Механизмы антибиотикорезистентности и молекулярная эпидемиология нозокомиальных штаммов Salmonella enterica серовар Typhimurium

• Автор: Козырева, Варвара Константиновна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Смоленск
• Количество страниц: 117 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Номенклатура рода Salmonella

Глава 2. Клиническое значение нетифоидных сероваров S. enterica и эпидемиология сальмонеллеза
Глава 3. Применение антибиотиков для терапии инфекций, вызванных нетифоидными сероварами S. enterica

Глава 4. Антибиотикорезистентность у сальмонелл

Глава 5. Особенности эволюции генома сальмонелл и выбор методов исследования молекулярной эпидемиологии сальмонеллезов

ЧАСТЬ II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава 6. Материалы и методы исследования
Глава 7. Результаты исследования
Глава 8. Обсуждение
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ БЛРС Р-лактамазы расширенного спектра действия
ВОЗ Всемирная Организация Здравоохранения
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
МПК минимальная подавляющая концентрация
МПК50 минимальная подавляющая концентрация для 50% исследованных
штаммов
МПК90 минимальная подавляющая концентрация для 90% исследованных
штаммов
пн пар нуклеотидов
ПЦР полимеразная цепная реакция
тпн тысяч пар нуклеотидов
АА аминокислота
СЭС Центры по контролю и профилактике заболеваний
СЬ81 Институт клинических и лабораторных стандартов
ЕиСАвТ Европейский комитет по оценке антибиотикочувствительности
1Б инсерционная последовательность
SCRJ инсерционные последовательности с общим регионом
КЛСБР Судейская комиссия при Международном комитете систематики
прокариот
МЬБТ мультилокусное секвенирование-типирование

MLVA мультилокусный анализ тандемных повторов
MST минимальное остовное дерево
ORF открытая рамка считывания
PFGE пульс-электрофорез макрорестрикционных фрагментов геномной

QRDR область, определяющая устойчивость к хинолонам
STTR тандемный повтор Salmonella Typhimurium
Тш температура плавления
UPGMA метод невзвешенного попарного среднего
VNTR участок ДНК с переменным числом тандемных повторов
WT дикий тип
Антибиотики
Chi хлорамфеникол
Cip дипрофлоксацин
Gm гентамицин
Nal налидиксовая кислота
Rif рифампицин
Sxt ко-тримоксазол
Tet тетрациклин

ЧАСТЬ II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 6. Материалы и методы исследования 6.1 Клинические штаммы Salmonella Typhimurium
В ходе исследования собирались изоляты Salmonella enterica подвид enterica, выделенные от пациентов, у которых инфекция развилась через 48ч и более после поступления в стационар. Первичная видовая и серологическая идентификация клинических нозокомиальных штаммов проводилась в локальных микробиологических лабораториях в соответствии с принятыми стандартами. Повторно все штаммы были идентифицированы в НИИ антимикробной химиотерапии ГБОУ ВПО «Смоленская государственная медицинская академия» Минздравсоцразвития России с помощью биохимических идентификационных систем API20E (bioMerieux, Франция) и наборов сывороток к О- и Н-антигенам Salmonella (BioRad, Франция).
6.2 Определение чувствительности к антибиотикам
Значения минимальной подавляющей концентрации (МПК) антибиотиков были определены с помощью метода последовательных разведений в агаре Мюллера-Хинтон [76] для следующих препаратов: ампициллин, амоксицил-лин-клавулановая кислота (2:1), азтреонам, цефотаксим, цефотаксим-клавулановая кислота (4 мг/л), цефтазидим, цефтазидим-клавулановая кислота (4 мг/л), цефепим, цефоперазон, цефоперазон-сульбактам (1:1), пиперациллин, пиперациллин-тазобактам (4 мг/л), гентамицин, ко-тримоксазол, имипенем, меропенем, эртапенем, дорипенем, налидиксовая кислота, ципрофлоксацин. Чувствительность к тетрациклину и хлорамфениколу была определена с помощью дискодиффузионного метода [76]. Интерпретация результатов опреде-