Лекарственная устойчивость штаммов Mycobacterium Tuberculosis и оптимизация диагностических алгоритмов на примере Самарской области

• Автор: Игнатьева, Ольга Андреевна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2015
• Место защиты: Самара
• Количество страниц: 157 с. : ил.

Содержание

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Общая характеристика возбудителя туберкулеза и устойчивость к противотуберкулезным препаратам
1.1.1 Морфологические, культуральные и биохимические свойства возбудителя туберкулеза

1.1.2 Лекарственная устойчивость М. tuberculosis и ее типы

1.1.3 Молекулярно-генетические механизмы формирования резистентности М. tuberculosis к основным противотуберкулезным препаратам

1.2 Лабораторная диагностика туберкулеза

1.2.1 Фенотипические методы диагностики

1.2.2 Современные ускоренные молекулярно-генетические методы диагностики
1.2.3 Методы выявления жизнеспособных микобактерий туберкулеза в клиническом материале
1.3 Актуальность проблемы туберкулеза и лекарственной устойчивости в мире и в Российской Федерации
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Объект исследования
2.2 Бактериологические методы
2.2.1. Обработка клинических образцов
2.2.2 Микроскопическое исследование образцов
2.2.3 Культуральное исследование образцов и методы идентификации
2.2.4 Проведение фенотипических тестов на лекарственную чувствительность
2.2.5 Выделение ДНК из клинических образцов и изолятов
2.3 Молекулярно-генетические методы

2.3.1 Определение лекарственной чувствительности молекулярно-генетическими методами
2.3.2 Типирование по спейсерным олигонуклеотидам (сполиготипирование)
2.3.3 Определение жизнеспособности микобактерий с использованием моноазида пропидия (метод ПМА)
2.3. Методика ввода данных
2.4 Методы статистического анализа
ГЛАВА 3. ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ ШТАММОВ М. TUBERCULOSIS, ВЫДЕЛЕННЫХ ОТ БОЛЬНЫХ ТУБЕРКУЛЕЗОМ В САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ, НАХОДИВШИХСЯ НА ЛЕЧЕНИИ В ТЕЧЕНИЕ 2008-2010 ГГ
3.1 Идентификация и лекарственная устойчивость штаммов М. tuberculosis, выявленная фенотипическими методами
3.2 Лекарственная устойчивость штаммов М. tuberculosis, выявленная молекулярногенетическими методами
3.2.1 Мутации, определяющие резистентность к противотуберкулезным препаратам, среди штаммов М. tuberculosis, циркулирующих в Самарской области
3.2.2 Оценка диагностических параметров ускоренных молекулярно-генетических методов определения чувствительности к противотуберкулезным препаратам
3.3 Генетические группы М. tuberculosis
ГЛАВА 4. ДИАГНОСТИКА ТУБЕРКУЛЕЗА ПУТЕМ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЖИЗНЕСПОСОБНОСТИ КЛЕТОК М TUBERCULOSIS В РЕСПИРАТОРНЫХ ОБРАЗЦАХ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МОНОАЗИДА ПРОПИДИЯ
ГЛАВА 5. ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ В САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ: ФАКТОРЫ РИСКА, ВЛИЯНИЕ НА ИСХОДЫ ЛЕЧЕНИЯ И ВЫЖИВАЕМОСТЬ ПАЦИЕНТОВ
5.1 Факторы риска лекарственной устойчивости к препаратам первого ряда и резервным препаратам
5.2 Влияние спектра лекарственной устойчивости на исходы лечения и выживаемость больных туберкулезом

ГЛАВА 6. ОПТИМИЗАЦИЯ АЛГОРИТМА УСКОРЕННОЙ ДИАГНОСТИКИ ТУБЕРКУЛЕЗА
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
Приложение А. Распределение пациентов, включенных в исследование, по районам проживания
Приложение Б. Клинико-эпидемиологическая характеристика пациентов
Приложение В. Лекарственная устойчивость штаммов М. tuberculosis, выделенных от пациентов в Самарской области
Приложение Г. Факторы риска для туберкулеза с устойчивостью к изониазиду, рифампицину
Приложение Д. Факторы риска для туберкулеза со множественной и широкой лекарственной устойчивостью
Приложение Е. Факторы, влияющие на выживаемость пациентов

GenoType MTBDRs/ (Hain, Lifiscience, GbmH, Германия)
Тест-система направлена на выявление лекарственной устойчивости микобактерий к противотуберкулезным препаратам резервного ряда. С помощью методики производится детекция мутаций в генах gyrA, rrs, embB, отвечающих за формирование устойчивости к фторхинолонам, аминогликозидам/капреомицину и этамбутолу соответственно. Принцип метода аналогичен таковому у тест-системы GenoType MTBDRp/u.s, описанному выше.
GenoType MTBDR,?/ позволяет определить наиболее распространенные и клинически значимые мутации в различных участках гена gyrA; схема области устойчивости данного гена представлена на Рисунке 9.
| дугА WT2 |
I дугА WT1 I | дугА WT3 |
I !! і T,]a3~^T"»T.r'C:[^glZia>. III! і
і І і
gyrA MUT1 I gyrA MUT3A
дуг A MUT2 дугА MUT3B
дугА MUT3C дугА MUT3D
Рисунок 9. Область устойчивости к фторхинолонам гена gyrA. gyrA WT 1-3 - зонды «дикого» типа; gyrA MUT 1-3 - зонды «мутантного» типа. Числа показывают кодоны, в которых располагаются мутации. Кодоны, для которых проявляются зонды мутаций, выделены (GenoType® MTBDRs/. Instruction for Use).
Тест позволяет выявить 3 основные мутации в гене rr.v:A1401G, С1402Т, G1484T; 2 мутации в гене embB: M306V, M306I.
Тест также продемонстрировал высокие диагностические характеристики и значительную степень совпадения результатов с результатами фенотипических исследований (Hillemann, 2009; Ignatyeva, 2012; Laconia, 2012).
INNO-LiPA Rif.TB® (InnoGenetics, Бельгия)
Тест-система предназначена для идентификации видов комплекса М. tuberculosis параллельно с определением мутаций в гене гро В. ассоциированных с устойчивостью к рифампицину. Для исследования может быть использована как ДНК, выделенная из культуры микобактерий, так и ДНК, полученная из клинических образцов. Принцип методики аналогичен таковому в методике GenoType MTBDRjp/ws. Тест хорошо