Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций

• Автор: Шипицина, Елена Васильевна
• Шифр специальности: 14.03.10
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 248 с. : 6 ил.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1Л. Эпидемиология урогенитальных инфекций
1.2. Патогенез и клинические проявления урогенитальных инфекций
1.2.1. Гонококковая инфекция
1.2.2. Урогенитальная хламидийная инфекция
1.2.3. Трихомониаз
1.2.4. Инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium
1.2.5. Папилломавирусная инфекция
1.3. Лабораторная диагностика урогенитальных инфекций
1.3.1. Гонококковая инфекция
1.3.1.1. Микроскопический метод
1.3.1.2. Культуральный метод
1.3.1.3. Иммунологические методы
1.3.1.4. Методы амплификации нуклеиновых кислот
1.3.2. Урогенитальная хламидийная инфекция
1.3.2.1. Культуральный метод
1.3.2.2. Иммунологические методы
1.3.2.3. Методы амплификации нуклеиновых кислот
1.3.3. Трихомониаз
1.3.3.1. Микроскопический метод
1.3.3.2. Культуральный метод
1.3.3.3. Иммунологические методы
1.3.3.4. Методы амплификации нуклеиновых кислот
1.3.4. Инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium
1.3.4.1. Культуральный метод
1.3.4.2. Иммунологические методы
1.3.4.3. Методы амплификации нуклеиновых кислот
1.3.5. Папилломавирусная инфекция
1.3.5.1. Тестирование на ВПЧ в скрининге рака шейки матки
1.3.5.2. Тесты для выявления нуклеиновых кислот ВПЧ
1.5. Актуальные проблемы диагностики урогенитальных инфекций
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Общая схема работы
2.2. Оценка тестов, основанных на амплификации нуклеиновых кислот, для диагностики инфекций, передаваемых половым путем
2.2.1. Пациенты и клинические образцы
2.2.2. Оцениваемые тесты
2.2.3. Взятие, транспортировка и хранение клинических образцов
2.2.4. Выделение нуклеиновых кислот

2.2.6. NASBA
2.2.7. Референтное тестирование
2.2.7.1. Референтное тестирование на Neisseria gonorrhoeae
2.2.7.2. Референтное тестирование на Chlamydia trachomatis
2.2.7.3. Референтное тестирование на Trichomonas vaginalis
2.2.7.4. Референтное тестирование на Mycoplasma genitalium
2.2.8. Референтная панель микоплазм
2.2.9. Определение пределов детекции ПЦР-тестов
2.2.10. Анализ результатов
2.3. Оценка распространенности нового (Шведского) варианта Chlamydia trachomatis в Санкт-Петербурге и оценка способности ПЦР тестов для диагностики хламидийной инфекции его выявлять
2.3.1. Пациенты и клинические образцы
2.3.2. Лабораторный штамм Sweden2
2.3.3. Тестирование клинических проб на новый (Шведский) вариант Chlamydia trachomatis
2.3.4. Генотипирование Chlamydia trachomatis
2.3.5. Оцениваемые ПЦР тесты
2.4. Оценка теста для выявления клинически значимого количества
ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска
2.4.1. Пациенты и клинические образцы
2.4.2. Цитологические и гистологические исследования
2.4.3. Оцениваемый тест
2.4.4. Референтный тест НС2
2.4.5. Секвенирование ДНК для определения генотипа ВПЧ
2.4.6. Анализ результатов
2.4. Сравнение методов диагностики гонококковой инфекции
2.4.1. Пациенты и клинические образцы
2.4.2. Микроскопическое исследование
2.4.3. Культуральное исследование

2.4.5. NASBA
2.4.6. Секвенирование ДНК для видовой идентификации Neisseria gonorrhoeae
2.4.7. Анализ результатов
ГЛАВА 3. ОЦЕНКА ТЕСТОВ, ОСНОВАННЫХ НА АМПЛИФИКАЦИИ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ, ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ИНФЕКЦИЙ, ПЕРЕДАВАЕМЫХ ПОЛОВЫМ ПУТЕМ
3.1.Тесты для выявления Neisseria gonorrhoeae
3.2. Тесты для выявления Chlamydia trachomatis
3.3. Тесты для выявления Trichomonas vaginalis
3.4. Тесты для выявления Mycoplasma genitalium
ГЛАВА 4. ОЦЕНКА РАСПРОСТРАНЕННОСТИ НОВОГО (ШВЕДСКОГО) ВАРИАНТА CHLAMYDIA TRACHOMATIS В САНКТ-ПЕТЕРБУРГЕ
И ОЦЕНКА СПОСОБНОСТИ ПЦР ТЕСТОВ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ХЛАМИДИЙНОЙ ИНФЕКЦИИ ЕГО ВЫЯВЛЯТЬ

genitalium, только частично может быть отнесено на счет микоплазменных токсинов и повреждающих метаболитов, таких как перекись водорода и супероксиды, которые, как известно, секретируются М. genitalium [340]. Полагают, что при инфекции, вызываемой М. pneumoniae, ткани повреждаются в ходе иммунного ответа хозяина [162], и, предположительно, то же самое происходит в случае с М. genitalium.
Микоплазмы взаимодействуют со многими компонентами иммунной системы, индуцируя активацию макрофагов и продукцию цитокинов. Некоторые компоненты микоплазменной клетки могут действовать как суперантигены, и в литературе описано несколько случаев аутоиммунных реакций [332]. Открытие микоплазменных адгезинов, ответственных за прикрепление к клеткам хозяина, значительно способствовало пониманию механизмов патогенеза. В последние годы интенсивно изучаются механизмы ухода различных видов микоплазм от иммунного ответа хозяина, обусловленные антигенными вариациями поверхностных компонентов. Показано, что микоплазмы способны проникать в клетки хозяина и вызывать слияние клеток, апоптоз, и даже онкогенные эффекты [332].
Дискуссии о преимущественной локализации микоплазм - на поверхности клеток или внутриклеточно - ведутся до сих пор. В работе Dallo S.F. с соавт. [110] была продемонстрирована способность М. genitalium и М. pneumoniae длительно (до 6 месяцев) персистировать внутри клеток Нер-2 в присутствии высокой концентрации гентамицина. Так как оба этих вида чувствительны к гентамицину, и так как гентамицин не способен проникать через мембрану клеток Нер-2, выжить могут только те микоплазмы, которые персистируют внутри клеток. Получение убедительных доказательств внутриклеточной персистенции микоплазм могло бы в какой-то мере объяснить трудности их эрадикации антибиотиками. Как в клеточных культурах, так и in vivo, микоплазмы достаточно часто выделяются после воздействия на них антибиотиками, к которым данный штамм чувствителен in vitro [87].