Филогенетические связи представителей класса Zygnematophyceae (Streptophyta)

• Автор: Гончаров, Андрей Анатольевич
• Шифр специальности: 03.00.05, 03.00.15
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2005
• Место защиты: Владивосток
• Количество страниц: 216 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Введение
Глава 1. Положение конъюгирующих водорослей в системе растительных организмов и их филогенетические связи.

1.1. Принципы классификации и возможные пути эволюции

1.2. Таксономический состав класса

Глава 2. Объекты и методы исследования.

2.1. Источники культур водорослей

2.2. Выделение, амплифицирование и ссквенирование ДНК

2.3. Выравнивание последовательностей и построение филогенетических деревьев

2.4. Совместный анализ генов.

2.5. Создание и проверка альтернативных топологий

2.6. Поиск молекулярных синапоморфий.
Глава 3. Результаты филогенетических анализов нуклеотидных последовательностей.
3.1. Наличие интрона I группы в кодирующем регионе рДНК конъюгат.
3.2. Анализ рДНК 3 таксонов и .
3.3. Анализ рДНК вида .
3.4. Анализ филогенетических взаимоотношений в сем. ii
3.5. Положение рода ii среди стрептофитных водорослей
3.5.1. Сравнение кодирующих регионов рДНК
3.5.2. Анализ последовательностей
Глава 4. Сравнение результатов индивидуальных и комбинированных анализов
последовательностей рДНК и в классе
4.1. Выбор анализированных видов
4.2. рДНК филогения.
4.3. филогения
4.4. Особенности индивидуальных наборов данных и их анализов
4.4. Комбинированный анализ генов рДНК6сЬ
4.5. Комбинированный анализ и проблема длинных ветвей.
4.6. Тестирование альтернативных топологий
4.7. Бейесова филогения.
4.8. Анализ молекулярных синапоморфий.
4.8.1. Синапоморфные признаки в рРНК представителей.
4.8.2. Синапоморфии в гене
Глава 5. Филогенетическая структура класса .
5.1. Монофилии класса в связи с положением рода ii
5.2.Порядок .
5.2.1. Роды i и а
5.3. Порядок ii8
5.3.1. Семейство
5.3.2. Семейство i.
5.3.3. Семейство i.
5.3.4. Семейство ii
5.3.5. Филогенетический статус некоторых родов десмидиевых.7 Глава 6. Концепции родов , и i
6.1. Выбор анализированных видов.
6.2. Первичная и вторичная структуры интрона I группы
6.3. Первичная и вторичная структуры I1
6.4. Первичная и вторичная структуры I2
6.5. Филогенетический анализ последовательностей рДНК
6.6. Анализ некодирующих участков рибосомального оперона.
6.7. Комбинированный анализ кодирующих и нскодирующих последо
вательностей рДНК.
6.8. Филогенетическая структура рода .
6.9. Полифилия родов и i
6 Утилитарность некодирующих участков оперона рДНК для целей
филогении в сем. ОеБгшсНасеас.
Заключение.
Выводы.
Список литературы


Вероятно, это стало причиной того, что i помешал конъюгат принимаемых им как порядок в качестве наиболее примитивной группы в классе рис. На основании данных о симплезиоморфиях общих примитивных признаках стрептофитных водорослей была предпринята попытка реконструировать признаки, характеризующие гипотетического предка стрептофитов. I vi. Рис. Схема филогенетических связей зеленых растений, основанная на данных ультраструктрных исследований i, , . Некоторые представители довольно обширной и гетерогенной группы празинофитных водорослей обладают некоторыми из этих характеристик, но, в целом, слабая их изученность не позволяла достоверно определить вероятного предка. Было известно, что ультраструктура жгутикового аппарата i предполагает принадлежность этой водоросли к i, , . рДНК подтвердил, что она является базовой ветвью отдела i, i, . Следует отметить, что молекулярные данные противоречиво определяют родство и положение i на филогенетическом дереве. Одни рДНК, , i . , i, i, помещают эту водоросль в основание клады , тогда как другие рнбосомальные и протеин кодирующие гены митохондриона и пластид x . . Данные о пигментном составе этой водоросли ii . Несмотря на все эти разногласия, большинство исследователей принимает i как пятую наиболее примитивную группу в составе и рассматривает в качестве начального звена эволюционной цепи, приведшей к выходу зеленых растений на сушу. Кладистический анализ морфологических и ультраструктурных признаков показал, что класс не является монофилетическим образованием, а слагается несколькими независимыми кладами, занимающими базовое положение по отношению к наземным растениям i, i, . Поэтому было предложено считать эти клады в качестве самостоятельных классов в составе одела . i, . В работе мы следуем данной концепции. Привлечение для анализа эволюционных связей организмов методов молекулярной филогенетики подтвердило верность включения конъюгат в состав стрептофитных водорослей и обоснованность разграничения последних с и парафилстичность класса , i, . i . , ii, , , . . Со времени установления родства зеленых стрептофитных водорослей и наземных растений вопрос о происхождении последних, точнее, о том, какая из ныне существующих групп водорослей является сестринской для них, приобрел особую остроту. Хотя и выдвигались гипотезы о том, что различные группы наземных растений могут происходить от разных водорослевых предков i, , наличие большого числа синапоморфий у эмбриофитов с высокой долей вероятности отрицает их полифилию . Вероятнее всего, наземные растения произошли от одной из групп стрептофитных водорослей, обитающих, как правило, в пресных водоемах, а их жизненный цикл возник путем задержки мейоза у форм, не имевших смены генераций , . В пользу этой теории свидетельствует почти исключительно пресноводное обитание современных стрептофитных водорослей и зиготический жизненный цикл у групп, имеющих половое размножение , сеае и . Наиболее серьезными претендентами на роль предка наземных растений считались и считаются представители и , характеризующиеся некоторыми особенностями полового процесса, сближающими их с эмбриофитами. Следует отметить, что морфологические и биохимические данные помещают . . . i, i, i, , результаты молекулярнофилогенетических исследований указывают на большую близость к последним . , i, , , ix .