Новые штаммы-деструкторы 2,4,5-Т гамма-подкласса протеобактерий

• Автор: Ясаков, Тимур Рамилевич
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Уфа
• Количество страниц: 119 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Минерализация синтетических соединений у представителей 11 гамма-подкласса протеобактерий

1.1.1. Бактерии-деструкторы рода Pseudomonas

1.1.2. Бактерии-деструкторы рода Stenotrophomonas

1.1.3 Бактерии-деструкторы рода Xanthomonas

1.2. Метаболические пути деградации 2,4-Д и 2,4,5-Т

1.3. Генетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4-Д и 31 2,4,5-Т

1.3.1. Генетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4-Д
1.3.2. Г енетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4,5-Т 37 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
2.1. Объекты исследований
2.2. Получение чистых культур штаммов-деструкторов
2.3. Рост культур в жидкой питательной среде и его учет
2.4. Определение количеств 2,4,5-Т в культуральной жидкости
2.5. Идентификация продуктов метаболизма 2,4,5-Т
2.6. Идентификация штаммов
2.6.1. Морфологические особенности колоний штаммов ЗЗТ, 34Т и 42 ЗЗБСР
2.6.2. Классификация штаммов по физиолого-биохимическим 42 признакам
2.6.3. Определение морфометрических характеристик клеток штаммов
2.6.4 Амплификация, секвенирование и анализ последовательностей 43 генов 16Б рРНК

2.6.5. Получение профилей белковых масс
2.7. Амплификация гена фА в клетках исследуемых штаммов
2.8. Гибридизация препаратов ДНК на фильтре
2.8.1. Получение радиоактивного зонда методом замещения 47 нуклеотидов
2.8.2. Иммобилизация плазмидной ДНК на нитроцеллюлозном 47 фильтре
2.8.3. Дот-блот гибридизация препаратов ДНК на нитроцеллюлозном 48 фильтре
2.9. Выделение плазмидной ДНК
2.10. Фракционирование препаратов ДНК в агарозном геле
2.11. Гидролиз препаратов плазмидной ДНК рестриктазами и 49 определение размеров фрагментов ДНК
2.12. Элиминация плазмид, индуцированная акридиновым оранжевым
2.13. Определение устойчивости бактерий к антибиотикам 50 ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Выделение изолятов из образцов почвенной биоты
3.2. Определение филогенетического положения штаммов 51 ЗЗТ, 34Т и ЗЗБСР
3.3. Динамика конверсии молекул 2,4,5-трихлорфеноксиуксусной 70 кислоты штаммами Stenotrophomonas эр. ЗЗТ, Р. кИопетю 34Т и ХапкИотопая ьр. ЗЗЭСР в периодической культуре
3.4. Анализ интермедиатов катаболизма 2,4
трихлорфеноксиуксусной кислоты штаммов ер. ЗЗТ,
Р. кИопеп.Ч1ч 34Т и ХаШкотопаъ зр. ЗЗЭСР
3.5. Сравнительный анализ генетических структур, контролирующих
деструкцию 2,4,5-трихлорфеноксиуксусной кислоты в клетках штаммов 81епоРоркотопаз эр. ЗЗТ, Р. Шопет 'м 34Т и ХапЛотопаБ эр. ЗЗБСР

3.6. Определение плазмидного статуса штаммов 81епоРоркотопа8 эр. 83 ЗЗТ, Р. кИопет1$ 34Т и Хап1котопа.ч эр. ЗЗОСР
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ П

В заключении, следует отметить, что ряд авторов относит представителей Sphingomonas sp. ко второй группе, а представителей Bradyrhizobium sp. к третьей [Kamagata Y. et al., 1997; Itoh К. et al., 2002; Huong N.L. et al., 2007; Shimojo M. et al., 2009].
Гены катаболизма 2,4-Д могут быть фланкированы инсерционными элементами семейств IS 1071 и IS 1380. Размер этой транспозон-подобной структуры более 30 т.п.н. и располагается она на хромосоме [Hoffmann D. et al., 2003].
Таким образом, для Р- и у-подклассов протеобактерий характерно наличие tfd-генов, тогда как для а-подкласса наличие кластера cadRABKC, а также (/^-подобного гена - tfdAa, а также наличие фермента, отличного от 2,4-Д/а-кетоглутарат диоксигеназы.