Разработка и применение методов полногеномного анализа генетических ассоциаций сложных признаков

• Автор: Аульченко, Юрий Сергеевич
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 290 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

Список используемых терминов, сокращений и обозначений

Общая характеристика работы

1 Общее введение

1.1 Методы классической эпидемиологии

Основные способы формирования выборки для анализа генетических ассоциаций

Оценка эффекта фактора риска

Включение дополнительных переменных в анализ

Мета-анализ

1.2 Специфические методы, применяемые при анализе генетических ассоциаций

Контроль качества генетических данных и равновесие Харди—Вайнберга

Специфические методы анализа ассоциаций с одним локусом
Наведенная ассоциация и генетическая гетерогенность выборки
1.3 Метод полногеномного анализа ассоциаций: краткий исторический обзор
2 Аллельный спектр и структура неравновесия по сцеплению в популяциях человека
2.1 Введение
2.2 Эффекты дрейфа генов в генетически изолированной популяции человека
Постановка проблемы
Материал и методы

Результаты
Обсуждение
2.3 Характеризация неравновесия по сцеплению в генетически изолированной
популяции человека
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты
Обсуждение
2.4 Сравнение неравновесия по сцеплению в различных популяциях человека
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты и обсуждение
2.5 Общее обсуждение
3 Разработка методов генетического картирования с помощью неравновесия по сцеплению
3.1 Введение
3.2 Метод регрессии на средовые остатки
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты
Обсуждение

3.3 Использование генетического фона при полногеномном анализе ассоциаций количественных признаков в выборках родственных особей
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты
Обсуждение
3.4 Общее обсуждение
4 Полногеномное исследование количественных признаков человека
4.1 Введение
4.2 Полногеномное исследование уровня липидов крови человека в 16ти популяционных когортах
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты
Обсуждение
4.3 Идентификация ассоциации между генетической вариацией в локусе JAZF1 и ростом человека с помощью полногеномного анализа
Постановка проблемы
Материал и методы
Результаты
Обсуждение

ВКЛЮЧЕНИЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫХ ПЕРЕМЕННЫХ В АНАЛИЗ
Описанные выше тесты позволяют проводить анализ ассоциации признака с одним определенным бинарным фактором риска. Однако многие факторы риска являются количественными (например, индекс массы тела), более того, формирование большинства сложных признаков в значительной степени определяется множественными факторами,-такими, как пол, возраст, диета и др. В этом случае учет дополнительных параметров позволяет повысить мощность и точность анализа ассоциаций.
Для того, чтобы учесть одновременное влияние нескольких факторов на проявление признака, анализ, как правило, проводится при помощи линейной регрессии, в уравнение которой признак входит как зависимая переменная, а изучаемые факторы - как независимые переменные. Рассмотрим применение линейной регрессии при анализе количественного признака; далее рассмотрим анализ бинарных признаков с использованием логистической регрессии.
В общем виде регрессионное уравнение зависимости анализируемого количественного признака У от независимых переменных X записывается как
Е[У] = ц + р,Х, + Р2Х2 + ... + Р,Хп
где Е[У] - математическое ожидание значения переменной У, /л -регрессионный отступ (математическое ожидание У при условии, что все независимые переменные равны нулю), X— значение независимой переменной г, а коэффициент регрессии Д описывает, насколько увеличивается значение У при увеличении значения Х$ на единицу.
В случае, если независимая переменная А) не оказывает влияния на значение анализируемого признака, ожидается, что значение коэффициента регрессии /?,• будет незначимо отличаться от нуля. Тестирование значимости отклонения индивидуальных коэффициентов регрессии от нуля, как правило, проводится с