Молекулярно-генетическая оценка возбудителей клещевых инфекций и их переносчиков в природных очагах Западной Сибири и Северо-Восточного региона Европейской части России

• Автор: Микрюкова, Тамара Петровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Кольцово
• Количество страниц: 133 с. : ил.

Оглавление

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ЕЕ Иксодовые клещи - переносчики трапсмиссвпых инфекций

Е Е Е Характеристика основных представителей семейства Ixodidae ! 5 ЕЕ2. Особенности биохимических взаимодействий клеща с организмом позвоночных при питании

ЕЕЗ. Митохондриальный геном клещей

1Л .4. Использование молекулярно-генетических ме тодов для видовой иден тификации клещей

1.2. Возбудители клещевых инфекций. Вирус клещевого энцефалита

Е2Л. Общая характеристика семейства Elaviviridae

Е2.2. Вирус клещевого энцефалита и особенности 5'-нетранслируемой области

Е2.3. Основные генотипы вируса клещевого энцефалита
Е2.4. Новые генетические варианты вируса клещевого энцефалита 38 Е2.5. Эволюция и географическое распространение вируса клещевого энцефалита
1.2.6. Вакцинопрофилакгика клещевого энцефалита
1.3. Возбудители клещевых инфекций. Генетическое разнообразие риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки
1.3.1. Риккетсии. Основные представители
1.3.2. Клещевые риккетсиозы
1.3.3. Методы идентификации риккетсий
1.4. Заключение по обзору литературы
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Химические реактивы, ферменты и наборы
2.2. Образцы
2.3. Подготовка проб и выделение РНК/ДНК
2.4. Обратная транскрипция
2.5. Полимеразная ценная реакция
2.6. Электрофоретический анализ и выделение ампликонов из геля
2.7. Определение нуклеотидных последовательностей
2.8. Анализ последовательностей
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефали та в клещах Ixodes persidcastus в Северо-Вос точном регионе Европейской час ти России
3.2. Молекулярно-генетический анализ полного генома вируса клещевого энцефалита дальневосточного генотипа на примере (производственного) референс-шгамма

3.3. Исследование встречаемости генетических маркеров рода Rickettsia
в иксодовых клещах
3.4. Нуклеотидная последовательность генов 16S рРНК и субъединицы 1 цитохромоксидазы митохондриального генома иксодовых клещей Ixodes pavlovskyi и Ixodes persulcatus
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ
16S pPITK - 16S рибосомальная рибонуклеиновая кислота Ыа2ЭД'ГА - динатриевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты COI - субъединица 1 цитохромоксидазы
CTHD - С-terminal hydrophobic domain (С-концсвой гидрофобный домен)
gltA - ген, кодирующий цитратсинтазу
отрА - ген, кодирующий белок А наружной мембраны
ТАЕ - буферный раствор (40 мМ трис, I мМ №2ЭДТА, уксусная кислота,
pH 8,0-8,3)
а.о. - аминокислотный остаток ВКЭ - вирус клещевого энцефалита ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота КБ - клещевой боррелиоз кДа - килодальгон
кДНК - комплементарная дезоксирибонуклеиновая кислота КР - клещевой риккетсиоз
KHJI - клещевая(ые) пягпистая(ыс) лихорадка(и)
КВЭ - клещевой вирусный энцефалит
мт ДНК - митохондриальная ДНК
мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота
н.о. - нуклеотидное(ый) основание (остаток)
нм - нанометр
н.п. - нуклеотидная пара
ОТ - обратная т ранскрипция
НЦР - полимеразная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
С Г - сыпной тиф
трис - трис-(гидроксиметил)аминометан ЦНС - центральная нервная система

1.2.3. Основные генотипы вируса клещевого энцефалита
За 75-летшою историю изучения ВКЭ классификация флавивирусов претерпевала множество модификаций, однако в настоящее время их деляг на таксоны согласно гомологии нуклеотидных последовательностей их геномных РЫК. Наиболее часто для проведения филогенетического анализа используются последовательности гена белка Е.
Этот выбор объясняется фукциями белка, несущего основные антигенные эпитопы и обеспечающего взаимодействие вируса с клеткой. Также известно, что для многих вирусов основным фактором, определяющим эволюцию внутри вида, является иммунный ответ хозяина. Анализ представленных в GenBank данных для фрагментов РЫК длиной 1020 нуклеотидов, кодирующих большую часть поверхностного белка Е, который отвечает за формирование гуморального иммунитета при флавивируспой инфекции, показал высокую гомологию генов, кодирующих этот белок в различных штаммах, относящихся к одному генотипу (Романова и др., 2006; Romanova et al., 2007).
Анализ перекрестных серологических реакций, а затем и нуклеотидных последовательностей позволил разделить различные штаммы ВКЭ на три основных генотипа: дальневосточный, европейский (западный) и сибирский (Ecker et al., 1999; Злобин, Демина, Беликов и др., 2001). В дальнейшем, после определения полных последовательностей геномов ВКЭ, данное разделение подтвердилось и нашло своё отражение в официальной таксономии ВКЭ (Virus taxonomy, 2005). На рис. 7 представлено филогенетическое дерево, построенное на основе анализа полноразмерных последовательностей ВКЭ (Локтев и др., 2007). Как видно, полногеномные последовательности представителей трёх основных гепогрупп ВКЭ, соответствующих дальневосточному, европейскому и сибирскому генотипам, кластеризуются в три генотипа достаточно чётко. Филогенетическое дерево, отражающее современную классификацию генотипов ВКЭ, приведено на рис. 7.