками. Споровая продукция наибольшая при относительной влажности выше и температуре выше С, оптимум С. При температуре С спорангии могут прорастать непосредственно ростковой гифой, при температуре ниже С в спорангии образуются 68 зооспор. На поверхности листьев и стеблей прорастающий спорангий или циста образуют ростковую трубку с апрессорием, из которого развивается проникающая гифа.