Молекулярно-генетическое изучение рака почки в Республике Башкортостан

• Автор: Кутлыева, Лилия Разифовна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Уфа
• Количество страниц: 178 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА Е ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Эпидемиология рака почки

1.2. Этиология и патогенез рака почки

1.3. Классификация рака почки

1.4. Наследственные формы рака почки

1.5. Молекулярно-генетические аспекты рака почки

1.5.1. Роль генов-супрессоров опухолевого роста в развитии заболевания

1.5.2. Аллельные делеции

1.5.3. Аберрантное метилирование
1.6. Исследования генов-кандидатов рака почки
1.6.1. Роль полиморфных вариантов гена параоксоназы-1 в развитии рака почки
1.6.2. Роль полиморфных вариантов гена рецептора витамина Э в развитии рака почки
1.6.3. Роль полиморфных вариантов генов интерлейкина-4 и интерлейкина-16 в развитии рака почки
1.6.4. Роль полиморфных вариантов гена сосудисто-эндотелиального фактора
роста в развитии рака почки
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Клинический материал для исследования
2.2. Забор образцов периферической крови и биопсии
2.3. Выделение геномной ДНК
2.4. Полимеразная цепная реакция синтеза ДНК
2.5. Рестрикционный анализ
2.6. Метод электрофореза
2.7. Метил-чувствительная полимеразная цепная реакция

2.8. 88СР-анализ с щелочной денатурацией
2.9. Определение нуклеотидной последовательности
2.10. Микросателлитный анализ
2.11. Статистическая обработка и программное обеспечение
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Поиск изменений нуклеотидной последовательности в гене фон Хиппеля-Линдау
3.2. Анализ аллельных делеций генов-супрессоров опухолевого роста УНЬ, /64X5Т1, РН1Т, расположенных на коротком плече хромосомы
3.3. Анализ микросателлитной нестабильности
3.4. Анализ метилирования СрО-островков промоторных областей генов УНЬ и СОШ2А
3.5. Анализ инактивации гена УНЬ
3.6. Поиск аллельных вариантов генов-кандидатов, предрасполагающих к развитию рака почки
3.6.1. Анализ ассоциаций полиморфного варианта гя1048943 (с.1384А>0, р.Пе462Уа1) гена СУР1А1 с риском развития рака почки
3.6.2. Анализ ассоциаций делеции гена С5ТМ/ с риском развития рака почки
3.6.3. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гв662 (с.530Т>С, р^192Я) и кч854560 (с.163Т>А, р.Ь55М) гена параоксоназы-1 (РОИ!) с риском развития рака почки
3.6.4. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гена рецептора витамина Б (Г2Ж) с риском развития рака почки
3.6.5. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гя2243250 (-590Г>С) гена интерлейкина-4 (714) и г$4778889 (-295Т>С) гена интерлейкина-16 (1Ы6) с риском развития рака почки
3.6.6. Анализ ассоциаций полиморфных вариантов гз2010936 (-634С>С) и 1^3025039 (-936С>Т) гена сосудисто-эндотелиального фактора роста (УЕСР) с риском развития рака почки

3.7. Анализ логистической регрессии изученных полиморфных вариантов с
риском развития рака почки
3.8. Исследование роли межгенных взаимодействий в формировании
предрасположенности к раку почки
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

которым происходит инактивация гена CDKN2A - это делеции, промоторное метилирование, точковые мутации, мутации сдвига рамки считывания. В исследовании Vidaurreta с соавторами [178] была определена частота промоторного гиперметилирования данного гена в популяции Испании, которая составила 22,9% в опухоли почек и в 52,9% случаев у пациентов с ПКК было вявлено отсутствие белка р 16.
Kawada с соавторами [93] с помощью иммуногистохимического метода анализа обнаружили гиперметилирование промоторной области гена, кодирующего белок р 16 только у 3,3% больных ПКК в популяции Японии.

Исследователи пришли к выводу, что инактивация гена CDKN2A является редким событием при начальной стадии рака почки у населения Японии. Другими исследователями показано, что аберрации гена CDKN2A и гиперметилирование его промоторной области являются распространенными у пациентов с ПКК из Испании [178]. Таким образом, существование выраженных межпопуляционных различий делает необходимым изучение молекулярных механизмов онкологических заболеваний в различных популяциях мира.
Высокая степень гиперметилирования промоторных регионов наблюдалась в генах фактора активации протеазы айоптоза (APAF-1) и протеин-киназы-1 (DAPK-1) (97% и 41% соответственно). Обнаружена корреляция между степенью метилирования гена APAF-1 и размером опухоли почки, а также состоянием лимфоузлов, но ассоциаций между стадией заболевания, степенью дифференцировки первичной опухоли и возрастом пациентов не выявлено [42]. В работе Ahmad с соавторами [16] анализ вышеупомянутых генов в 196 образцах опухолей почки показал, что высокая частота промоторного метилирования генов DAPK-1, APAF-1 коррелировала с более высокой стадией заболевания (р<0,001). Метилирование промоторных регионов гена APAF-1 бщло ассоциировано с высокой степенью ядерной градации по Фурману (р<0,001).