Участие альфа-актинина 4 в регуляции экспрессии генов и контроле сплайсинга мРНК

• Автор: Аксенова, Василиса Юрьевна
• Шифр специальности: 03.03.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 114 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ

1.1 Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

1.2 Цели и задачи работы

1.3 Научная новизна

1.4 Теоретическая и практическая значимость работы

1.5 Методы исследования

1.6 Основные положения, выносимые на защиту

1.7 Апробация работы

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 Актиновый цитоскелет
2.1.1 Основные компоненты актинового цитоскелета
2.1.2 Типы структур, образуемые актиновым цитоскелетом
2.2 Актин и актин-связывающие белки в ядре
2.2.1 Открытие актина и его функций в ядре
2.2.2 Регуляция полимеризации цитоплазматического и ядерного актина
2.2.3 Актин как компонент оболочки ядра и элемент комплексов ремоделирования хроматина
2.3 Участие актина и актин-связывающих белков в регуляции транскрипции и контроле экспрессии генов
2.3.1 Взаимодействие с РНК-полимеразами
2.3.2 Взаимодействие актина и актин-связывающих белков с транскрипционными факторами
2.4 Участие актина и актин-связывающих белков в биогенезе пре-мРНК
2.5 Альфа-актинины
2.5.1 Альфа-актинин-4
2.6 АСТ744 в регуляции экспрессии генов и сплайсинге пре-мРНК
2.6.1 Взаимодействие АСТЖ и транскрипционного фактора ЫР-кВ
2.6.1.1 Пути активации транскрипционного фактора ОТ-кВ
2.6.1.2 Гены-мишени 13е1А/р65 субъединицы №-кВ
2.6.2 Альтернативный сплайсинг с участием белков семейства йпЮ4Р
2.6.2.1 Участие ЬпВЫР в альтернативном сплайсинге пре-мРНК гена РК
2.6.2.2 Участие ЬпГГЫР в альтернативном сплайсинге пре-мРНК гена УМА

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Материалы
3.1 Генетические конструкции
3.2 Клеточные культуры
3.3 Реактивы
3.4 Праймеры
Методы
3.5 Получение генетических конструкций
3.6 Секвенирование фрагментов кДНК гена АСТИ4
3.7 Анализ экспрессии генов, регулируемых 13е1А/р65 субъединицей Ш-кВ
3.8 Иммунофлуоресценция
3.9 Люциферазный тест на активность Яе1А/р65
3.10 Выделение белков
3.11 Иммунопреципитация
3.12 ЗОБ-электрофорез и иммуноблоттинг
3.13 Анализ влияния оверэкспрессии АСТШ на процесс сплайсинга пре-мРНК генов РКМ1/РКМ2 и 8Ш1/5Ш2
3.14 Статистическая обработка данных люциферазного теста, электрофореграмм, иммуноблоттинга
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1 Ядерно-цитоплазматический транспорт АСТШ
4.1.1 Делеционное картирование АСТШ
4.1.2 Ядерно-цитоплазматическое распределение экзогенных вариантов АСТШ
4.2 Участие АСТШ в регуляции экспрессии генов
4.2.1 Влияние АСШ4 на степень активации минимального промотора мышиного гена с-Ре1А/р65 субъединицей Ш-кВ
4.2.2 Анализ воздействия оверэкспрессии АСТШ и 11е1А/р65 субъединицы ЫЕ-кВ на экспрессию Ре1А/р65-зависимых генов
4.2.3 АСТШ не влияет на перемещение Яе1А/р65 в ядро
4.2.4 Димеризация АСТШ и его связывание с Е-актином не являются необходимыми для участия АСТШ в регуляции работы Яе1А/р65
4.3 Участие АСТШ в регуляции сплайсинга пре-мРНК

4.3.1 Исследование влияния АСТШ на процесс альтернативного сплайсинга пре-мРНК гена РКМ1/РКМ2
4.3.2 Исследование влияния АСТШ на процесс альтернативного сплайсинга пре-мРНК генов УМУ/АМ'Й
4.4 Эндогенный вариант АСТШ с делецией кальпониновых доменов белка в нормальных и злокачественных клетках человека
5. ОБСУЖДЕНИЕ
5.1 Ядерно-цитоплазматический транспорт АСТШ
5.2 Участие АСТШ в регуляции экспрессии Де1А/р65-зависимых генов
5.3 Участие АСТШ в регуляции сплайсинга пре-мРНК
5.4 Анализ изоформ АСТШ в культурах клеток человека
ВЫВОДЫ
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ПРИЛОЖЕНИЕ
Приложение 1.
Приложение 2

плотные клеточные PDZ домен MAG
MAGI-1 межклеточная адгезия Patrie et al., 2
контакты С-конец ACTN
Р1Р2 регулирует связывание АСТЫ4 с
PIP3 11 PIP2 цитоплазматическая: районы фокальных контактов, стресс-фибрил 177-182 а.о. ACTN4 актином, усиливает аффиность актинина к титину. Р1РЗ подавляет взаимодействие АСТЫ4 с актином, разрушает связывание АСТЫ4 с Р-интегрином Fukami et al., 1992 Fraley et al., 2005 Corgan et al., 2
взаимодействие фибрилл актина с
RN-tre плазматическая мембрана ? плазматической мембраной, взаимодействие ЯаЬ5, Р-актином и АСТЫ4. ЯаЬ5-активирующий белок Lanzetti et al., 2
МЕКК 1 стресс-фибриллы, фокальные контакты МЕКК 1 1-719 а.о. ACTN4 371-892 а.о. проведение внутриклеточного сигнала, модуляция протеолитической активности кальпаина Christerson et al., 1
СаМК II (« и Р) постсинаптические участки киназный домен СаМК II 806-871 а.о. ACTN4 фосфорилирование Walikonis et al., 2