Выявление генов-онкосупрессоров путем сравнительного анализа областей межвидовой гомологии в районе q14/3 хромосомы 13 человека

• Автор: Макеева, Наталья Вячеславовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 106 с. : ил

1.1 Фундаментальные аспекты сравнительной геномики

1.1.1. Мсжгеномная консервативность регуляторных элементов

1.1.2. Использование методов сравнительной геномики для поиска новых генов человека и животных, а также их отдельных экзонов.
1.1.3. Сравнительный анализ ортологичных генов как инструмент исследования эволюции генома.

1.2. Медицинские аспекты сравнительной геномики.

1.3. Современное состояние исследований района

предпологаемого расположения гена супрессора опухолевого роста, повреждаемого при В

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Экспериментальные методики.

2.1.1. Скринирование клонотеки РАС.

2.1.2. Создание субклонотеки из отдельных фрагментов отобранных клонов РАС.

2.1.3. Рестрикционный анализ ДНК и
Саузерн блотгннг.
2.1.4. Приготовление радиоактивно меченых
ДНКзондов
2.1.5. Гибридизация панелей РЛСклонов
2.1.6. Нозернблоттинг
2.1.7. Радиоавтография
2.1.8. 1ТЦР анализ.
2.1.9. Выделение плазмидной ДНК, а также
ДНК РАСклонов из клеток Е. СоН.
2.1 Электрофорез фрагментов ДНК в
агарозном геле
2.1 Выделение фра ментов ДНК из агарозных гелей.
2.1 Клонирование фрагментов ДНК.
2.1. Трансформация клеток Е.СоН.
2.1 Определение нуклеотидных последовательностей
плазмид и ПЦРпродуктов.
2.2. Реагенты и оборудование.
2.2.1. Среды, условия хранения и
культивирования бактерий
2.2.2. Ферментные препараты.
2.2.3. Другие реактивы и расходные материалы
2.2.4. Фотоматериалы
2.3. Программы для компьютерного анализа.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Получение клонов, содержащих участки геномной ДНК мыши.
3.2. Субклонирование вставок в отобраных РАСклонах
и определение их нуклеотидной последовательности
3.3.Сравнительный геномный анализ нуклеотидных последовательностей, гомологичных участков ДНК
мыши и человека
3.4. Анализ паттернов экспрессии генов I.I1,
ОЬЕШ и ЮР2 у мыши и человека
ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛШЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ


ДНК РАСклонов из клеток Е. СоН. Выделение фра ментов ДНК из агарозных гелей. Клонирование фрагментов ДНК. Трансформация клеток Е. СоН. ПЦРпродуктов. Реагенты и оборудование. Ферментные препараты. Программы для компьютерного анализа. ГЛАВА 3. Получение клонов, содержащих участки геномной ДНК мыши. Анализ паттернов экспрессии генов I. ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ. ВЫВОДЫ. Программа Геном человека, один из самых грандиозных проектов современности как по поставленным задачам, так и по вложенным средствам, стимулировала развитие эффективных стратегий секвенирования целых геномов и разработку технического обеспечения подобных проектов. Если раньше секвснирование генома какоголибо организма представлялось дорогостоящей и долгосрочной задачей, то сейчас этот, в обшемто, рутинный процесс, является практически полностью автоматизированным и может быть выполнен относительно быстро. Технологии, разработанные в процессе осуществления проекта Геном Человека, открывают возможность для упрощения секвенирования геномов других высших животных. К настоящему времени полностью определена нуклеотидная последовательность геномов более 0 организмов, в число которых входят многие вирусы и бактерии, дрожжи vii А . Iiiiv, , двукрылое насекомое i . V . Продолжается работа по секвеиированию геномов шимпанзе, мыши, крысы, коровы, собаки, пшеницы и многих других организмов. Результаты проекта Геном Человека уже оказывают большое влияние на генетические исследования, как на фундаментальные, такие как генетика развития и нейрогенстика, так и на прикладные, в частности, генетику наследственных заболеваний человека. XXI веке и будет чрезвычайно полезна в медицине i Ii, . Значение образовавшеюся за несколько лет огромного массива нуклеотидных последовательностей для поиска новых генов и их дальнейшего функционального изучения трудно переоценить, в настоящее время пока темпы получения новых данных значительно превышают возможности их эффективной обработки. Существует два основных способа выявления генов и касающейся их информации по нуклеотидной последовательности геномов. Первый заключается в применении прорамм, позволяющих по имеющейся геномной последовательности предсказывать экзонинтронные границы, расположение кодирующих областей и регуляторных элементов. Такие программы используют информацию об аналогичных последовательностях, находящихся в составе уже изученных генов . Результаты анализа в этом случае, как правило, неоднозначны, и часто являются ложноположительными i, . Кроме того, пока не удается преодолеть ряд трудностей, связанных с созданием алгоритма для предсказания некоторых элементов генома, регулирующих экспрессию генов и определяющих особенности каждого хромосомного локуса , . Второй способ анализа протяженных нуклеотидных последовательностей стал возможен после создания общедоступной базы данных ii . Применяемые вместе, оба способа позволяют достичь довольно высокой разрешающей способности и выявить в составе заданной последовательности большинство генов. Тем не менее, недостаточная представленность низкоэкспрессирующихся генов в базе данных , часто обнаруживаемые факты отклонений функционирующих регуляторных последовательностей от консенсусных и возможность существования еще не описанных регуляторных элементов зребуют разработки дополнительных подходов для эффективного определения экзониитронной структуры генов и выявления регуляторных последовательностей в составе протяженных участков генома. Одним из таких подходов, ставшим в последнее время очень популярным а главное возможным, является сравнение геномных сиквенсов разных видов. Последовательности, имеющие важную биологическую функцию, как правило, консервативны, поэтому распознавание у эволюционнодалеких видов участков с высокой степенью гомологии равносильно прямому указанию на существование в их составе генов и других функциональнозначимых последовательностей в геноме. Справедливость этого утверждения была неоднократно доказана при сравнении гомологичных областей и i подробный обзор этих работ см.