Обнаружение и дифференциация энтеровирусов человека на основе анализа 5'-НТР генома

• Автор: Голицына, Людмила Николаевна
• Шифр специальности: 03.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Нижний Новгород
• Количество страниц: 145 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ.
ВВЕДЕНИЕ

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Характеристика энтеровирусов

2. Энтеровирусы в патологии человека

3. Методы лабораторной диагностики энтеровирусных инфекций.

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2. 1. Нуклеотидные последовательности геномных РНК

пикорнавирусов

2. 2. Штаммы вирусов

2. 3. Исследуемый материал

2. 4. Приготовление воды, свободной от РПКаз
2. 5. Экстракция РНК энтеровирусов
2. 6. Олигонуклеотидные праймеры
2.1. Постановка реакции обратной транскрипции.
2. 8. Постановка полимеразной цепной реакции ПЦР
2. 9. Электрофорез ДНК
2. . Анализ кДНК энтеровирусов методом ПДРФ.
2 Постановка СР.
2. . Статистический анализ результатов
III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.
3. 1. Унификация метода ОТП1Д3 для выявления
и дифференциации энтеровирусов человека.
3. 1. 1. Сравнительный анализ 5НТР генома энтеровирусов.
3. 1.2. Оценка специфичности разработанных вариантов
3. 1.3. Оценка метода солевой очистки биопроб
3. 2. ПЦРПДРФ анализ 5НТР генома энтеровирусов человека.
3. 2. 1. Разработка схемы ПДРФ дифференциации
энтеровирусов
3. 2. 2. Типирование изолятов энтеровирусов методом ПДРФ
3. 3. БЗСРанализ кДНК 5НТР генома энтеровирусов
3. 4. Характеристика особенностей циркуляции нейротропных энтеровирусов среди населения Нижнего Новгорода
в гг
3. 4. 1. Обнаружение энтеровирусов у больных с
нейроинфекцией.
3. 4. 2. Характеристика энтеровирусных серозных менингитов
в Нижнем Новгороде.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Так исторически сложилось деление энтеровирусов человека на подгруппы на основе их биологических свойств патогенности для человека и лабораторных животных. При дальнейших исследованиях стало очевидно, что биологические свойства разных штаммов энтеровирусов внутри подгрупп не являются абсолютными. В связи с этим, во избежание путаницы, с конца х гг новые серотипы энтеровирусов стали обозначать не по подгруппам, а присваивать им следующий порядковый номер. С развитием электронной микроскопии, и совершенствованием методов вирусологических исследований выяснилось, что некоторые вирусы, отнесенные к энтеровирусам на основании биологических свойств, являются представителями других родов и семейств 7, , 6. На сегодняшний день к энтеровирусам человека относят полиовирусы типов 13, вирусы Коксаки А 1, , вирусы Коксаки В 16, вирусы 17, 9, , , , энтеровирусы человека 2. Недавно был охарактеризован энтеровирус 6. ни секвенированием области генома, кодирующей V1. Коксаки А 9. Вирус гепатита А, классифицировавшийся некоторое время как энтеровирус , выделен в самостоятельный род vi 6, 2. Вирусы и , относившиеся ранее к энтеровирусам человека, на основании структурнофункциональных особенностей генома, выделены в самостоятельный род vi и названы параэховирус 1 и 2, соответственно , 6, 3,2. Энтеровирусы человека и энтеровирусы животных составляют род vi, семейства ivii, которое включает также роды ivi, vi, vi, ivi, vi, vi, vi, vi 9. На основании различий в свойствах 5НТР генома расположения консервативных участков и вторичной структуры пикорнавирусы могут быть классифицированы на 3 группы. I энтеро и риновирусов имеют некоторые общие свойства, отличающие их от I кардио и афтовирусов. Первое отличие заключается в разном местоположении кодона , инициирующего трансляцию, относительно I. Второе отличие связано со свойствами, которые проявляют I разных вирусов во время инициации трансляции i vi. I кардио и афтовирусов эффективно функционируют в системе ретикулоцитов кролика, в то время как I энтеро и риновирусов не активны в этой системе, но инициируют трансляцию в присутствии экстрактов клеток или . ЯЕБ разных гшкорнавирусов , , 6, 6. В результате филогенетического анализа, основанного на сравнении первичной структуры капсидного белка УР2 и соответствующего участка генома, энтеровирусы были разделены на 7 генетических кластеров А, В, С, П, Е, И, О Табл. Энтеровирусы человека формируют 4 геногруппы А, В, С, О. Группа А включает энтеровирусы, подобные вирусу Коксаки А вирусы Коксаки А 28, , , , и энтеровирус группа В вирусы, родственные вирусам Коксаки В вирусы Коксаки А 9, В 16, все ЕСНО группа С вирусы, подобные полиовирусам полиовируеы 13, вирусы Коксаки А 1, , , , , , , , , , группа О энтеровирусы и 4. Вирусы везикулярной болезни свиней имеют близкое генетическое родство вирусам Коксаки В и входят в состав кластера В. Г энтеровирусом свиней типа 8, в энтеровирусами свиней типов 9 и 6, 3, 3. Сравнение аминокислотных последовательностей УР1 и последовательностей участка генома, кодирующего этот капсидный белок, выявляет те же генетические кластеры. Однако, в отличие от анализа области УР2, разные штаммы одного и того же серотипа всегда являются монофилетичными и имеют явные отличия от штаммов гетерологичных серотипов 6, 3. Путем сравнения последовательности аминокислот и нуклеотидов области УР1 показано, что некоторые энтеровирусы, традиционно относящиеся к разным серотипам например, Коксаки А и А , или Коксаки А и А могут считаться разными штаммами одного и того же серотипа 3. Результаты сравнения нуклеотидных последовательностей 5 НТР генома энтеровирусов отличались от анализа белковых областей. При таком анализе энтеровирусы человека образуют только 2 геногруппы. В первую I входят вирусы кластеров А и В, во вторую вирусы кластеров С и О.