Молекулярно-генетическая характеристика и таксономическое положение вирусов Бханджа и Кисмайо, представителей антигенного комплекса Бханджа : семейство Bunyaviridae

• Автор: Климентов, Александр Сергеевич
• Шифр специальности: 03.01.03, 03.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 119 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Цели и задачи исследования

Научная новизна и практическая значимость

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 Общая характеристика семейства ВипуттВае

2.1.1 История и классификация

2.1.2 Особенности морфологии и строения

2.1.3 Стратегия кодирования генома

2.2 Характеристика вирусов антигенной группы Бханджа
2.2.1 История изучения
2.2.2 Экология
2.2.3 Физико-химическая характеристика
2.2.4 Биологические свойства
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Вирусы
3.2 Бактериальный штамм
3.3 Клещевые суспензии
3.4 Олигонуклеотиды
3.5 Частичная очистка вирусов Бханджа и Кисмайо
3.6 Им м у н о ферментный анализ (ИФА)
3.7 Электрофорез белков в полиакриламидном геле
3.8 Вестерн-блот
3.9 Выделение тотальной РЕК
3.10 Обратная транскрипция
3.11 Достройка комплементарной цепи
3.12 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
3.13 Электорофорез в агарозном геле

3.14 Клонирование ДНК
3.15 Секвенирование ДНК
3.16 Компьютерный анализ последовательностей и филогенетический анализ
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1 Очистка вирусов Бханджа и Кисмайо в градиенте сахарозы и определение вируссодержащих фракций
4.2 Определение нуклеотидных последовательностей геномов вирусов Бханджа и Кисмайо
4.3 Определение таксономического положения вирусов Бханджа и Кисмайо
4.4 Разработка ОТ-ПЦР тест-системы для детекции вирусов Бханджа и Кисмайо
4.5 Определение специфичности праймеров
4.6 Апробация созданной тест-системы на полевом материале
4.7 Филогенетический анализ последовательностей
5. ОБСУЖДЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
8. БЛАГОДАРНОСТИ
9. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. ВВЕДЕНИЕ Актуальность проблемы
Семейство Bunyaviridae - самое многочисленное среди РНК-геномных вирусов, оно насчитывает более 350 представителей, объединенных в 5 родов. Большинство буньявирусов принадлежит к экологической группе арбовирусов, передающихся через укусы кровососущих членистоногих: комаров, москитов, мокрецов и клещей [126].
К семейству Bunyaviridae относятся многие вирусы, вызывающие заболевания человека, в их числе: энцефалиты Ла Кросс и Калифорнийский, лихорадки долины Рифт и Крымская-Конго и другие [48, 131].
За последние несколько лет были открыты еще несколько буньявирусов, патогенных для человека и домашних животных. В 2009 г. в Китае была выявлена тяжелая лихорадка с синдромом тромбоцитопении (SFTS), этиологически связанная с новым флебовирусом, переносимым клещами [144, 145]. В том же году в США из крови больных со сходными симптомами был выделен вирус, названный Heartland, родственный вирусу SFTS [95]. В Германии в 2011г. был обнаружен ортобуньявирус, названный Schmallenberg, вызывающий крупные эпизоотии среди крупного рогатого скота, коз и овец. Заболевание характеризуется лихорадкой, снижением продукции молока, а также гибелью новорожденных животных [62].
Несмотря Hä выраженное значение буньявирусов и вызываемых ими инфекций в патологии человека и животных, данные по молекулярногенетической характеристике и таксономии многих из них весьма ограничены или отсутствуют. Это в полной мере относится к вирусу Бханджа, вызывающему острые лихорадочные заболевания человека [1, 31, 114]. Описан случай тяжелого менингоэцефалита при естественном заражении вирусом Бханджа через укус клеща [138].

сухожильных рефлексов. Серьезных остаточных явлений и осложнений после выздоровления обнаружено не было. Информация о контакте пациента с клещами Н. punctata недоступна, предположительно продолжительность инкубационного периода составляет около 3 недель. По данным авторов, на территории Хорватии встречаются случаи, по симптоматике похожие на клещевой энцефалит, но серонегативные к нему, нельзя исключать, что значительная часть таких случаев приходится на заболевания, связанные с вирусом Бханджа [138].
При обследовании больных острыми сезонными лихорадочными заболеваниями в Астраханской области в 2002 и 2003 гг., среди пациентов с диагнозами ОРВИ, серозный менингит и геморрагическая лихорадка методом иммуноферментного анализа были диагностированы два случая заболевания, вызванные вирусом Бханджа [1].
Таким образом, вирус Бханджа может играть заметную роль среди острых лихорадочных заболеваний человека и для более полного выявления его роли необходимо создание систем диагностики. Все известные случаи заболевания человека, вызванные вирусом Бханджа, были диагностированы серологическими методами: РСК, РТГА и PH [31, 114, 138]. Ввиду отсутствия молекулярно-генетических данных диагностика вируса Бханджа методами ОТ и ПЦР до настоящего времени была недоступна.