Организация генов, кодирующих белки семейства SMC у обыкновенной полевки Microtus arvalis : Arvicolinae, Rodentia

• Автор: Павлова, Софья Викторовна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 113 с. : ил

СОДЕРЖАНИЕ
Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Введение

1.2. Организация интерфазного хроматина в ядре

1.3. Структура метафазных хромосом

1.4. Структурные белки семейства

1.5. Молекулярная структура белков семейства

1.6. Организация генов, кодирующих белки семейства

1.7. Сегрегация бактериальных хромосом. Особенности прокариотических

представителей семейства

1.8. Когезия сестринских хроматид
1.8.1. Сцепление сестринских хроматид происходит при участии комплекса
когезин, коровым компонентом которого являются белки
1.8.2. Биохимические свойства и архитектура комплекса когезин
1.8.3. Инициация сцепления сестринких хроматид
1.8.4. Распределение комплексов когезин на хромосомах
1.8.5. Разделение хроматид в митозе
1.8.6. , Когезия сестринских хроматид в мейозе
1.9. Белки участвуют в процессах рекомбинации
1 Участие белков в рекомбинационной репарации
двуцепочечных разрывов ДНК
1 Формирование митотических хромосом при участии гетеродимера
в составе комплекса конденсин
. Регуляция локализации конденсина в клеточном цикле
. Взаимодействие конденсина с хроматином
1.И.З. Гетсродимер дрожжей . способен ренатурировать
. Конденсин вводит положительные супервитки в замкнутую молекулу
ДНК i vi, используя энергию гидролиза АТФ
. Конденсинподобный комплекс у . отвечает за дозовую
, компенсацию генов
1 Модель инактивации X хромосомы у самок высших млекопитающих при участии содержащих комплексов
1 Перспективы изучения механизма инактивации Ххромосом на модели межвидовых гибридов обыкновенных полевок род i, группа vi
Заключение
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Объект исследования
2.2. Микробиологические методы работы
2.2.1. Приготовление компетентных клеток i
2.2.2. Трансформация
2.3. Скрининг геномных фаговых библиотек
2.4. Методы выделения ДНК
2.4.1. Выделение плазмидной ДНК
2.4.2. Выделения ДНК и печени полевок
2.4.3. Выделение ДНК фагов
2.5. Методы работы с рекомбинантной ДНК
2.5.1. Выделение фрагментов ДНК из геля
2.5.2. Получение направленных делений
2.6. Полимеразная цепная реакция
2.7. Саузерн блот гибридизация
2.8. Гибридизация i i
2.9. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
2 Контекстный анализ последовательности ДНК
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. Скрининг геномной библиотеки
3.2. Скрининг кДНК клонотеки полевки.vi
3.3. 1 Особенности структуры белка 4 обыкновенной полевки
3.4. Характеристика гена4 полевки .vi
3.5. Организация генов семейства белков 4 у мыши, крысы и
человека.
3.5.1. Ген белка семейства 4 человека .
3.5.2. Ген белка семейства 4 мыши
Ген белка семейства 4 крысы
Сравнение геномных нуклеотидных последовательностей гена 4 мыши, крысы, полевки и человека
Анализ кодирующих районов гена 4 у мыши, крысы, полевки, человека и шпорцевой лягушки
Анализ структуры интронов гена 4 у мыши, крысы, полевки, человека
Анализ 5 области гена белка 4 у полевки, человека, мыши и крысы
Гены белков локализуются в синтенных группах у человека, мыши и крысы
Выявление последовательностей ДНК генов белков 1,2,3 у обыкновенной полевки
Организация генов семейства в геномах человека, мыши и крысы.
Заключение
Список литературы
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ОцДНК одноцепочечная ДНК
ДцДНК двуцепочечная ДНК
п.н. пар нуклеотидов
УФ ультрафиолетовое излучение
ПЦР полимеразная цепная реакция
i
Есо i i
7 . ii ii
ii i
ii i
АРС i x
2 i

ix ii Xi
x i
X X i i
япон., безъядерный
i iiv , iii

iii С

i
I8
I1 i, Ii
x X
x i
X1 X iiv ii i транскрипт, специфический для неактивной хромосомы
i
АТФ аденозинтрифосфорная кислота
БСА бычий сывороточный альбумин
КДа килодальтон
ПААГ полиакриламидный гель
ПСА персульфат аммония
ТЕМЕД М,М,ЬГ,Мтетраметилендиамин
ТХУ трихлоруксусная кислота
ЭДТА этилендиаминтетраацетат
Ас Кас, ацетат
нуклеозидтрифосфат
дезоксинуклеозидтрифосфат
дидезокси нуклеозидтрифосфат
I i i iii флуоресцентная i i гибридизация
I изопропилртиогалактозид
меркаптоэтанол
солевой фосфатный буфер
додеци л сульфат натрия
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


Автор глубоко признателен своему научному руководителю Сурену Минпсовичу Закияну за оказанную помощь в подготовке диссертационной работы. Также выражает благодарность всему коллективу лаборатории биохимической генетики животных за поддержку в выполнении исследований, положенных в основу настоящей диссертации. Глава 1. Сегрегация бактериальных хромосом. И.З. Гетсродимер дрожжей . Конденсинподобный комплекс у . Глава 2. Глава 3. Скрининг кДНК клонотеки полевки. Характеристика гена4 полевки . Ген белка семейства 4 человека . Организация генов семейства в геномах человека, мыши и крысы. Структурные белки хроматина семейства i играют важную роль во многих процессах, связанных с метаболизмом ДНК в клетке. Это, консервативное у всех организмов семейство белков, содержит пять эукариотических групп и одну бактериальную. Представители семейства эукариот входят в состав биохимических комплексов, отвечающих за когезию сестринских хроматид, рекомбинацию, репарацию, регуляцию экспрессии генов , , , формирование митотических хромосом iv , i, . Анализ литературных данных показывает, что белки являются базовым компонентом ряда систем наследования, изменчивости и реализации генетического материала клеток. Ранее нами было высказано предположение, что белки могут участвовать в поддержании дозовой компенсации X хромосом у самок млекопитающих Павлова и др. Генетическая система этих белков, однако, слабо изучена. Выявление генов семейства в геноме обыкновенных полевок и анализ их функций является первоочередной задачей, стоящей на пути исследования участия белков в процессе дозовой компенсации Ххромосом у самок высших млекопитающих в целом, и изучения феномена неслучайной инактивации у обыкновенных полевок в частности i . Целью настоящей работы является изучение последовательностей ДНК генома обыкновенной полевки i vi, кодирующих белки семейства . Выявить и установить последовательность мРНК гъна 4 группы. Выявить и проанализировать методом ПЦР последовательности ДНК, кодирующие белки 1, 2, 3 в геноме полевки. В нашей работе мы впервые выявили гены структурных белков в геноме обыкновенной полевки . Выявили последовательности 3 районов генов , 2 3 обыкновенной полевки и показали высокую степень их гомологии с известными последовательностями белков . Проведен сравнительный анализ генов белков семейства 4 грызунов . X vi и выявлены основные принципы организации и регуляции исследуемых генов. Последовательности ДНК генов зарегистрированны в базе данных . Наши данные подтвердили высокую степень гомологии последовательностей белков у разных групп организмов. Они являются несомненным вкладом в изучение генетики семейства структурных белков . По материалам диссертации опубликованы две работы. Результаты работы были доложены на двух международных конференциях. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы.