Сравнительный анализ органоспецифичных профилей генной экспрессии у свиней

• Автор: Хлопова, Наталия Сергеевна
• Шифр специальности: 06.02.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 158 с. : ил.

Содержание

Введение

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Современное состояние изученности генома свиньи

1.2 Методы молекулярного анализа экспрессии генов, обоснование необходимости внедрения технологии ДИК-чипов в практику широкомасштабного транскриптомного анализа
1.3 Перспективы использования ДНК микроматриц в фундаментальных и прикладных исследованиях
1.3.1 Поиск различий в профилях генной экспрессии мышечной и жировой ткани в разные периоды онтогенеза у разных пород свиней
1.3.2 Исследование динамики тканеспецифичных ПГЭ при применении различных рационов кормления и кормовых добавок, влияющих на проявление качественных и количественных характеристик мясосальной продуктивности свиней разных пород
1.3.3 Применение ДНК матричных технологий для глубокого и детального изучения молекулярных основ системы репродукции свиней
1.3.4 Широкомасштабный анализ изменений ПГЭ в ответ на патологические состояния, возникающие в организме в ответ на повреждающее действие болезнетворных агентов, с целью диагностики и контроля развития заболеваний животных на молекулярном уровне
1.3.5 Создание баз данных о межорганных особенностях ПГЭ

у животных, состояние здоровья которых находится в пределах клинической нормы
1.3.6 Разработка тест систем для эндокринного контроля развития хозяйственно-полезных признаков у свиней
1.3.7 Другие направления использования ДНК матриц
1.3.8 Интеграция анализа ПГЭ с БКР анализом
1.4 Геномное сканирование методом БЫР анализа
1.5 Поиск полиморфизмов в генах-кандидатах контроля липидного метаболизма и миогенеза у свиней
Глава II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Объект исследования
2.2 Материал исследований
2.2.1 Дизайн и печать микроматриц для анализа ПГЭ
2.2.2 Сбор образцов и процедура выделения нуклеиновых кислот (РНК, ДНК)
2.2.3 Получение первичных экспериментальных данных ПГЭ
2.2.4 Получение первичных данных по БИР в промоторах генов-кандидатов липидного обмена и маркеров развития мышечной ткани
2.3 Методы исследований
2.3.1 Анализ первичных данных ПГЭ
2.3.2 Анализ первичных данных генотипирования
Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
3.1 Источники ошибок при анализе профилей генной экспрессии
в печени, почках, сердце и тимусе свиней
3.2 Органоспецифические особенности профилей генной экспрессии в печени и почках свиней
3.3 Анализ воспроизводимости результатов оценок ПГЭ печени

свиней
3.4 Возможные молекулярные механизмы влияния мононуклеотидных замен в промоторах генов Lep, Scd, Myf-6,
Myod и Opn на прочность связывания с факторами регуляции транскрипции
3.5 Анализ ассоциаций SNP в промоторной области генов-
кандидатов контроля липидного обмена и миогенеза с хозяйственно-полезными признаками
3.6 Анализ влияния мононуклеотидных полиморфизмов в
промоторных областях ключевых генов-кандидатов метаболизма липидов и миогенеза на сальные характеристики свиней
3.6.1 Статистический анализ ассоциаций генотипов по SNP с показателем толщины шпика у животных, попадающие в экстремальные 5%-ные интервалы распределения значений этого признака
3.6.2 Статистический анализ ассоциаций генотипов по SNP с хозяйственно-полезными характеристиками у всей выборки животных двух- и трехпородных помесей
3.6.3 Статистический анализ ассоциаций межгенных взаимодействий на проявление хозяйственно-полезных признаков
Обсуждение результатов исследований
Выводы
Предложения производству
Литература

точных методов прогноза количества и качества конечной продукции, устойчивости к условиям содержания и к инфекционным агентам, контролю наличия наследственных заболеваний и инфицированности патогенами. И если ранее для выполнения вышеперечисленных задач по контролю и ускорению селекционного процесса использовали ограниченное количество молекулярно-генетических маркеров полиморфизма, кодирующих в основном последовательности структурных генов, то с изобретением ДНК матриц ситуация существенно изменилась. И на сегодняшний день научное сообщество располагает большим количеством самых разнообразных ДНК-маркеров, различающихся по своим свойствам и информативности.
Сегодня уже появляются работы, где обсуждается эффективность прямого включения данных по структурной геномике, геномному сканированию по SNP в селекционные программы для отбора молодых производителей без их оценки по потомству для сокращения среднего интервала между поколениями только по генотипированию критических для QTL SNP [171]. Причины сомнений - цена вопроса и факторы, влияющие на «главность» генов количественных признаков: породная принадлежность и факторы окружающей среды [2, 56].
На сегодняшний день существует много различных методов анализа однонуклеотидных полиморфизмов в генах кандидатах контроля хозяйственно-полезных признаков, но до сих пор не предложен метод, удовлетворяющий всем требованиям. Серьезное внимание при этом уделяется подходам, которые потенциально могут быть переведены в более производительный и дешевый биочиповый формат, примером которого могут служить ДНК-микропанели (microarrays) предлагаемые различными коммерческими фирмами: Affimetrix, Illumina, Kbioscience, Институт
Молекулярной Биологии им. В.А.Энгельгардта Российской Академии Наук и многие другие. Благодаря таким разработкам стало возможным перейти к сравнению генотипов не по штучным генам или локусам, а одновременно по