Молекулярно-генетический анализ штаммов Vibrio cholerae не01/не0139

• Автор: Фадеева, Алевтина Викторовна
• Шифр специальности: 03.02.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Саратов
• Количество страниц: 170 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Современные представления об организации генома холерных 19 вибрионов

1.2 Факторы патогенности и их генетическая детерминированность у 31 холерных вибрионов не01/не0139 серогрупп

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Использованные штаммы У.сИо1егае и условия их культивирова- 41 ния

2.2 Методы изучения культурально-морфологических, биохимиче- 45 ских, серологических и других свойств холерных вибрионов
2.3 Определение чувствительности штаммов ¥.ско1егае к антибиоти- 47 кам
2.4 Определение чувствительности штаммов к амебе 01с1уо$1еНит 47 сИзсо1с1еит
2.5 Выделение ДНК
2.6 Проведение полимеразной цепной реакции
2.7 Электрофоретический учет результатов
2.8 Определение нуклеотидной последовательности генов
2.9 Компьютерный анализ и построение филогенетических 51 деревьев штаммов У.ско1егае
ГЛАВА 3. АНАЛИЗ ФЕНОТИПИЧЕСКИХ СВОЙСТВ ШТАММОВ
V ско!егае неО 1 /неО
3.1 Сравнительный анализ культурально-морфологических, биохими
ческих и серологических свойств холерных вибрионов неО 1/неО 139,
01 и 0139 серогрупп

3.2 Изучение чувствительности к антибиотикам у штаммов холерных
вибрионов различных серогрупп
ГЛАВА 4. АНАЛИЗ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ
ОСОБЕННОСТЕЙ ШТАММОВ ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ не01/не0139 СЕРОГРУПП, ВЫДЕЛЕННЫХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ И ЗА РУБЕЖОМ
4.1 Генетические особенности штаммов холерных вибрионов не 62 О Пне 0139 серогрупп, выделенных в Астраханской области
4.2 Генетическая характеристика штаммов У.скокгае не 01/не0139, 67 полученных в различных регионах Российской Федерации и в пограничных странах
4.3 Генетические свойства штаммов У.скокгае не01/не0139, выде- 76 ленных в Юго-Восточной Азии
ГЛАВА 5. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ТОКСИГЕННЫХ
У.скокгае не01/не0139, ВЫДЕЛЕННЫХ В УЗБЕКИСТАНЕ
5.1 Молекулярно-генетические особенности токсигенных узбекских 88 штаммов У.скокгае не01/не0139
5.2 Разработка ПЦР с универсальными праймерами для детекции различных вариантов гена №рА
ГЛАВА 6. АНАЛИЗ РАСПРОСТРАНЕНИЯ ГЕНОВ СИСТЕМ
СЕКРЕЦИИ И ТЕРМОСТАБИЛЬНОГО ТОКСИНА У ХОЛЕРНЫХ ВИБРИОНОВ РАЗЛИЧНЫХ СЕРОГРУПП
6.1 Распространение генов системы секреции третьего типа типа у 108 холерных вибрионов различных серогрупп
6.2 Анализ распространения генов системы секреции шестого типа и 113 их экспрессии у холерных вибрионов не01/не0139 серогрупп
6.3 Детекция гена зШ термостабильного токсина у штаммов 121 У.скокгае не01/не0139
ГЛАВА 7. РАЗРАБОТКА СПОСОБА ОПРЕДЕЛЕНИЯ

ГЕНЕТИЧЕСКОГО РОДСТВА ШТАММОВ Ус/го1егае МЕТОДОМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ГЕНОВ gmhD, ог/2 И г]ё, ФЛАНКИРУЮЩИХ КЛАСТЕР ГЕНОВ БИОСИНТЕЗА О-АНТИГЕНА
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

вает сомнение, поскольку в литературе имеется ряд сообщений о получении отрицательных результатов при попытке выявления гена sltl в геноме штаммов Vcholerae методами ПЦР и молекулярного зондирования [Монахова Е.В., 2012; Bag Р.К. et al., 2008; Walia К., Ganguly N.K., 2010].
Новый холерный токсин - NCT (от англ. new cholera toxin) - термолабильный токсин, обладающий способностью вызывать сильное обезвоживание, не связанное с активацией аденилатциклазной системы. NCT токсин был впервые описан Sanyal S.C. et al. [1983], а позднее и другими авторами [Singh D.V. et al., 1996, 2001]. Монахова Е.В. [2012] при изучении токсина NCT показала, что он, возможно, не существует как отдельный, самостоятельный токсин, а скорее представляет собой смесь секретируемых белков, качественный и количественный состав которой может различаться у штаммов с разными генотипами и уровнями экспрессии тех или иных генов.
Имеются сообщения об обнаружении у вибрионов не01/не0139 серо-групп и некоторых других факторов патогенности - токсина RTX, новых аллелей гена ТКПА, гемолизинов, систем секреции третьего и шестого типов.
В 1999 году в составе большой хромосомы у холерных вибрионов биова-ра эльтор и штаммов 0139 серогруппы был обнаружен функционально активный кластер генов rtx, кодирующий токсин RTX (repeats in toxin), который разрушает межклеточные соединения и приводит к развитию легкой диареи. Данный кластер находится на хромосоме вблизи фага СТХср и образован двумя сцепленными группами противоположно направленных генов: <—rtxA <— rtxC*— rtxH и rtxB —> rtxD-* rtxE> [Lin et al., 1999]. Этот кластер присутствует в геномах как эпидемически значимых вибрионов 01 и 0139 серогрупп, так и вибрионов не01/не0139 серогрупп. За синтез токсина RTX отвечает ген rtx А, а за транскрипцию гена rtxA ответственен ген rtxC. Холерные вибрионы биовара эльтор и V. cholerae 0139 содержат в своем геноме функционально активный кластер токсина RTX, проявляя цитотоксическую активность. В геноме штаммов V cholerae классического биовара ген rtxC, делетирован, поэтому данные