Исследование взаимодействия молекулы ДНК с двуядерными координационными соединениями платины в растворе

• Автор: Айа Энрикес Эрвин Фернандо
• Шифр специальности: 02.00.06
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2002
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 171 с. : ил

Содержание
Введение.

Глава 1 Взаимодействие молекулы ДНК с координационными соединениями платины

1.1 Структура молекулы ДНК.

1.2 Взаимодействие молекулы ДНК с соединениями

платины

1.2.1. Некоторые понятия химии комплексных

соединений

1.2.2. Координационные соединения платины

и их биологическая активность.

1.2.3. Модели взаимодействие цисДДП

с молекулой ДНК.
1.2.4 Конформация молекулы ДНК при ее взаимодействии
с цисДДП.
Глава 2 Методы исследования и материалы
2.1. Пизкоградиентная вискозиметрия.
2.2 Динамическое двойное лучепреломление
2.3 Метод кругового дихроизма и его применение к исследованию конформации ДНК.
2.4 Материалы.
Глава 3 Исследование взаимодействия молекулы ДНК с
координационными соединениями двух и четырехвалентной
платины
3.1 Взаимодействие транс ДДП с протонированной ДНК
3.2 Исследование взаимодействия молекулы ДИК с двуядерными соединениями платины, содержащими
пиразин и пролиндиамин
3.3 Комплексообразование ДНК с соединениями двухвалентной платины, содержащими бензимидазол
3.4 Комплексы ДНК с моно и биядерными соединениями двух и четырехвалентной платины, содержащими
теофилин
Выводы.
Список литературы


Вформа ДНК ВДНК обнаружена в волокнах, содержащих ионы , при высокой относительной влажности. Это дает основание полагать, что она соответствует форме, реализуемой в обычных водных растворах. Аформа ДНК А ДНК наблюдается в волокнах в присутствии ионов Ыа при относительной влажности меньше . А и Вформы переходят одна в другую ВА переход при изменении относительной влажности. Могут ли природные ДНК находиться в Аформс неизвестно, но для гибридов ДНК РНК реализуется именно А, а не в Вформа даже в водных буферных растворах 3. Различие в конформациях сахарных остатков приводит к неодинаковым геометрическим характеристикам двойных спиралей
разному смешению пар относительно оси спирали, вариации угла наклона пар, размеров минорного и главного желобков и др. Различные формы ДНК имеют некоторые общие особенности. Все они кроме 7формы, образующейся только для чередующихся пурин пиримидиновых последовательностей являются правыми спиралями, все имеют оси симметрии 2ого порядка, которые представляют собой истинные оси симметрии для сахарофосфатного остова и оси псевдосимметрии для самих пар. Эти оси являются осями вращения, то есть сахарофосфатные остовы должны быть ориентированы в противоположных направлениях. Антипараллельность цепей одна из важнейших особенностей двойных спиралей. При этом концы двойной спирали химически и структурно идентичны, каждый содержит по одному 3 и 5концу одиночных цепей. Нше одной особенностью всех двойных спиралей является стэкинг межплоскостное взаимодействие оснований. Во всех формах двойной спирали расстояние между плоскостями соседних пар остается приблизительно одинаковым, около 3,4 А. Это соответствует Вандерваальсовым радиусам плоских гетероциклических соединений. В олиго и поли нуклеотидных двойных спиралях угол пропеллера пар положителен, т. Теоретические расчеты 4 показывают, что наличие пропеллера облегчает стэкингвзаимодействие оснований вдоль оси двойной спирали. Однако, как показал Калладин 5, это может привести также к столкновению соседних пуринов в противоположных полинуклеотидных цепях рис. Взаимное положение спаренных оснований. ДНК. Рис. Некоторые конформационные параметры вторичной структуры ДНК. Под столкновением в данном случае подразумевается возникновение стерически недопустимых контактов между атомами гуанина и Ы6 аденина в главном желобке, если речь идет о последовательности пурин 3, 5пиримидин, и между атомами 3, И2 гуанина и 3 аденина в минорном желобке для последовательности пиримидин3, 5пурин. При этом контакты в минорном желобке почти вдвое более невыгодны, чем контакты в главном желобке. Стерически невыгодные контакты возникают, главным образом, в смешанных пуринпиримидиновых последовательностях, тогда как в гомопуоиновых или гомопиоимидиновых
последовательностях они практически отсутствуют . Заметим, что в случае ЛДНК рис. ВДНК рис. Следовательно, стерически недопустимые контакты между соседними пуринами противоположных цепей будут возникать только в минорном желобке для последовательностей пиримидинЗ1, 5пурин, а в области главного желобка таких контактов не будет. Конформация АДНК близка к конформации ЛРНК 7. И в том, и в другом случае на виток спирали приходится И пар оснований. Однако расстояние между нуклеотидами вдоль оси спирали АДПК меньше 2, Л, чем у АРПК 2, А. Пары оснований наклонены на относительно перпендикуляра к оси спирали и смещены относительно оси на 4,7А, так что ось попадает в главный желобок. Это приводит к появлению полости в центре структуры кроме того, главный желобок становится глубоким, а минорный мелким. Самое удивительное, что сахар у ЛДНК находится в С3эидо, а не в С2эндоконформации, как в случае всех других модификаций ДНК. Отличается также ориентация сахара и основания относительно гликозидной связи С. Рис. Невыгодные контакты, возникающие при изменении угла между комплементарными основаниями 5,6. Рентгеноструктурный анализ кристаллов трех олигонуклеотидных дуплексов сКСССЮ, сООСССОСС и сООТАТАСС 8 после кристаллизации олигомеров в присутствии спирта, т.