Теоретический конформационный анализ молекулы гексадека-валиномицина и его некоторых невалентных комплексов с органическими ионами

• Автор: Аббасов, Садай Гамид оглы
• Шифр специальности: 01.04.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1984
• Место защиты: Баку
• Количество страниц: 184 c. : ил

ГЛАВА I. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1.1. Роль мембраны в осуществлении метаболизма и других процессов жизнедеятельности

1.2. Общая характеристика ионофоров. Транспорт

ионов через биологические мембраны

1.3. Обзор работ по исследованию пространственного строения ионофоров

1.4. Метод теоретического конформационного

анализа

1.5. Методика расчета

1.6. Обозначения и классификация пептидных

(делсипептидных) структур

1.7. Задачи исследований

Глава II. КОНФОРМАЦИОННЫЕ СОСТОЯНИЯ М0Н0-, ДИ-, ТРИ
ТЕТРАДЕПСИПЕПТИДНЫХ ФРАГМЕНТОВ
П.І. Конформационный анализ метиламид N-ацетил L - и И -валина, О -ацетил L -лактина и О -ацетил ./?-оксииз овале риановой кислоты
П. 2. Молекула метиламид N -ацетил В -валил
L -лактина
П.З. Молекула метиламид /У-ацетил- L -валил
В -оксиизовалериановой кислоты
П. 4. Молекула метиламид N -ацетил- В -валил L -лактил- L -валил- В -оксииз овалериновой кислоты

Глава III. ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ КОНФОРМАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ МОЛЕКУЛЫ
ГЕКСАДЕКА-ВАЛИНОМИЦИНА
Ш.1. Конформации гексадека-валиномицина группы А
Ш.2. Конформации гексадека-валиномицина группы В, С
и Д
Глава IV. ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ КОНФОРМАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ НЕВАЛЕНТНЫХ КОМПЛЕКСОВ ГЕКСАДЕКА-ВАЛИНОМИЦИНА С АЦЕТИЛХОЛИНОМ, ХОЛИНОМ И ТРИМЕТИЛАММОБИЕМ
1УД. Конформационный анализ невалентных комплексов гексадека-валиномицина с триметиламмонием и холином
ГУ.2. Конформационный анализ невалентных комплексов
гексадека-валиномицина с ацетилхолином
Выводы
Список опубликованных статей по теме диссертации
Литература
- 4 -
Общая характеристика работы. Диссертация посвящена исследованию пространственного строения и конформационных аспектов функционирования молекулы цикло-гексадекадепсипептида с органическими катионами. Задача решалась при использовании метода теоретического конформационного анализа. Предварительно были изучены конформационные возможности моно-, ди- и тетрадепсипептидных фрагментов ионофора. Затем на основе их низкоэнергетических структурных вариантов найдена геометрия и оценена энергия у всех возможных пространственных форм молекулы. Знание оптимальных форм и конформационных возможностей цикло-гексадекадепсипептида позволило рассмотреть механизм взаимодействия синтетического аналога валиномицина с триметиламмонием, холином и ацетилхолином.
Потенциальная энергия невалентных взаимодействий атомов представлялась в виде суммы энергии взаимодействия валентно несвязанных атомов, электростатических и торсионных взаимодействий, а также водородных связей. И при расчете фрагмента, и при расчете всей молекулы оценка энергии проводилась применительно к условиям полярной и неполярной среды. Для поиска минимума потенциальной энергии применялся метод сопряженных градиентов. Во многих случаях для определения набора нулевых приближений строились сечения потенциальной поверхности. В расчетах была использована разработанная в проблемной лаборатории молекулярной биофизики Азербайджанского государственного университета универсальная программа, написанная на алгоритмическом языке "ФОРТРАН". Расчеты выполнялись на электронно-вычислительных машинах ЕС-1033 и БЭСМ-6.
- 50 -
1.7. Задачи исследований
Целью настоящей диссертационной работы является исследование пространственного строения и конформациояных возможностей молекулы синтетического ионофора [АВ-¥а1-Ь-ЬаС-1,-¥а1-11 -Ну1у)4“] и изучение пространственного строения комплексов цик-ло-гексадекадепсипептида с триметиламмонием, холином и ацетилхо-лином. Особое внимание уделено конформационннм перестройкам комплексов и выявлению причин структурных изменений на разных стадиях взаимодействия синтетического аналога валиномицина с ионом.
Решение поставленных задач и использованный при этом подход позволяют до синтеза ионофоров валиномицинового ряда оценивать потенциальные возможности ионофоров в отношении взаимодействия с ионами и целенаправленно конструировать молекулы, обладающие определенной склонностью к специфической трансмембранной проводимости неорганических и органических катионов. Поставленные задачи решены с помощью метода теоретического конформационно-го анализа.
Диссертационная работа состоит из введения, четырех глав и выводов.
.Во введении обоснована актуальность темы диссертации, сфор-мулированан цель работа, определена новизна исследований, основные защищаемые положения и практическая ценность работы.
В главе I рассмотрены опубликованные в литературе теоретические и экспериментальные исследования, посвященные пространственному строению циклических депсипептидов. Здесь же приводятся используемые в работе потенциальные функции расчетной схемы лолу-эмпирического конформационяого анализа и их параметризации.