Молекулярная эволюция и систематика мышей Sylvaemus uralensis Pallas, 1811 и Apodemus agrarius Pallas, 1771 : Rodentia, Muridae

• Автор: Атопкин, Дмитрий Матвеевич
• Шифр специальности: 03.00.08, 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2007
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 258 с., ил.

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Видовое разнообразие, распространение и таксономическая классификация лесных и полевых мышей на основе классических зоологических и генетикобиохимических данных.

1.2. Молекулярная филогенетика и систематика лесных и полевых мышей

1.3. Внутривидовая изменчивость лесных и полевых мышей по данным молекулярных маркеров ядерной и митохондриальной ДНК.

1.4. Краткая характеристика основных молекулярногенетических методов исследования.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Сведения об использованном материале

2.2. Выделение ДНК.

2.3. БАРОанализ ядерного генома.

2.3.1. Условия проведения ПЦР и первичая обработка данных

2.3.2. Расчет коэффициентов генетического разнообразия.
2.3.3. Реконструкции филогенетических связей.
2.4.2. Описание внутри и межвидового разнообразия по данным секвенирования гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Молекулярная филогенетика и систематика восточных популяций малой лесной мыши 5ууаети ига1епз
3.1.1. Генетическая изменчивость и дифференциация малой лесной мыши по данным анализа мультилокусных БАРБ маркеров
3.1.2. Филогенетические связи видов и внутривидовых форм мышей рода Зуаетиз по данным частичного секвенирования гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК.
3.1.3. Генетическое разнообразие, систематика и филогеография малой лесной мыши по данным частичного и полного секвенирования гена
цитохрома Ь митохондриальной ДНК.
3.2. Молекулярная филогенетика и систематика полевой мыши Арос1ети8 i из дальневосточнокитайского и европейскосибирскоказахстанского изолятов
3.2.1. Генетическая изменчивость и дифференциация полевой мыши
по данным анализа мультилокусных КАРЭмаркеров.
3.2.2. Филогенетические связи видов и внутривидовых форм мышей рода Аро1ети8 по данным частичного секвенирования гена цитохрома Ь митохондриальной ДНК.
3.2.3. Генетическое разнообразие, систематика и филогеография полевой мыши по данным частичного и полного секвенирования последовательностей гена цитохрома Ъ митохондриальной ДНК
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Первый домен, начиная с 3 конца ДНК, называется доменом x ii i i, за ним следует консервативный центральный домен i и, наконец, блок консервативных последовательностей, или домен v i . Такая неравномерная эволюция делает контрольный регион мтДНК пригодным как для популяционногенетического анализа видов домены и , так и для межвидовых и межродовых филогенетических исследований домен , ivi, . Самые общие работы по секвенированию этих участков относятся к началу х годов. В них изучалась динамика эволюции митохондриальной ДНК как животных вообще . Ii . Челомина и др. Матриархальные связи мышей рода реконструировались по данным частичного секвенирования гена цитохрома мтДНК методом с учетом всех типов замен. Было выделено три группы мышей южноазиатская . А. , восточноазиатская . Последняя признана наиболее молодой дивергенция составила 8. Эволюционный возраст самой молодой пары видов . Следующая работа японских авторов основывалась на данных полного секвенирования двух молекулярных маркеров гена цитохрома мтДНК и гена I яДНК i . Было выявлено четыре филогенетических линии мышей i . По сравнению с предыдущими данными, . В группе v система межвидовых взаимоотношений изменялась в зависимости от используемого маркера. Так, альпийская мышь . ДНК, а по данным яДНК . Из результатов следовало, что выделенные четыре линии дивергировали за короткий эволюционный период, и при этом имела место широкая видовая радиация в Азии. Группы i и v дифференцировались на виды позже, причем в разные временные периоды. Группа видов v была признана самой молодой, так как дивергенция гаплотипов видов этой группы по данным секвенирования гена цитохрома Ь оказалась достаточно низкой. Ьоо1Цар0, а время дивергенции на виды оценено в млн. Кроме этого подчеркивалось, что эволюция рода Арос1етиз тесно связана с геологическими и флористическими изменениями, происходивший в конце третичного периода. Расселение видов группы ЗуЬаетиз, в частности, проходило в Плиоцене и следовало за смещением широколиственных лесов. В выявлении межвидовой дифференциации лесных и полевых мышей также эффективными оказались микросателлитные маркеры. Так, например, с их помощью было исследовано 3 вида ЗуЬаетиз 5. Б, 5. IаумоШй и А. В качестве филогенетических маркеров были использованы фланкирующие участки САпповторов. В качестве независимого теста для проверки полученных результатов использовалась последовательность гена цитохрома Ь Макоуа а1. Результаты указывали на высокий уровень аллельной изменчивости микросателлитов у исследованных видов. Природа такой изменчивости объяснялась тремя молекулярными механизмами 1вставки и делеции внутри САпповторов 2замены, вставки и делеции во фланкирующих участках этих повторов и 3мугации, прерывающие САпповторы. Фланкирующие участки САПповторов оказались пригодными для реконструкции филогенетических связей лесных мышей по нескольким причинам. Вопервых, большинство обнаруженных в них мутаций оказались видоспецифичными. Во вторых, филогенетические реконструкции, построенные как на основе фланкирующих областей повторов, так и последовательностей гена цитохрома Ь предполагали деление исследованных видов на две группы Арос1етиз и 5ууделм. По обоим маркерам отмечалось отсутствие внутривидовой дифференциации, однако в оценке родства видов Зуудетдо были некоторые несоответствия. Так, 5. Ь к 5. Шз. В году группой европейских исследователей были получены данные о филогенетических связях видов грызунов, включая лесных и полевых мышей, с использованием последовательностей генов I яДНК, цитохрома и РНК мтДНК ix . Сообщалось о том, что род проявлял разную стапень родства по отношению к родам и при использовнии ядерных и митохондриальных генов. Так, по данным генов цитохрома и РНК мтДНК является сестринской группой по отношению к , а по ядерному гену I сестринскими группами являются и . Филогенетические связи внутри рода были описаны следующим образом. Род был разделен на три группы А. Челомина и др. Среди лесных мышей v сестринскими видами оказались . Таким образом, внутри рода v можно было выделить три видовые группировки 1. Примечательно, что . Однако проблема конспецифичности этого вида с . Время дивергенции видов v было оценено в млн.