Геномное типирование изолятов Echinococcus granulosus и Echinococcus multilocularis из разных регионов России

• Автор: Никулина, Надежда Анатольевна
• Шифр специальности: 03.00.19
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 146 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ

1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1.Таксономия рода i

2.1.1. История открытия видов рода i

2.1.2. Штаммы и генотипы . и .ii

2.1.3. Гостальная специфичность и распространение генотипов . и .ii.

2.2. Характеристика геномных маркеров штаммов . и .ii

2.2.1. Ядерная рибосомная ДНК рДНК.

2.2.2. Митохондриальная ДНК мтДНК

2.3. Методы геномного типирования изолятов . и .ii

2.3.1. Сравнительный анализ структуры маркерных генов.
2.3.2. Оценка полиморфизма длин рестрикционных фрагментов продуктов полимеразной цепной реакции ПЦРПДРФ
2.3.3. Оценка полиморфизма длин амплифицированных фрагментов ПДАФ.
2.4. Заключение по обзору литературы
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. Изоляты i ., использованные в работе
3.2 Сбор, подготовка и хранение материала.
3.3. Выделение геномной ДНК.
3.3.1. Выделение геномной ДНК с протеиназой К
3.3.2. Выделение ДНК с использованием силикагеля.
3.3.3. Выделение ДНК из музейных препаратов
3.4. Реакция амплификации.
3.5. Гидролиз ДНК специфическими эндонуклеазами.
3.6. Электрофоретический анализ препаратов ДНК
3.6.1. Электрофоретический анализ геномной ДНК и продуктов ПЦР.
3.6.2. Электрофоретический анализ рестрикционных фрагментов
3.7. Анализ нуклеотидных последовательностей маркерных генов.
3.7.1. Подготовка фрагмента гена для секвенирования
3.7.2. Проведение реакции секвенирования.
3.7.3. Электрофорез в секвенирующем геле.
3.7.4. Компьютерная обработка данных.
4. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.
4.1. Выбор наиболее информативных эндонуклеаз для гидролиза фрагментов генов С и
4.1.1. Дифференциация генотипов . и
.ii по фрагменту митохондриального гена С
4.1.2. Дифференциация генотипов . и
.ii по фрагменту митохондриального гена
4.2. Разработка схем рестрикционного анализа для геномного типирования изолятов . и .ii
4.2.1. Первая схема рестрикционного анализа
4.2.2. Вторая схема рестрикционного анализа
4.2.3. Третья схема рестрикционного анализа
4.3. Апробирование схем рестрикцн оного анализа, выбранных для геномного типирования изолятов i .
4.3.1. Апробирование первой схемы рестрикционного анализа.
4.3.2. Апробирование второй схемы рестрикционного анализа.
4.3.3. Апробирование третьей схемы рестрикционного
анализа
4.4. Геномное типирование препаратов . и
.ii.
4.4.1. Идентификация генотипов препаратов .,
полученных от крупного рогатого скота
4.4.2. Идентификация генотипов препаратов .,
полученных от овец.
4.4.3. Идентификация генотипов препаратов .,
полученных от свиней.
4.4.4. Идентификация генотипов препаратов .,
полученных от людей, лосей, верблюда, собаки, белых мышей и обезличенного препарата
4.4.5. Идентификация генотипов препаратов .ii, полученных от человека и белых мышей.
4.5. Филогенетический анализ генотипов . и
.ii.
5. ОБСУЖДЕНИЕ.
6. ВЫВОДЫиз
7. ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ.
8. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
9. ПРИЛОЖЕНИЕ.
1, ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
АКТУАЛЬНОСТЬ


Установлено, что на этих территориях встречаются генотипы , 2, 5, 6 и 7. Разработана методика дифференциации генотипов . ПЦРПДРФ. Проведена сравнительная оценка различных методов геномного типирования изолятов i . Обобщены сведения по гостальпой специфичности и распространению генотипов . Предложены схемы идентификации генотипов i . На основе предложенных схем был разработан Лабораторный регламент на способ выявления внутривидового ДНК полиморфизма i и i ii с помощью рестрикционного анализа продуктов ПЦР, утвержденный секцией Инвазионные болезни животных Отделения ветеринарной медицины РАСХН. Предложена методика выделения ДНК из протосколексов Методика также была утверждена как лабораторный регламент секцией Инвазионные болезни животных Отделения ветеринарной медицины РАСХН. Результаты исследований могут быть использованы специалистами, работающими в области биотехнологии, молекулярной биологии, систематики, иммунологии, паразитологами общебиологического, ветеринарного и медицинского профиля. Полученные результаты также могут быть использованы для разработки вакцин и диагностикумов. Пой международной научной конференции Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии г. Школе молодых ученых Биотехнология стратегия развития биологии в XXI веке г. Нй Всероссийской школе по Экологической генетике г. Научной конференции Всероссийского общества гельминтологов Теория и практика борьбы с паразитарными болезнями г. Координационном совещании по ветеринарной паразитологии г. А.А. Сибири и на Дальнем Востоке г. Новосибирск, 8 октября г. Ежегодных конференциях аспирантов ВИГИС и Ученых советах ВИГИС гг. По теме диссертации опубликовано 6 научных работ, 4 работы приняты к печати. Разработанные на основе метода ПЦРПДРФ три схемы рестрикционного анализа могут быть использованы для геномного типирования штаммов . Из трех разработанных и апробированных схем геномного типирования изолятов i . С с использованием . Установлено, что на территориях России, Казахстана и Молдовы циркулируют генотипы , 2, 5, 6, 7, 8 и М2. По гостальной специфичности обнаруженные нами на этих территориях генотипы i . Обнаруженные на территории России и сопредельных государств Казахстан, Молдова генотипы по структуре фрагмента митохондриального гена СО идентичны генотипам циркулирующим на земном шаре. Материал диссертации изложен на 5 страницах машинописного текста. Состоит из общей характеристики работы, обзора литературы, разделов материалы и методы, собственные исследования, обсуждение, выводы, практические предложения, список литературы и приложение. Список литературы включает 3 источника, в том числе отечественных и 1 зарубежных авторов. Работа иллюстрирована таблицами и рисунками. Приложение на страницах. Гиппократом. В Хартманиус первым наблюдал половозрелые формы гельминта у естественно зараженной домашней собаки i iii, а Геце в году четко описал цисты и протосколексы возбудителя эхинококкоза и идентифицировал их как вид i vi i ii . Затем Бач в году описал цисты гидатидоза у овец, но назвал их i . В году Зеддер включил этого паразита в род i . М., . Род i обосновал Рудольфи i в году. Он выделил возбудителя цистного гидатидоза из рода , а виду дал название i . Рудольфи изучал и
половозрслые формы паразита марит, полученные от естественно зараженной собаки, но относил их к самостоятельному виду i ii синоним . Цикл жизни i почти полностью был расшифрован в лаборатории Зибольда v i в год. Здесь после экспериментального заражения собаки цистами, идентифицированными как . Таким образом, Зибольд показал, что из цист . В году Хаубнер экспериментально заражал домашнюю свинью яйцами . Целлером в годах, был отнесен ими к разновидности новообразований. В Вирхов впервые определил его паразитарную природу и отнес к разновидности гидатидных цист. Леккарт в году разделил мультилокулярные и унилокулярные вызываемые . Однако вопрос о видовой самостоятельности . На протяжении ста лет спорили сторонники унитарной и дуалистической теорий в вопросе зоологического взаимоотношения однокамерного и многокамерного эхинококков.