Взаимодействие карбоксиметильных порфиринов с ДНК

• Автор: Ковалёва, Оксана Алексеевна
• Шифр специальности: 03.01.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 108 с. : ил.

Содержание

Список сокращений

Введение
Глава 1. Конформационные особенности структур ДНК как мишень направленного поиска противоопухолевых препаратов

Полиморфизм вторичной структуры ДНК

в-квадруплексы ДНК

Противоопухолевая терапия

Порфирины

Глава 2. Методы исследования и технические средства решения задач.

Материалы
Инструменты
Методы
Глава 3. Двойная спираль ДНК как мишень карбоксиметильных порфиринов и металлопорфиринов
Аффинность производных порфирина к участкам двойной спирали ДНК разного нуклеотидного состава
Типы комплексов порфиринов с двойной спиралью ДНК
Флуоресцентные характеристики комплексов порфиринов Р1 и Р2 с ДНК различной последовательности оснований
Фоторазрушение двойной спирали ДНК
Глава 4. Образование комплексов тетракарбоксиметильных порфиринов с С-квадруплексами ДНК
Изотермы адсорбции Р1 и Р2 на антипараллельном теломерном квадруплексе
Характеристка мест связывания Р1на Те1<3 по флуоресценции
Изменение конформации квадруплексной структуры под действием модифицированных порфиринов
Термостабильность теломерного квадруплекса в комплексе с модифицированными порфиринами
Глава 5. Биологическая активность тетракарбоксиметильных порфиринов
Заключение

Результаты и выводы
Список работ, опубликованных по теме диссертации
Тезисы докладов на научных конференциях
Литература

Список сокращений
ФДТ - фотодинамическая терапия онкологических заболеваний
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ДМСО - диметилсульфоксид
DPBF - 1,3-дифенилизобензофуран
КД - круговой дихроизм
RT-PCR- (ПЦР-РВ) полимеразная цепная реакция в реальном времени
HeLa - линия клеток опухоли шейки матки
НСТ116 - линия клеток опухоли рака толстой кишки
Р1 - 5,10,15,20-тетракис(]М-карбоксиметил-4-пиридиний)порфирин
Р2 - 5,10,15,20-тетракис(Ъ1-этоксикарбонилметил-4-пиридиний)порфирин
FRET - Фёрстеровский резонансный перенос энергии

Вышеперечисленные физико-химические характеристики порфирина позволяют . модифицировать его молекулу, изменяя ее свойства и биологическую активность.
Образование комплексов порфир иное с ДНК. Работы Р. Ф. Пастернака [108] и Р. Дж. Фила [46; 47] положили начало исследованию аффинности карбоксиметильных порфиринов к ДНК. Взаимодействие карбоксиметильных порфиринов с ДНК хорошо изучено с использованием разных спектроскопических методов, а также кинетического и термодинамического анализа [46]. В 1977 ; г. посредством рентгеноструктурного анализа было получено подтверждение интеркаляции порфирина в дуплекс ДНК [118; 132]. Данные других методов, в том числе увеличение термостабильности (Тгп) ДНК, подтверждают образование этого типа комплекса [47; 86]. Кроме того, наблюдается приращение вязкости и коэффициента седиментации при различных г (отношение молярной концентрации лиганда к молярной концентрации нуклеотидов) в постоянных ионных условиях [29; 47]. Изменения спектров кругового дихроизма (КД) также отражают связывание планарных молекул с ДНК посредством интеркаляции.
Индуцированные сигналы КД. Круговой дихроизм (КД) был одним из первых спектроскопических методов, используемых для демонстрации связывания порфиринов. Экспериментальные кривые КД были предложены для идентификации интеркаляции порфирина в ДНК тимуса теленка. Однако, наиболее убедительным выглядит увеличение вязкости ДНК с увеличением количества связанного лиганда, происходящее за счет раскручивания кольцевой ДНК, а также увеличение температуры её плавления [46; 47].
Порфирины способны образовывать три типа комплексов с дуплексом ДНК: интеркаляционный, по бороздке и внешний комплекс [53; 66; 108; 109]. Интеркаляционные комплексы ДНК-лиганд обеспечивают индуцированный КД-сигнал в области длин волн Соре, при котором кривые спектра КД находятся в отрицательной области значений. Аналогичные изменения