Эндонуклеазы WEN1 и WEN2 и адениновая ДНК-метилтрансфераза WAD из проростков пшеницы

• Автор: Федореева, Лариса Ивановна
• Шифр специальности: 03.01.05
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 497 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
Введение

Литературный обзор

I. ВВЕДЕНИЕ

И. КЛАССИФИКА1ДИЯ НУКЛЕАЗ

III. КАТАЛИТИЧЕСКИЙ МЕХАНИЗМ НУКЛЕАЗ

III. 1- Реакция нуклеолитического расщепления

111.2 - Нуклеофилы

111.3 - Продукты реакции расщепления

111.4 - Основные свойства ионов Mg2+ и других дивалентных катионов

111.5 - Три главных класса нуклеаз в зависимости от использования ионов металла в катализе
5.1. - Катализ в зависимости от двух ионов металла
5.1. 1. - Эндонуклеазы рестрикции (BamHI, HincII,
MutH, EcoR124I, и т.д.)
5.1.2. - FEN1 - 5’-экзо- и эндонуклеазы
5. 1.3. - ДНКаза I и подобные ей эндо- и З’-экзонуклеазы
5.1.4. - LAGLIDADG хоуминг эндонуклеазы
5.2. - Катализ, зависимый от одного иона металла
5.2.1. - Семейство ßßa-Me нуклеаз
5.2.2. - Эндонуклеазы рестрикции типа-И
5.2.3. - Углевод-неспецифические нуклеазы
5.2.4. - Serratia, NucA и endo G

5.2.5 - Каспазо- активируемая ДНКаза (CAD/DFF40)
5.2.6. - Семейство нуклеаз I IUH
5.2.7. - Нуклеазы, зависимые от трех ионов Zn2+
5.3. - Металл-независимый катализ
5.3.1. - Nue и ДНКаза II
5.3.2. - Bfil эндонуклеаза рестрикции
IV. - ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ РОЛЬ НУКЛЕАЗ
IV. 1. НУКЛЕАЗЫ, УЧАСТВУЮЩИЕ В РЕПЛИКАЦИИ
1.1. FEN 1 нуклеаза, участвующая в ДНК репликации, расщепляющая короткие структуры
1.2. Dna2 нуклеаза, участвующая в процессе ДНК репликаци, расщепляющая длинные структуры
1.3. Эндонуклеаза G (endoG), обладающая экзонуклеазной активностью, участвующая в репликации митохондриальной ДНК..
IV.2. НУКЛЕАЗЫ, УЧАСТВУЮЩИЕ В РЕПАРАЦИИ
2.1. Апуриновые/апиримидиновые нуклеазы,
участвующие в репарации
2.2. Участие ароматических аминокислот в связывании
ДНК с нуклеазами
2.3.Апуриновые/апиримидиновые нуклеазы, участвующие в репарациии
2.4. Нуклеазы, участвующие в репарации неканонических пар нуклеотидов
2.5. Нуклеазы, участвующие в репарации двойной цепи ДНК
IV.3. ФЕРМЕНТЫ, УЧАСТВУЮЩИЕ В РЕКОМБИНАЦИИ

3.1. Нуклеазы, участвующие в общей рекомбинации
3.2. Роль Exol в мейотическом процессинге ( в рекомбинации )
IV.4. СИСТЕМА РЕСТРИКЦИИ-МОДИФИКАЦИИ Рестрикционные эндонуклеазы. ДНК метилтрансферазы
4.1.Классификация ферментов рестрикции
4.2. Рестрикционные эндонуклеазы
4.3. ДНК метилтрансферазы
4.4. Структурные и функциональные домены RM системы
V. ЗАПРОГРАММИРОВАННАЯ КЛЕТОЧНАЯ ГИБЕЛЬ. АПОПТОЗ И НЕКРОЗ
V.l. Регуляция апоптоза
V.2. Молекулярные механизмы апоптоза
V.3. Пути реализации программы ЗГК
V.3.I.Реализация программы ЗГК через рецепторы плазматической
мембраны
V.3.2. Митохондриальный путь реализации ЗГК
V.3.3. Комбинированный путь реализации апоптоза
V.3.4. Путь ЗГК с участием эндоплазматического ретикула
V.3.5. Путь ЗГК с участием белка перфорина
V.3.6. Путь ЗГК с участием интегринов
V.3.7.3TK в эритроцитах
V.4. Основные нуклеазы, участвующие в апоптозе
4.1. Эндонуклеаза DFF40 и каспазо-зависимый путь апоптоза
4.2. endoG и каспазо-независимый путь развития апоптоза
4.3. exoG - паралог эндонуклеазы endoG
4.4. Кислые нуклеазы, участвующие в апоптозе
V.5. Принципы терапевтического использования апоптотических
нуклеаз
V.5.I. Патологии, связанные с ослаблением апоптоза

вовлеченных в процесс циклической репликации. HUH эндонуклеазы были разделены на два класса: ‘ гер’ ассоциирование с репликацией ДНК и ‘mob’ ассоциированные с подвижностью ДНК через конъюгацию или транспозицию [186]. Недавно мотив HUH был обнаружен в ssDNA транспосозах семейства ISHp608 [187]. Два консервативных остатка His остатки вовлечены в связывание с металлом (чаще всего Mg2+). Все HUH эндонуклеазы используют остаток Туг в качестве нуклеофила в катализе расщепления ДНК и реакции лигации через 5’- фосфотирозил ковалентный интермедиат. ДНК расщепление этими нуклеазами происходит обязательно через присоединение фосфотирозильной связи к фосфодиэфирной связи после репликации ДНК. Этот процесс расщепления-религации подобен процессу топоизмеризации и сайт-специфической рекомбинации.
III.5.2.7. Нуклеазы, зависимые от трех ионов Zn2+
Три иона металла - Zn2+, были найдены в активном центре двух
структурно различных эндонуклеаз - Endo IV и нуклеазы P1/S1 [121,123]. Обе нуклеазы образуют 5’-фосфатную и 3’- гидроксильную группы в результате гидролиза. Нуклеаза Р1 эндонуклеотически расщепляет ssDNA, а Endo IV расщепляет dsDNA [188]. Кристаллические структуры Endo IV в комплексе с ДНК и с образованными продуктами, обнаруживают, что один ион Zn2+ локализован в малой канавке расщепляемой фосфатной группы, а